Протеомные технологии в диагностике грибовидного микоза

• Автор: Братцева, Екатерина Валериевна
• Шифр специальности: 14.01.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 119 с. : 12 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
Страница
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. СОВРЕМЕННЫЕ МЕТОДЫ ДИАГНОСТИКИ И НОВЫЕ ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ МАРКЕРЫ ГРИБОВИДНОГО МИКОЗА
1.1.Диагностика грибовидного микоза на современном этапе
1.2.Разнообразие клинических проявлений грибовидного микоза
1.2.Гистологическое исследование в диагностике грибовидного микоза
1.3.Иммунофенотипические методы в диагностике грибовидного микоза
1 АМолекулярно-биологические методы в диагностике грибовидного микоза
1.5.Новые методы диагностики и маркеры ГМ
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Клиническая характеристика больных
2.2. Лабораторные методы исследования
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ. РЕЗУЛЬТАТЫ ПРОТЕОМНОГО ИССЛЕДОВАНИЯ СЫВОРОТКИ КРОВИ БОЛЬНЫХ ГРИБОВИДНЫМ МИКОЗОМ
3.1. Общая клиническая характеристика больных
3.2. Клинические наблюдения
3.3. Результаты исследования с применением метода масс-спектрометрии
ГЛАВА 4. РЕЗУЛЬТАТЫ ИЗУЧЕНИЯ УРОВНЯ ЦИТОКИНОВ В СЫВОРОТКЕ КРОВИ БОЛЬНЫХ ГРИБОВИДНЫМ МИКОЗОМ С ПРИМЕНЕНИЕМ ТЕХНОЛОГИИ хМАР

4.1. Результаты исследования цитокинов в сыворотке крови больных ГМ, псориазом и
здоровых доноров крови
4.2.Оценка качества экспериментальной диагностической модели, основанной на определении цитокинов в сыворотке крови
4.3. Использование панели цитокинов с целью увеличения точности диагностики ГМ
4.4.Анализ уровня цитокинов в сыворотке крови больных грибовидным микозом на
разных стадиях заболевания
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ГКС — глюкокортикостероиды
ГМ - грибовидный микоз
ИФТ - иммунофенотипирование
ЛУ - лимфатические узлы
СС - синдром Сезари
ТКЛК - Т-клеточные лимфомы кожи
AUC - area under curve, площадь под кривой (применяется при ROC-анализе)
CD - cluster of differentiation, мембранные маркеры клеток костномозгового происхождения
TNF-a - tumor necrosis factor-alpha, фактор некроза опухоли-альфа IFN-y - interferon-gamma, интерферон-гамма IL - interleukin, интерлейкин
IL-lra - interleukin 1 receptor antagonist, антагонист рецептора интерлейкина-1 IP-10 - interferon-y inducible protein-10; белок 10, индуцированный
интерфероном-гамма
MALDI-TOF - matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight,
опосредованная матрицей врсмяпролетная десорбция/ионизация
RFE - recursive feature elimination algorithm, алгоритм рекурсивного исключения
признаков
RT-PCR - real-time polymerase chain reaction, полимеразная цепная реакция в реальном времени
ROC-анализ — Receiver Operator Characteristic, операционная характеристика приемника
PPV - positive predictive value, прогностическая ценность положительного диагноза

методами. Другой подход не предполагает обязательной идентификации биомаркеров, а основан на сравнении протеомного профиля в целом для дифференцировки больных и здоровых людей с привлечением статистических методов для выявления значимых отличий, не выявляя причин (E.F. Petricoin и соавт., 2002). При этом диагностическим признаком является сам состав потеомного профиля, то есть исследование и непосредственная диагностика могут проводится одним и тем же методом (Z. Xiao и соавт., 2005).
В литературе описаны единичные работы по изучению ГМ с применением протеомных технологий (Таблица 3).
E.W. Cowen с соавторами провели сравнение протеомного профиля сывороток крови больных ГМ (опухолевая стадия), псориазом и здоровых доноров. В зависимости от использовавшейся платформы для масс-спектрометрии (SELDI-TOF или PrOTOF) чувствительность метода для дифференцировки сывороток больных ГМ и псориазом составила 78,6% (78,6%), специфичность - 86,7% (93,8%), при дифференцировке сывороток больных ГМ и здоровых доноров чувствительность - 62,5% (71,4%) и специфичность - 91,7% (92,9%). Отличия между группами больных ГМ и здоровыми людьми были обнаружены по 11 пикам (р<0,0001). Однако идентификация данных пиков в исследовании не проводилась (E.W. Cowen и соавт., 2007). Данную работу можно отнести ко второму типу протеомных исследований, когда диагностика заболевания осуществляется по типу «черного ящика». Необходимо отметить, что достаточно высокие специфичность и чувствительность дифференцировки ГМ от псориаза и состояния здоровья можно объяснить тем, что в данном исследовании участвовали больные опухолевой стадией ГМ, что увеличивает вероятность протеомных сдвигов в сыворотке крови по сравнению с ранними стадиями ГМ.
В исследовании J. Liu с соавт. проводилось сравнение сывороток крови
больных ГМ и 17 сывороток контроля методом SELDI-TOF. Различия между