Вопросы генотипирования и анализ генетической вариабельности вируса клещевого энцефалита

• Автор: Демина, Татьяна Васильевна
• Шифр специальности: 03.02.02
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Иркутск
• Количество страниц: 248 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Таксономия и классификация вируса клещевого энцефалита.

Глава 2. Характеристика различий штаммов вируса клещевого энцефалита на уровне геномов

2.1. Структура генома вируса клещевого энцефалита

2.2. Выявление внутривидовых различий вируса КЭ и других флавивирусов на основании анализа первичных структур геномов

2.3. Молекулярная гибридизация нуклеиновых кислот (МГНК)

с плазмидными и дезоксиолигонуклеотидными зондами

11 I. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Глава 3. Материалы и методы
Глава 4. Конструирование панели специфических дезоксиолигонуклеотидных зондов, предназначенной для анализа структуры геномов и генотипирования штаммов вируса клещевого энцефалита
4.1. Разработка дизайна дезоксиолигонуклеотидных зондов для формирования панели, дифференцирующей штаммы ВКЭ
4.2. Отбор фрагментов генома для расчета специфических дезоксиолигонуклеотидных зондов
4.3. Формирование дифференцирующей панели зондов для скрининга геномов ВКЭ
Глава 5. Результаты апробации сконструированных олигонуклеотидных зондов для генотипирования ВКЭ
5.1. Апробация панелей генотипспецифических зондов в опытах гибридизации с РНК прототипных штаммов ВКЭ
5.2. Тестирование коллекционных штаммов ВКЭ с помощью

дифференцирующей панели олигонуклеотидных зондов
в МГНК
5.3. Оценка эффективности гибридизации полученных зондов
Глава 6. Типирование штаммов вируса клещевого энцефалита с использованием панели молекулярных зондов
6.1. Географическое распространение генотипов ВКЭ на Территории Евроазиатского ареала
6.2. Некоторые региональные эколого-географические особенности особенности ВКЭ
6.3. Сравнение региональных популяций ВКЭ с помощью графического анализа
Глава 7. Дифференциация штаммов вируса клещевого энцефалита на основе сравнения геномов
7.1. Сравнение данных генотипирования штаммов с использованием панели специфических зондов и
секвенирования фрагментов вирусных геномов
7.2. Субгенотипическая идентификация штаммов урало-сибирского урало-сибирского генотипа с помощью двух подходов
7.3. Возможности применения метода МГНК с наборами генотипспецифических зондов для изучения генетической вариабельности ВКЭ
Глава 8. Генотипы вируса клещевого энцефалита
8.1. Генотипы вируса клещевого энцефалита в свете данных типирования штаммов с помощью панели специфических зондов
8.2. Своеобразие штаммов 178-79 и 886-84 и сопоставление полногеномных структур и фрагментов генома вируса КЭ
8.3. О выявлении штаммов «группы 886»
8.4. Своеобразие штаммов 178-79 и 886-84 и анализ
полипротеиновых структур штаммов ВКЭ
8.5. Предположения о происхождении штаммов 178-79 и
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ!
ПРИЛОЖЕНИЕ II
ПРИЛОЖЕНИЕ III
ПРИЛОЖЕНИЕ IV
ПРИЛОЖЕНИЕ V
СПИСОК ОСНОВНЫХ СОКРАЩЕНИЙ
ВКЭ - вирус клещевого энцефалита
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
ККЭ - комплекс клещевого энцфалита
МГНК - молекулярная гибридизация нуклеиновых кислот
н.о. - нуклеотидное основание
ОГЛ - омская геморрагическая лихорадка
ОТ-1ІЦР - обратная транскрипция-полимеразная цепная реакция
ПЦР - полимеразная цепная реакция
РНК - рибонуклеиновая кислота

ключевых сайтах - 206 и 234, логично квалифицировать их как штаммовые варианты одного и того же вируса.
Исследования генетических различий штаммов вируса КЭ, изолированных на эндемичных территориях, были продолжены рядом ученых.
Определение гибридизационной активности 46 штаммов и нуклеотидный последовательностей фрагмента гена Е б штаммов (1348-1
и.о.) из Новосибирской области (Бахвалова и др., 2000) [11, 137] показало высокий уровень гомологии сибирских штаммов и их отличие от прототипного дальневосточного вируса Софьин. Степень гомологии изученных штаммов составляла 89-98%, в то время как сходство данного участка генома западносибирских штаммов и штамма Софьин не превышало 81%. Авторы указали на отсутствие значимых изменений генов Е штаммов вируса КЭ за 12 лет.
Другими исследователями (Тетоуоу е! а1., 2003) [217] из секционных материалов от людей с острой летальной геморрагической лихорадкой получено 6 изолятов РНК, секвенирование которых позволило отнести их к дальневосточному подтипу вируса КЭ. На дендрограмме эти изоляты образовали самостоятельный кластер. Подобная клиническая манифестация инфекции является крайне необычной, в связи с чем данная ситуация нуждается в тщательном анализе. Было показано, что геморрагические варианты вируса имели ряд оригинальных аминокислотных замен. Отметим, что в состав расшифрованного фрагмента гена Е длиной 378 и.о. (АБ540029-АЕ540034) не вошел аминокислотный сайт Е-76 по которому, как полагают некоторые исследователи, возможно дискриминировать вирусы с нейротропными свойствами (76ТЬг) от вирусов, приводящих к различным формам геморрагических лихорадок (76А1а) [86]. Данная вспышка имела место в 1999 г. на юго-востоке Новосибирской области и в последующие годы новых случаев геморрагического КЭ не зарегистрировано [83].