Молекулярно-генетическая характеристика ротавирусов, циркулирующих в Новосибирске у детей раннего возраста

• Автор: Жираковская, Елена Владимировна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Кольцово
• Количество страниц: 182 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. Современные представления о ротавирусах и ротавирусной инфекции.

1.1. Классификация ротавирусов

1.2. Структурная и молекулярная оранизация ротавируса.

1.2.1. Морфология и свойства ротавирусной частицы.

1.2.2. Геном ротавируса.

1.2.3. Вирусные белки.

1.2.3.1. Структурные белки

1.2.3.2. Неструктурные белки

1.3. Ротавирусная инфекция

1.3.1. Значимость ротавирусного гастроэнтерита в инфекционной патологии детей раннего возраста на современном этапе
1.3.2. Патофизиология ротавирусной инфекции.
1.3.3. Клинические проявления ротавирусной инфекции.
1.3.4. Лабораторная диагностика ротавирусной инфекции.
1.4. Эпидемиология ротавирусной инфекции
1.4.1. Антигенная характеристика рогавирусов группы А.
1.4.1.1. Механизмы изменчивости ротавирусов.
1.4.1.2. Разнообразие генотипов ротавирусов
1.4.1.3. Инфицирование несколькими штаммами ротавируса
1.4.1.4. Зоонозный потенциал ротавирусной инфекции
1.4.1.5. Асимптоматическая форма ротавирусной инфекции
1.4.2. Сезонность ротавирусной инфекции.
1.4.3. Пути передачи ротавирусной инфекции
1.4.4. Иммунитет при ротавирусной инфекции
1.5. Вакцинопрофилактика ротавирусной инфекции
1.6. Заключение.
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Основная характеристика обследованных больных
2.2. Методы.
2.2.1. Иммуноферментный анализ
2.2.2. Получение осветленного экстракта фекалий
2.2.3. Выделение РНК вирусов.
2.2.4. Реакция обратной транскрипции.
2.2.5. Амплификация фрагментов кДНК
2.2.6. Электрофоретический анализ продуктов амплификации.
2.2.7. Компьютерный анализ.
2.2.8. Статистический анализ.
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Оценка распространенности ротавирусной инфекции у детей раннего возраста в Новосибирске.
3.2. Сравнительная оценка диагностической эффективности наборов реагентов для выявления ротавирусов группы А
3.3. Изучение особенностей ротавирусной инфекции у детей раннего возраста в Новосибирске с по г
3.3.1. Гастроэнтериты, вызванные ротавпрусами группы А.
3.3.2. Гастроэнтериты, вызванные ротавирусами группы С
3.4. Молекулярногенетическая характеризация изолятов рогавирусов группы А.
3.4.1. Характеризация Р и в генотипов ротавируса группы А, циркулировавших в Новосибирске.
3.4.2. Динамика циркуляции ротавирусов разных РСгенотипов в Новосибирске
3.4.3. Рв генотипы ротавирусов группы А, циркулировавших в Омской области.
3.4.4. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей кДНК фрагментов генома ротавирусов группы А.
4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
5. ВЫВОДЫ.
Приложение
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Во время репликации вирусные мРНК выполняют две функции обеспечивают синтез белка и являются матрицей для синтеза второй цепи РНК в процессе продукции дцРНК . Т., . Отличительной чертой структуры ротавируса является наличие 2 каналов, пронизывающих внешний и средний слои. В зависимости от размеров и пространственного расположения различают 3 вида каналов. Двенадцать каналов Iго типа и шестьдесят каналов Iго типа имеют размер входного отверстия и располагаются вдоль икосаэдральных осей пятого и шестого порядка, соответственно. Шестьдесят каналов Шго типа имеют глубину 0 и ширину . Каналы входят внутрь вирусной частицы, сужаются, а затем расширяются, и их максимальная ширина обращена к поверхности белков внутренней оболочки вируса. Па поверхности внутреннего слоя имеются поры, которые соединяются с каналами Штипа в средней оболочке вириона. Возможно, в транскрииционно активных вириоиах эти каналы обеспечивают проникновение метаболитов, необходимых для транскрипции РНК и выхода вновь синтезированных молекул РНК с последующей репликацией вируса. Каналы также могут иметь важное значение в транспортировке субстратов к РНК, а от нее продуктов вирусной РНКполимеразы, локализованной в сердцевине ротавируса М. К., v . В. . Ротавирусные частицы обладают определенным полиморфизмом, поэтому при электронной микроскопии выявляют несколько видов частиц М. К., . V6. Инфекционной активностью обладают только зрелые трехслойные частицы вируса. Неполные вирионы и сердцевины не инфекционны. Коэффициент седиментации разных частиц ротавирусов равен 5 , 0 , 0 , соответственно. Плавучая плотность зрелых вирусных частиц составляет 1,гсм, вирусоподобных частиц 1, гсм, а вирусной сердцевины 1, гсм2. Инфекционная активность ротавирусов стабильна при значениях от 3 до 9 М. К., . . . На различных объектах окружающей среды вирусы сохраняют жизнеспособность от дней до месяца в зависимости от температуры и влажности, в фекалиях до 7 месяцев. Ротавирусы дезинфицируются эганолом, фенолом, формалином и жидкостями с рН2 М. К., . Геном ротавируса содержит одиннадцать фрагментированных сегментов двуцепочечной РНК дцРНК, разделяемых электрофоретически и пронумерованных по их миграционной электрофоретической характеристике с 1го п. Электрофоретип ротавирусов, т. Васильев Б. Я. и др. М. К., . Полный размер генома 6 п. Д, что составляет от веса вирусной частицы. Последовательности генов ротавируса АТ богатые . Большинство сегментов моноцистронны и каждый кодирует один белок. V6 2 3 Рис. Ю V7 4 ротавируса и соответствие им кодируемых белков вириона ,1ауагат Н. 5 и 6 М. К., . Каждый сегмент геномной дцРНК содержит на 5конце метилированный кэп 7 и 5нетранслируемую последовательность. Зконцевым цитидином. Вирусные мРНК не полиаденилированы. Знетранслируемые последовательности каждого геномного сегмента содержат консервативные терминальные участки длиной 7 и. Предполагают, что они важны для упаковки и регуляции экспрессии ротавирусных генов на уровне транскрипции, трансляции и репликации М. К., . Знание структурной организации генома ротавируса имеет большое значение для понимания его участия в различных ферментативных процессах внутри капсида. В течение каждого цикла транскрипции сегмент дцРНК должен двигаться вокруг заякоренной полимеразы V1, раскручиваться, отделяться, присоединяться и перематываться для дальнейших циклов транскрипции. Транскрипция очень быстрый процесс, поэтому структурная организация генома рогавируса должна соответствовать динамичности процесса транскрипции i С. . . . Криоэлектронная микроскопия показала, что геном рогавируса формирует додекаэдральную структуру, в которой сегменты дцРНК взаимодействуют со слоем белка V2. Была предложена модель структурной организации генома ротавируса, в которой каждый сегмент дцРНК выглядит как инвертированный конус в вершинах осей пятого порядка v . В. .