Стерическая избирательность белок-белковых и белок-нуклеиновых контактов

• Автор: Анашкина, Анастасия Андреевна
• Шифр специальности: 03.00.02
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 95 с. : ил.

Содержание
Введение

Цели и задачи исследовании

Научная новизна.

Практическое значение работы

Глава 1. Обзор литературы.

Взаимодействия белокДНК.II

Глава 2. Методы

Разбиение ВоромогоДелоне

Модели случайно и неслучайно контактирующих химических единиц

аминокислотнуклеотидов

Использованные статистические подходы
Глава 3. Исследование белокбелковых контактов.
Исследованная выборка белокбелковых комплексов
Статистика атоматомиых контактов
Аминокислотный состав белокбелковых интерфейсов.
Контакты между аминокислотными остатками.
Предпочтения в контактах между аминокислотными остатками.
Глава 4. Исследование междоменных контактов в глобулярных белках
Исследованная выборка
Аминокислотный состав областей взаимодействия доменов
Контакты между аминокислотными остатками.
Предпочтения в контактах между аминокислотными остатками.
Глава 5. Исследование контактов в комплексах белокДНК.
Статистика контактов между аминокислотными остатками и нуклеотидами в области взаимодействий белокДНК.
Влияние малых но площади контактов на величину индекса представленности
Статистика атоматомиых контактов при взаимодействиях белокДНК
Глава 6. Обсуждение результатов
ВЫВОДЫ.
Литература


Показано, что с цитозином специфически связываются отрицательно заряженные аминокислоты аспарагиновая и глютаминовая кислоты. Практическое значение работы. Кроме того, они вносят вклад в понимание механизмов формирования структуры белковых молекул. Использовать такой материал можно будет в различных прикладных областях, в том числе в области медицины и фармакологии. Глава 1. По своим свойствам комплексы разделяют на постоянные и временныепромежуточные i . Постоянные комплексы возникают при очень стабильных взаимодействиях и функционируют только в форме комплекса, тогда как временные комплексы ассоциируют и диссоциируют i viv. Более того, временные комплексы разделяют на сильные и слабые. Слабые комплексы обладают динамическим равновесием в растворе, нспрсравио образуя взаимодействие и разрывая его. Сильные временные комплексы не описываются динамическим равновесием, требуя молекулярного переключателя. В работе введено понятие обязательно образующегося i комплекса и необязательно образующегося i комплекса. Обязательные комплексы функционируют в форме комплекса, в то время как белки необязательных комплексов существуют независимо, примеры этого ы внеклеточные сигнальные комплексы, антителоаптигеи, рсцепгорлиганд и комплексы ферментингибитор. Аминокислотные остатки, принимающие участие в белковом распознавании и связывании, называют белокбелковым интерфейсом. Можно выделить как минимум три типа интерфейсов в 1 контакты между компонентами белокбелковых комплексов , i . i i 2 контакты между мономерами в мультимерных белках i, i . , i . , I . , i . Специфические взаимодействия, имеющие биологическую значимость, возникают во все трех случаях, особенно в случаях 1 и 2. В местах взаимодействий выделяют ядро и опушку i. Аминокислотные остатки ядра взаимодействуют только с другими остатками области связывания, в то время как аминокислоты опушки частично взаимодействуют с другими остатками из области связывания, а частично с молекулами окружающего растворителя. В работе i изучались отличия ядра и опушки мест связываний с помощью определения энтропии последовательности. Область ядра содержит больше гидрофобных остатков, чем опушка или остальная поверхность белка. Общепринято, что взаимодействующие белки имеют высокую комплемептарность контактирующих поверхностей , . Наблюдается плотная упаковка атомов как внутри структурных элементов внутри белка, так и между белками i i I . Предполагается, что такая плотная упаковка обеспечивает оптимальное взаимодействие ван дер Ваальса и исключение растворителя, максимизируя гидрофобную стабилизацию молекулы. Места связывания характеризуют размером потерей площади доступной поверхности при связывании. Анализируя места связывания разного размера, в работе , i . Очень часто рассматривают не белокбелковые, а домендоменные места связывания, подразумевая, что белковый домен рассматривается основной единицей белковой структуры, функции и эволюции i . Эти единицы независимо сворачиваются, осуществляют специфические биологические функции и являются составной частью больших комплексов. Исследования мест связывания бслокбелковых и домендоменных i I взаимодействий и их мест связывания стали очень популярны в последнее время. На стуктурном уровне такие исследования были сделаны в работах i. i . i, i . , i . , . V v, . , i . i, i . Используя наборы бслокбелковых мест связывания из , исследователи изучили предпочтения в расположении аминокислотных остатков, консервативность последовательностей и сфуктур мест связывания. Однако следует отмегить общие недостатки всех этих работ.