Олигодезоксирибонуклеотиды, содержащие аминогруппу при С2'-атоме углеводного фрагмента, и получение олигонуклеотидопептидов на их основе

• Автор: Зубин, Евгений Михайлович
• Шифр специальности: 02.00.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 139 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

УСЛОВНЫЕ СОКРАЩЕНИЯ

ВВЕДЕНИЕ

1 Методы синтеза олигонуклеотидопептидов Литературный обзор

1.1. Номенклатура олигонуклеотидопептидов

1.2. Синтез олигонуклеотидопептидов в растворе

1.2.1. Синтез олигонуклеотидопептидов с фосфодиэфирной связью

между фрагментами

1.2.2. Синтез олигонуклеотидопептидов с фосфамидной связью

между фрагментами

1.2.3. Синтез олигонуклеотидопептидов с амидной связью

между фрагментами
1.2.4 Синтез олигонуклеотидопептидов с тиоэфирной связью
между фрагментами
1.2.4.1. Методы конъюгации
1.2.4.2. Методы введения малеимидной группы и остатка игалогенкарбоновой кислоты
в пептиды и олигонуклеотиды
1.2.5. Синтез олигонуклеотидопептидов с дисульфидной связью
между фрагментами
1.2.6. Синтез олигонуклеотидов, содержащих сульфгидрильную группу
1.3. Твердофазный синтез олигонуклеотидопептидов
1.3.1. Последовательный синтез пептидного и олигонуклеотидного
фрагментов конъюгатов на одном полимерном носителе
1.3.1.1. Полимерный носитель
1.3.1.2. Введение якорной группы
1.3.1.3. Защитные группы
1.3.1.4. Введение мостикового звена
1.3.1.5. Синтез олигонуклеотидного фрагмента
1.3.1.6. Отщепление олигонуклеотидопептидов от полимерного носителя и деблокирование функциональных групп
1.3.2. Последовательный синтез олигонуклеотидного и пептидного фрагментов конъюгатов на одном полимерном носителе
1.3.3. Синтез олигонуклеотидопептидов с использованием разветвленного полимерного носителя
1.3.4. Синтез олигонуклеотидопептидов методом фрагментной конденсации
2. Олигодезоксирибонуклеотиды. содержащие аминогруппу при С2атоме углеводного фрагмента, и получение олигонуклеотидопептидов на их основе Обсуждение результатов
2.1. Синтез М6бензоилдезоксидиметокситритил2трифторацетамидор0арабинофуранозиладенина и 1Ч6бензоилдезоксидиметокситритилфлуоренилметоксикарбониламиноР0арабинофуранозиладенина
2.2. Синтез дезоксидиметокситритил2трифторацетамидор0рибофуранозилурацила
2.3. Синтез Мебензоилдезоксидиметокситритил2М9флуоренилметоксикарбонил3аминопропиониламиноррарабинофуранозиладенина и дезоксидиметокситритил2М9флуоренилметоксикарбонил3аминопропиониламиноР0рибофуранозилурацила
2.4. Синтез Замидофосфитов модифицированных нуклеозидов
2.5. Синтез модифицированных олигодезоксирибонуклеотидов
2.6 Изучение реакционной способности алифатической аминогруппы модифицированных олигодезоксирибонуклеотидов
2.7. Изучение физикохимических и субстратных свойств олигодезоксирибонуклеотидов. содержащих остатки амино2дезоксирчара6инофуранозиладенина 2.8 Синтез олигонуклеотидопептидов
3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Ситуация изменилась коренным образом во второй половине х годов, когда для улучшения внутриклеточного транспорта антисмысловых олигонуклеотидов было предложено ковалентно присоединять к ним различные пептиды, обладающие способностью проникать через клеточную мембрану. Следует добавить, что большой интерес к синтезу и дальнейшему применению олигонуклеотидопептидов возник на фоне значительного усовершенствования способов образования пептидной и межнуклеотидной связей, развитию твердофазного метода синтеза, что привело в конечном итоге к полной автоматизации процесса получения олигонуклеотидов и пептидов. За последние лет опубликовано достаточно большое количество работ по синтезу олигонуклеотидопептидов. Часть из них кратко рассмотрена в обзорах, охватывающих материал по более широкой теме получение различных производных олигонуклеотидов 7. Эти обзоры опубликованы еще в начале х годов, таким образом, литературные данные последнего десятилетия до сих пор не были проанализированы. Поэтому возникает необходимость систематизации существующих методов синтеза олигонуклеотидопептидов. Настоящий обзор содержит три основных раздела, в первом из которых обсуждаются вопросы номенклатуры и классификации олигонуклеотидопептидов, а в двух последующих их синтез в растворе и на полимерных нерастворимых носителях. При обсуждении методов получения олигонуклеотидопептидов в растворе главным критерием, на основе которого осуществлена систематизация литературных данных, является тип химической связи между двумя компонентами молекулы. Другой подход к изложению материала использован при рассмотрении методов твердофазного синтеза. Нами также опущены данные по подтверждению строения промежуточных и целевых соединений, так как в абсолютном большинстве работ осуществлен корректный анализ с использованием современных физикохимических методов. Почти во всех случаях не указываются методы выделения олигонуклеотидов и олигонуклеотидопептидов, если они стандартны. Все эти ограничения круга рассматриваемых вопросов позволяют нам сосредоточить внимание прежде всего на обсуждении различных подходов к синтезу олигонуклеотидопептидов и подробно проанализировать те проблемы, которые в ряде случаев возникают при их получении. Мы также не ставили своей целью детальное рассмотрение воможностей и перспектив применения олигонуклеотидопептидов в антмсмысловой биотехнологии, так как этому посвящен достаточно подробный обзор, подготовленный в г. М. Гейтом и сотр. Принципы, лежащие в основе классификации и номенклатуры олигонуклеотидопептидов. В настоящее время существует несколько способов наименования конъюгатов олигонуклеотидов с пептидами. В ряде случаев эти соединения рассматриваются как производные пептидов. Как известно, различают гомомерные и гетеромерные пептиды. При гидролизе гомомерных пептидов образуются только аминокислоты, а при гидролизе гетеромерных наряду с аминокислотами соединения других классов. Исходя из этого определения соединения, состоящие из остатков аминокислот пептидов и нуклеозидов нуклеотидов, предложено было называть нуклеоаминокислотами или нуклеопептидами . Данный подход очень часто применяется при составлении названий конъюгатов, в которых пептид соединен с олигонуклеотидом посредством фосфодиэфирной связи, причем в ее образовании принимают участие ОНгруппа остатка одной из гидроксиаминокислот и концевой фосфат олигонуклеотида. При создании номенклатуры данного класса смешанных биополимеров З А. Шабаровой был использован другой подход 4. Все соединения, в состав которых входят аминокислотный пептидный и нуклеотидный олигонуклеотидный компоненты, были названы нуклеотидопептидами Они рассматриваются как цепи, состоящие из различных фрагментов. Поэтому название конкретного соединения складывается из двух частей названия остатка нуклеотида и названия аминокислоты пептида, разделенных скобками, в которых указывается характер связи между ними. Такая схема активно применялась в случае нуклеотидопептидов с фосфодиэфирной или фосфамидной связью между фрагментами. Так, соединение, в котором остаток фенилаланина присоединен к 5фосфату уридина с помощью фосфамидной связи будет называться уридилил5Мфенилаланином.