ЯМР-спектроскопическое и компьютерное исследование структуры бактериальных гликополимеров рода Proteus

• Автор: Тоукач, Филипп Владимирович
• Шифр специальности: 02.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2001
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 198 с.

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

ПРОГРАММА ПРЕДСКАЗАНИЯ СТРУКТУРЫ ГЛИКОПОЛИМЕРОВ

Существующие программы

Общая информация

Генерация структур

Г операция електрон ЯМР

Базы данных

База данных по мономерных остаткам

Спектральная база данных

База данных по эффектам замещения

Верификация
Выводы
рогноз на будущее
НЕЗАВИСИМОЕ УСТАНОВЛЕНИЕ СТРУКТУРЫГЛИКОПОЛИМЕРОВ Выбор объектов П
Схема исследования
Установление строения гликополимсров
. iii
. iii
. iii 3
. iii 6
. iii 6
. iii 0
. iii 3
. i 1
. i 2
. i 4
. i
. i
осте i
. i
. i 3
. v i 7
. vi 2
. vi 4
. vi 0X
Общий антиген
Обобщение результатов
Особенности строения исследованных соединений
Иммунология
Выводы
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
Биохимические и химические методы
Методы спектроскопии ЯМР
Математическая обработка и программирование
вы числительные ресурсы
Информация о коде программе
Краткое руководство пользователя программы
Форл I ул в ка задан ия
Формат бал банных
Вывод результатов работы
Основные сообщения об ошибках
ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ
Мономерные остатки
Спектроскопия ЯМР
ИСТОЧНИКИ ФИНАНСИРОВАНИЯ
ЛИТЕРАТУРА


Некоторые из полученных последовательностей могут не иметь ни одного химически разрешенного варианта позиций замещений остатков, либо эквивалентны последовательностям, уже проанализированным ранее. В коммерческой версии г. На третьем этапе для каждой последовательности генерируются все химически разрешенные структуры, отличающиеся позициями замещения. При этом для каждого остатка анализируется возможность замещения по всем позициям с учетом типов связи, образуемых атомами С1 замещающих остатков. Естественно, что структурные особенности, запрещающие замещение в какоелибо положение упрощения, более подробно см. Обшее число сгенерированных структур зависит от того, сколько замещаемых позиций имеет каждый остаток и какого они типа. Наиболее характерные значения приведены в Табл. Табл. К 6 00. К 1. К 4 0 2. К 0 . М 1 . М 0 1 . М 0 5 . М 0 . В режиме i анализируются только распространенные последовательности. Список пропускаемых последовательностей см. Упрощением называется невозможность замещения в одну из позиций, напр. С6, остаток фукозамина два т. С6 и С2, остаток рибитиолиола не привносит упрощений т. С6, он может быть замещен по С5. Более подробная информация о производительности на разных компьютерах приведена в руководстве пользователя. Руководство пользователя доступно через Интернет по адресу . Vi. Для каждой возможной структуры см. Программа предсказания структуры гликополимеров. Генерация структур вызывается модуль генерации спектра ЯМР ЬС и вычисляется отклонение полученного теоретического спектра от заданного экспериментального спектра. II, спектры которых наиболее близки к экспериментальному запоминаются и выводятся как результат. Для расчета теоретического спектра программа разбивает повторяющееся звено на отдельные остатки, затем генерирует подспектры для каждого из остатков с учетом взятых из БД или теоретических эффектов замещения и комбинирует подспектры в полный спектр повторяющегося звена. Обобщенная схема расчета теоретического спектра приведена на Рис. Рис. Наибольшая точность расчета подспектра остатка имеет место, если точная информация по химическим сдвигам присутствует в спектральной БД. В противоположном случае программа модифицирует спектр терминального остатка с использованием усредненных эффектов гликозилирования. Проводится поиск данных для терминального незамещенного остатка в соответствующей части спектральной базы данных. Б случае, если все заместители остатка углеводные мономеры или фосфатные группы кроме случаев дифосфорилирования, в той же части спектральной базы данных проводится поиск данных по химическим сдвигам остатка, замещенного данным образом. Если речь идет об остатке, дизамещенном в соседних положениях, теоретический расчет эффектов гликозилирования теряет аддитивность изза стерически индуцированных кон формационных изменений в трисахаридном фрагменте , поэтому в случае отсутствия спектральных данных по вицинально дизамешенным остаткам, прежде чем начинать расчет с использованием эффектов замещения, программа варьирует тип гидроксиамино и ориентацию аксиальныйэкваториальный функциональных групп при атомах С2 обоих замещающих остатков и проводит поиск полученных комбинаций в части спектральной базы данных, относящейся к анализируемому остатку. Для каждого из гликонов изменяется тип или ориентация группы при С2 или и то, и другое. Таким образом максимальное число повторных поисков равно 339, в соответствии с максимальным числом структурно сходных фрагментов. Если ни одна из этих 9ти комбинаций не найдена, программа считает поиск данных по химическим сдвигам неудачным и приступает к расчету эффектов гликозилирования в аддитивном приближении. Если поиск в п. Полученный спектр остатка модифицируется с учетом того, что сам остаток тоже замещает другой остаток. При этом вводятся эффекты на атомах С1 а для циклических моносахаридов, рассчитанных по эффектам замещения, также на С2 и С5. Эффекты на С2 и С5 имеют фиксированные значения для каждой из базовых конфигураций моносахаридов 5, а эффекты на С1 хранятся в спектратьной базе данных вместе с химическими сдвигами.