Экспертное применение анализа полиморфизма последовательностей митохондриальной ДНК в судебно-медицинской практике

• Автор: Фролова, Светлана Александровна
• Шифр специальности: 14.00.24
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 122 с. : 23 ил.

Слисок используемых сокращений
мтДНК - митохондриальная ДНК
ГВС1- гипервариабельный сегмент 1 контрольного региона мтДНК
ГВС2 - гипервариабельный сегмент 2 контрольного региона мтДНК
ПДРФ — полиморфизм длины рестриктазных фрагментов
ПДАФ - полиморфизм длины амплиф ициро ванн ых фрагментов
ПГ1АФ — полиморфизм последовательности амплифицированных фрагментов
ПЦР - полимеразная цепная реакция.
CRS - Cambrige reference sequence

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Молекулярно-генетические технологии идентификационных
иследований, оперирующие на уровне хромосомной ДНК
1.1.1. Анализ полиморфизма длины рестриктазных фрагментов ДНК
1.1.2. Анализ полиморфизма длины амплифицированных фрагментов 17 ДНК
1.1.3. Анализ полиморфизма нуклеотидных последовательностей ДНК
1.2. Молекулярно-генетические технологии идентификационных
исследований, оперирующие на уровне митохондриальной ДНК

1.2.1. Структурная и генетическая организация мтДНК
1.2.2. Особенности использования анализа мтДНК в судебно- 2
медицинских идентификационных исследованиях в сравнении с
анализом аутосомных маркеров
1.2.3. Методические подходы, используемые при типировании мтДНК 34 в судебно-экспертных идентификационных исследованиях
1.2.4. Практическое применение индивидуализирующей системы на 41 основе мтДНК в экспертных идентификационных исследованиях
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Объекты исследования
2.2. Материалы и реагенты
2.3. Методы исследования
2.3.1. Выделение ДНК
2.3.2. Анализ полиморфизма хромосомной ДНК
2.3.3. Анализ полиморфизма митохондриальной ДНК
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Разработка и оптимизация методов экстракции, амплифика
цин и ссквенировапия мтДНК
3.1.1. Оптимизация методики определения нуклеотидных послсдова
тельностей амплифицированных фрагментов мтДНК - продуктов ПЦР

3.1.2. Разработка мультиплексного формата для системы амплификации полиморфных локусов контрольного участка мтДНК
3.1.3. Метод "горячего старта" как способ повышения эффективности и устойчивости полимеразной цепной реакции при типироваиии мтДНК.
3.1.4. Изучение эффективности экстрагирования и амплификации мтДНК из образцов крови, иммобилизованных на РТА®-носителе
3.2. Изучение возможности дифференцирования гаплотипов ППАФ митохондриальной ДНК (митотипов) в смешанных биологических объектах
3.3. Анализ генетического разнообразия митохондриальной ДНК в аспекте судебно-экспертной идентификации личности. Сравнительный анализ дискриминирующего потенциала локусов ГВС1, ГВС2 и объединенной системы ГВС1 + ГВС2
3.3.1. Изучение дискриминирующих характеристик локусаГВСІ
3.3.2. Сравнительный анализ дискриминирующих характеристик локуса ГВС2 и объединенной системы ГВС1+ГВС2
3.4. Типирование митохондриальной ДНК - новый уровень решения
идентификационных задач при выполнении судебно-медицинских экспертных исследований
3.4.1. Идентификация неопознанных останков граждан, погибших в результате террористических актов, совершенных в Москве в сентябре 1999 г.
3.4.2. Идентификация неопознанных останков жертв вооруженного конфликта в Чеченской Республике
ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Стандартная процедура молекулярно-генетического судебно-экспертного исследования тандемных VNTR- и STR-локусов хромосомной ДНК, выполняемого с применением технологии анализа полиморфизма длины амплифицированных фрагментов ДНК (ПДАФ) в качестве основных этапов включает энзиматическую амплификацию этой ДНК в полимеразной цепной реакции и электрофоретическое фракционирование ироду пои ПЦР - для последующего установления аллельных вариантов и сравнительного анализа локальных генотипических комбинаций исследуемых объектов. Интерпретационная часть такой судебно-медицинской экспертизы вещественных доказательств основывается на анализе амплификационных профилей ДНК, которые представляют собой электрофореграммы распределения но молекулярному размеру' продуктов локус-специфической полимеразной реакции [Методические указания Минздрава РФ № 98/253 от19.01.1999г.].
Между тем, вариации в пол и нуклеотидных цепях мтДНК обусловлены в абсолютном большинстве случаев не тандемной организацией полиморфных генов, а гак называемыми точковыми нуклеотидными заменами. Это - типичный полиморфизм последовательности ДНК. Дифференцировать такие полиморфные варианты с помощью методов, используемых для анализа хромосомных ПДАФ-маркеров, возможно не всегда. Существуют различные вариации методик, используемые при типировании мтДНК в сущебно-экспертных идентификационных исследованиях, которые будут рассмотрены в следующем разделе. Тем не менее, следует отмстить, что в настоящее время, практическое значение для типирования мтДНК имеет только индивидуализирующая система ППАФ-гипа, в основе которой лежит секвенирование (англ. “sequencing" то есть определение первичной структуры) амплифицированных фрагментов ДНК, синтезированных па матрице мтДНК.
1.2.3. Методические подходы, используемые при типировании мтДНК
в судебно-экспертных идентификационных исследованиях