1→3-β-D-Глюканазы моллюсков Японского и Южно-Китайского морей

• Автор: Захаренко, Александр Михайлович
• Шифр специальности: 02.00.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Владивосток
• Количество страниц: 110 с. : ил.

ВВЕДЕНИЕ

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Классификация гликозидгидролаз

1.1.1 Номенклатура ферментов КФ, ее недостатки и достоинства новые системы классификации ферментов.

1.1.2 Классификация ферментов по аминокислотной последовательности

1.1.3 Классификации, основанные на механизмах действия гликозидгидролаз

1.2 13р0Глюканазы. Номенклатура. Классификация

1.2.1 IЗрОГлюканазы бактерий

1.2.2 1ЗрОГлюканазы грибов

1.2.3 13Р0Глюканазы растений

1.2.4 13р1Глюканазы животных

1.3 Особенности молекулярных и каталитических свойств 13рГглюканаз
морских беспозвоночных.
1.4 1316р1Глюканы субстраты 13р1глюканаз распространение, структура, свойства.
2 РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.
2.1 Поиск источников 13рПглюканаз среди морских беспозвоночных Южно
Китайского моря
2.1.1 13р0Глюканаза промыслового моллюска ЮжноКитайского моря па viii.
2.1.2 13р1Глюканаза моллюска ЮжноКитайского моря i .
2.2 Сравнение некоторых свойств эндо13РВглюканаз морских беспозвоночных
2.3 Специфичность Огликозидгидролаз морского брюхоногого моллюска Японскою моря Ыиоппа Икапа.
2.4 Водорастворимые полисахариды зеленых водорослей рода Саи1сгра
3 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.
3.1 Биологическое сырье и реактивы
3.2 Определение восстанавливающих сахаров.
3.3 Определение нейтральных сахаров.
3.4 Определение гидролитической активности 13РГгюканаз
3.5 Определение гликозидазной активности
3.6 Электрофорез белков.
3.7 Определение оптимума .
3.8 Определение рНстабилыюсти
3.9 Определение температурного оптимума.
3. Определение термостабильности
3. Определение константы Михаэлиса Кш.
3. Действие ингибиторов.
3. Ингибирование рОглюкозидазы СП формононетином.
3. Получение продуктов ферментативного гидролиза глюкозидов изофлавоноидов
3. Условия реакции трансгликознлнрования
3. Аналитическая ВЭЖХ.
3. Анализ продуктов ферментативного гидролиза и трансгликозилирования методом ВЭЖХ
3. ЯМРснекгроскопия
3. Массспектрометрия.
3. ИКснектроскопия.
3. Выделение и очистка 13Р0глюканазы вьетнамской.
мидии па viii
3. Выделение и очистка 1 3i нжаназы вьетнамского моллюска i а.
3. Экстракция полисахаридов.
3. Характеристика продуктов гидролиза ламинарана
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Очевидно, что запасы Р13связанной глюкозы в природе достаточно велики и сопоставимы с запасами ее в виде целлюлозы. РОглюканов из различных природных источников с целью их стандартизации и увеличения биологической активности. Следовательно, изучение этих полисахаридов, так же, как и ферментов, катализирующих их трансформацию, является перспективным и актуальным. Цель исследования установить структурнофункциональные связи для некоторых 1 3р0глюкапаз морских моллюсков, обитающих в различных экорегионах. В последнее десятилетие большое внимание уделяется созданию и развитию различных классификационных систем для белков, в том числе и для ферментов. В систематике необходимо охватить все разнообразие ферментов, катализирующих процессы, прозекающие в организмах. Следует также учитывать взаимосвязь каталитических и молекулярных свойств ферментов. В этом случае классификационная система поможет предсказать структуру, свойства, механизм действия фермента, что позволит эффективно использовать его в различных областях. В этой главе мы обозреваем основные существующие на данный момент классификационные системы. Концепция сходства является центральным звеном в изучении ферментов. Они могут сравниваться по различным параметрам. Первая и до сих пор общепринятая номенклатура ферментов предложена комиссией по ферментам КФ или ii ЕС. Последняя е редакция была утверждена в году Международным Союзом Биохимиков и Молекулярных Биологов I. Это была пятая редакция номенклатуры ферментов, разработанной специально созданной комиссией по ферментам и принятой в Москве на международном биохимическом съезде в году предыдущие редакции были в , , , годах. Классификация основывается на типе катализируемой реакции и на субстратной специфичности ферментов. В этой номенклатуре все ферменты поделены па 6 классов по типу реакций, которые они катализируют. Классы пронумерованы согласно встречаемости реакций в природе. Известно, что вода на Земле занимает особое место, являясь универсальным растворителем, а гидролитические процессы одни из самых важных в природе. Код отдельного фермента в традиционной номенклатуре состоит из 4 чисел, первое показывает, к какому из 6 основных классов ферментов он относится, второе обозначает подкласс фермента, третье подподкласс, а четвертое эго порядковый номер фермента в подподклассе. Такая классификация позволяет избегать двусмысленностей и увеличения количества тривиальных названий. В рамках этой классификации гидролазы разделяют по типу реакции гидролиз и специфичности фермента структура используемого субстрата. Несовершенство данной номенклатуры становится вс более очевидным. С одной стороны, многие ферменты не обладают абсолютной специфичностью и, более того, проявляют несколько типов активности. С другой стороны, многие ферменты, характеризующиеся одинаковой специфичностью и использующие один и тот же субстрат, могут принципиально различаться по первичной структуре, структуре активного центра и укладке полипептидной цепи. На сегодняшний день, хотя КФ классификация и является общепринятой, она не полностью подходит для систематизации данных обо всм многообразии реакций, катализируемых ферментами. Использование этой системы для сравнения механизмов реакций является затруднительным 1, 2. Например, четыре типа Рл актам азы Л, В, С, П имеют один и тот же КФ номер, но различные механизмы действия. Наиболее заметны различия между ферментами групп А, С и О, имеющими в составе активного центра серии в качестве нуклеофила, и ферментами группы В, использующими для этих целей ионы цннка. С другой стороны, ферменты с очень похожим механизмом могут занимать различное положение в классификации КФ. Например, две фосфатидилинозитольпьгх фосфолипазы ферменты С класса, принадлежат к различным подгруппам но классификации КФ КФ 3. КФ 4. Разделение ферментов а классы может происходить по многим параметрам, а не только по специфичности действия ферментов. Например, на основе эволюционной связи с использованием эволюционных деревьев база данных семейств белковых доменов РГаш.