Стандартизированное исследование экспрессии генов BCR-ABL, PRAME и WT1 у больных хроническим миелолейкозом

• Автор: Аксенова, Елена Владиславовна
• Шифр специальности: 14.01.21
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 138 с. : ил.

Оглавление

Список сокращений

Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1 Структура и функции гена BCR-ABL, метаболические пути, участвующие в патогенезе ХМЛ. Взаимосвязь структуры химерного онкогена BCR-ABL с фенотипом заболевания

1.2 Молекулярно-генетические основы терапии ХМЛ ингибиторами тирозинкиназ

1.3 Факторы прогрессии заболевания

1.4 Молекулярный мониторинг экспрессии BCR-ABL у больных ХМЛ: характеристика метода, его оптимизация и стандартизация

1.5 Роль молекулярного мониторинга при терапии ХМЛ ингибиторами тирозинкиназ

1.6 Онкомаркер PRAME - экспрессия при гемобластозах, иммунологическая роль, исследование функций белка в
клетке
1.7 Ген WT1 - строение, функции белка, экспрессия при гемобластозах..
Глава 2. Материалы и методы исследования
Глава 3. Результаты собственных исследований и обсуждение
3.1. Разработка тест-систем, определение характеристик метода ПЦР в
реальном времени, стандартизация метода молекулярного мониторинга
BCR-ABL
3.2 Сопоставление данных молекулярного и цитогенетического анализа.
3.2.1 Валидация метода молекулярной диагностики
3.2.2 Корреляция у больных с ПЦО уровня экспрессии BCR-ABL и стабильности цитогенетического ответа

3.2.3 Динамика молекулярного и цитогенетического ответов у больных
с разным ответом на терапию
3.3 Достижение молекулярного ответа у больных ХМЛ, начавших терапию иматинибом в ранней хронической фазе (РХФ) и в поздней хронической фазе (ПХФ)
3.3.1. Общее достижение БМО и ПМО в двух группах за весь период наблюдения
3.3.2. Динамика достижения молекулярного ответа в сроки 6-60 месяцев терапии иматинибом
3.3.3. Динамика первичного достижения молекулярного ответа за 1-5 годы терапии иматинибом
3.4. Взаимосвязь уровня экспрессии BCR-ABL у больных ХФ ХМЛ на ранних сроках терапии и достижения молекулярного и цитогенетического
ответа на терапии иматинибом
3.5 Экспрессия генов PRAME и WT1 у больных ХМЛ
3.5.1 Частота встречаемости и уровень экспрессии генов PRAME и WT1 у больных ХФ ХМЛ на разных сроках терапии иматинибом и у больных во 2-й ХФ
3.5.2. Соотношение уровней'экспрессии генов BCR-ABL, FRAME и WT1 у больных ХФ ХМЛ на терапии иматинибом
3.5.3. Зависимость последующего ответа на терапию иматинибом от уровня экспрессии генов FRAME и WTI у больных ХФ ХМЛ
3.5.4. Экспрессия генов FRAME и WT1 у больных ХФ ХМ, резистентных к терапии иматинибом и больных с оптимальным ответом на терапию. Корреляция с мутационным статусом гена BCR-ABL
Заключение
Выводы
Список использованной литературы

Список сокращений

БК — бластный криз БМО - большой молекулярный ответ БЦО - большой цитогенетический ответ ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота НТК - ингибиторы тирозинкиназ кДа - килодалътон
кДНК - комплиментарная дезоксирибонуклеиновая кислота
мРНК - матричная рибонуклеиновая кислота
МДС - миелодиспластический синдром
МО - молекулярный ответ
МОБ - минимальная остаточная болезнь
OJIJI - острый лимфобластный лейкоз
ОМЛ - острый миелоидный лейкоз
ОПЛ - острый промиелоцитарный лейкоз
ПМО - полный молекулярный ответ
ПХФ - поздняя хроническая фаза
ПЦО - полный цитогенетический ответ
ПЦР - полимеразная цепная реакция
РНК — рибонуклеиновая кислота
РХФ - ранняя хроническая фаза
ФА - фаза акселерации
ХМЛ - хронический миелолейкоз
ХФ — хроническая фаза
ЦО - цитогенетический ответ
CV - коэффициент вариации
ELN - European Leukemia Net
IS - International Scale, международная шкала
kb - килобаз, соответствует 1000 пар нуклеотидов

осуществлялось в два этапа. На первом этапе каждая из лабораторий вычисляла значение экспрессии BCR-ABL у пациентов своим методом, эти же образцы - в среднем 20 из каждой лаборатории, передавались в референснуго лабораторию, в которой тоже определялось значение экспрессии. Поскольку при высоких значениях экспрессии BCR-ABL наблюдаются существенные искажения результатов, и эти искажения различны при использовании разных контрольных генов, фактор конверсии вычисляется и является приемлемым только для образцов с уровнем экспрессии менее 10%.
Если анализ экспрессии в лабораториях является стабильным и воспроизводимым, результаты между двумя лабораториями будут отличаться на одинаковую величину. Значение фактора конверсии вычислялось по методу Bland and Altman исходя из средней разницы между значениями, полученными в референсной и исследуемой лабораториях и выраженных в логарифмической шкале. Вторым этапом этой работы является валидация, т.е. подтверждение значение фактора конверсии для каждой лаборатории. Для этого осуществляется повторная передача образцов в референсную лабораторию. Было показано, что до конверсии разброс средних значений между референсной и исследуемой лабораториями варьировал в пределах от
-7.7 раз до +8.1 раз, а после конверсии для 17 из 19 лабораторий различия в средних значениях укладывались в промежуток +/- 1,2 раза. Из 38 лабораторий, в которых использовались 19 различных методов и 5 разных контрольных генов, для 22 (58%) вычисление фактора конверсии оказалось успешным. Для остальных лабораторий вычисление фактора конверсии не смогло осуществиться либо вследствие нелинейности выполняемого ими анализа, либо вследствие его нестабильности в течение времени исследования.
Таким образом, было подтверждено, что вычисление фактора конверсии и представление результатов экспрессии BCR-ABL в международной шкале позволяет значительно снизить различия в данных лабораторий, использующих отличающиеся аналитические системы. Это дает возможность