Транспозон hemarl: организация в геноме и роль в формировании генетического разнообразия партенит и церкарий трематод Himasthla elongata (Trematoda, Echinostomatidae)

• Автор: Галактионов, Николай Кириллович
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2015
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 104 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Список использоуемых сокращений

Определения принятые в диссертации

Введение

Цели и задачи исследования

Основные положения, выносимые на защиту

Научная новизна работы

Теоретическое и практическое значение работы

Апробация работы

Вклад автора

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Мобильные элементы генома
Класс I - ретроэлементы
Класс II - ДНК- транспозоны
Транспозон mariner
Модельный объект исследования — Himasthla elongata (Trematoda,
Echinostomatidae)
Методы определения генетического полиморфизма
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Сбор и первичная обработка материала
Выделение геномной ДНК
Выделение РНК
Полимеразная Цепная Реакция (ПЦР)
ПЦР совмещенная с обратной транскрипцией
Клонирование и секвенирование
Введение меченых нуклеотидов в последовательности ДНК
Гибридизация по Саузерну, дот-блот гибридизация
Получение препаратов ядер и определение размера генома 1-І.
elongata
Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH)
Электрофорез
AFLP и TID
Компьютерные методы исследований
Статистическая обработка результатов AFLP
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
Выявление представителя семейства транспозонов mariner в геноме
Himasthla elongata
ЯетотІ-подобньте транспозоны в геномах эукариот
Вариабельность геномов партенит и церкарий Я. elongata и использование транспозона HemarI для ее выявления
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ
Субсемейство элемента hemarl
Горизонтальный перенос на основе mariner ,
Векторы на основе транспозонов
Транспозоны внутри генома и связь с типом размножения
Клональная изменчивость партенит
ВЫВОДЫ
Цитированная литература
Благодарности
Приложение
Приложение
Приложение 3

Список использоуемых сокращений
п.н. - дар нуклеотидов; т.п.н. - тысяч пар нуклеотидов;
1ТТДР - долимеразная цепная реакция;
ЭДТА - этилендиамин тетраацетат натрия;
аа - amino acid residues, аминокилотные остатки
DAPI (4,6-diamidinophenylindoie) - 4,6-диамидофенилиндол;
FISH (fluorescence in situ hybridization) - флуоресцентная гибридизация in situ-, SDS (sodium dodecylsulfate) - додецилсульфат натрия.
ORF (open reading frame) - открытая рамка считывания МЭ - мобильные элементы;
MLE - mariner like elements;
TLE-Tcl like elements;
LTR - long terminal repeats;
NLS - nuclear localization signal;
EDTA - этилендиамин тетраацетат;
ТЕ - буфер трис-EDTA;
ТАЕ - буфер трис-ацетат.
LINE — Long Interspread Nucleotide Elements
SINE - Short Interspread Nucleotide Elements
ORF - Open Reading Frame
NGS - New Generation Sequencing
ITR - Inverted terminal repeats
RAPD - Random Amplifying Polymorphic DNA
RFPL - Restriction Fragments Length Polymorphism
S-SAP - Sequence- Specific Amplification Polymorphism
AFLP - Amplification Fragments Length Polymorphism
TID - Transposon Insertion Display
СТАВ - hexadecyltrimethylammonium bromide

Все редии в группировке, произошедшей от одного мирацидия, представляют собой генетические клоны. Как и материнские спороцисты редии размножаются паргеногенетически. Они производят личинок гермафродитного поколения -церкарий, которые выходят из моллюска и ведут свободный образ жизни в поисках следующего промежуточного хозяина, роль которого играет мидия Mytilus edulis. Клоны церкарий, партеногенетических потомков одного мирацидия, инфицировавшего первого промежуточного хозяина - моллюска, имеют как отличные поведенческие реакции (Прокофьев, Галактионов, 2010), так и различный успех при инфицировании следующего (второго) промежуточного хозяина (Левакин и др., 2013; Levakin et al., 2013). Генетический источник такого разнообразия не известен. Попадая в мидию, церкарии превращаются в следующую личинку гермафродитного поколения — метацеркарию. Снаружи метацеркарии покрывается особой оболочкой - цистой, которая предохраняет их от защитных реакций хозяина. Мидия служит объектом питания окончательного хозяина - чаек Larus argentatus, попадая в которого метацеркария превращается во взрослую особь гермафродитного поколения - мариту. (Галактионов, Добровольский, 1993)
Из зародышевых клеток мирацидия в моллюске-хозяине формируется группировка редий, размножающихся путем апомиктического партеногенеза и производящих церкарий. При заражении моллюска одним мирацидием все редии и продуцируемые ими церкарии, как указывалось выше, обладают одним генотипом (генотип мирацидия-материнской спороцисты) и представляют собой клон (рис. 6).