Строение липополисахаридов как основа классификации фитопатогенных бактерий Pseudomonas. Syringae

• Автор: Здоровенко, Эвелина Леонтьевна
• Шифр специальности: 02.00.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 138 с. : ил

СОДЕРЖАНИЕ

УСЛОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ

1. ВВЕДЕНИЕ.

2. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР.

2.1. Характеристика и вопросы классификации фитоиатогенных бактерий i

2.2. Строение липоиолисахаридов фитопатогенных грамотрицательных бактерий

2.2.1. Обшая характеристика липополисахарида.

2.2.2. Строение липида А

2.2.3. Строение олигосахарида кора

2.2.4. Строение Ополисахарида

2.2.4.1. i
2.2.4.2.
2.2.4.3. X
2.2.4.4. i.
2.2.4.5. i
2.2.5. Заключение.
3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. Получение и общие подходы к структурному анализу Ополисахаридов на основе рамнанов. ЗI
3.1.1. Выделение липополисахаридов и Ополисахаридов
3.1.2. Определение моносахаридного состава Ополисахаридов
3.1.3. Анализ Ополисахаридов методом метилирования.
3.1.4. Распад по Смиту
3.1.5. Спектроскопия ЯМР
3.2. Установление строения Оиолисахаридов на основе рамнанов
3.2.1. . i v. i т.
3.2.2. . i v.
3.2.3. . i v. i ИМВ .
3.2.4. . i v. i ИМВ и
3.2.5. . i v.
3.2.6. . i v. iii т и 0
3.2.7. . i v. i ИМВ 8
3.2.8. . i v. i и .
3.2.9. . i v. ii .
3.3. Локализация Омстильных групп в Ополисахаридах на основе рамнана
3.3.1. Р. i v. i .
3.3.2. . i v. i ИМВ
3.4. Установление строения олигосахарида кора и липида А Р. i v. i 1.
3.4.1. Изучение строения кора после жесткой щелочной деградации липополисахарида.
3.4.2. Изучение строения кора после мягкой кислотной деградации липополисахарида.
3.4.3. Структурный анализ липида А.
4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
4.1. Особенности строения и хемотипирование Ополисахаридов Р. i
4.2. Классификация Р. i с использованием данных о строении
Оиол исахаридов.
4.3. Особенности строения кора ЛПС и липида А Р. i
5. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.
5.1. Выращивание бактериальной массы и выделение липополисахаридов.
5.2. Мягкая кислотная де1радация липополисахаридов.
5.3. Жесткая щелочная деградация липополисахарида.
5.4. Определение мопосахаридиого состава
5.5. Определение аминокомпонентов олигосахарида кора
5.6. Определение абсолютных конфигураций моносахаридов
5.7. Анализ методом метилирования.
4.8. Распад по Смиту
5.9. Массспектрометрия.
5 Спектроскопия ЯМР.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


В разделе Обсуждение результатов проведен сравнительный анализ структур ГС и предложена классификация штаммов Р. Обсуждается также корреляция между строением ОПС и иммуноспецифичпостью штаммов Р. ЛПС и его компонентов и приведен методики их структурного анализа. Работа была поддержана грантами РФФИ 1, ИНТАСУкраина и ИНТАС УБ. Часть работы по изучению кора и липида А была проведена в Центре медицины и биологических наук Исследовательского центра Борсгеля Борстель. Германия при участии У. Цэрингера, Б. Линднера и Г. Молля. Результаты работы опубликованы в семи статьях 17 и шести тезисах докладов 8 и были представлены на X и XI Европейских симпозиумах по углеводам Голвей, Ирландия, г. Лиссабон, Португалия, г. Пущино, Московская обл. XX Международном симпозиуме по углеводам Гамбург, Германия, г. I Германопольскороссийской конференции по бактериальным углеводам Борстель, Германия. Автор выражает глубокую благодарность научному руководителю д. Юрию Александровичу Книрелю за постановку задачи, определение основных направлений работы, помощь при интерпретации результатов и подготовке статей для печати. Автор благодарит д. Александра Степановича IПашкова и Георгия Валерьевича Затонского за съемку и помощь в интерпретации спектров ЯМР, Анну Николаевну Кондакову за съемку массспектров с электрораспылением, к. Нину Алексеевну Кочарову за передачу своею опыта проведения химических экспериментов, д. Галину Михайловну Здоровенко и к. Владимира Владимировича Овода за предоставление бактериальной массы, проведение серологических исследований и обсуждение биологических аспектов работы. Автор искренне признателен руководителям Лаборатории химии углеводов Николаю Константиновичу Кочеткову и Владимиру Николаевичу Шибаеву за постоянный интерес к работе, а также коллективу Лаборатории химии углеводов за товарищескую поддержку. К фитопатогенам относится большая группа грамположительных и грамотринательных бактерий, входящих в состав различных семейств и родов. Из грамотрицательных бактерий к ним относятся представители семейств i родов , ii, i, , i родов , X, i, i, i, i. X i родов , ii рода i и рода ivx , . Систематика многих фитоиатогенных бактерий является предметом постоянных дискуссий и частых псрссмозров. Например, вид был недавно перенесен из рода сначала в род i и затем в род i , . Род семейства грамотри нательных бактерий объединяет микроорганизмы, занимающие в природе различные экологические ниши. В него входят фитопатогенные бактерии . Одним из общих признаков, на основании которых они были отнесены к роду , является их морфология псевдомонады представляют собой прямые или слегка изогнутые палочки диаметром 0,71,2 мкм и длиной 1,5 мкм, подвижные благодаря наличию нескольких полярных флагел. Как н другие представители семейства , они являются аэробами со строгим использованием кислорода как конечного акцептора электронов. Бактерии вида . Среди симптомов, которые они вызываю, различают опухолевые новообразования, гниение, прекращение роста и гибель части растения без загнивания, хлороз, некроз рис. Эти симптомы проявляются в результате нарушения нормального метаболизма растительных клеток, вызываемого некоторыми вещества, выделяемыми бактериями, такими как ферменты, способные атаковать компоненты растительных тканей, токсины и фнтогормоиы. Штаммы . Продолжительная ассоциация с растениемхозяином важна для их выживания, однако она не обязательно сопровождается повреждением растения, так как микроорганизм может выживать и в эпифитной форме. Рис. Типовым штаммом . АТСС 0 , 1, который был выделен из сирени i vi, семейство , давшей название всему виду. В зависимости от способности поражать тот или иной вид или виды растений штаммы . Таблица 2. Основные растения, поражаемые различными патоварами . На основании данных риботипирования и ДНКДНК гибридизации типовых штаммов каждого патовара было выделено девять геномотииов Р. Однако, большинство геномотииов. Р. яугйщае, невозможно определить на основании какихлибо фенотипических признаков или рутинных физиологических тестов, что снижает ценность такого рода классификации.