Сравнительное изучение микросателлитной изменчивости лососевых рыб

• Автор: Шайхаев, Евгений Гаджирамазанович
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 154 с. : ил.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1Л. Тихоокеанские лососи, систематика и происхождение

1.2. Микросателлиты: общее представление

1.3. Распространение микросателлитов в геномах разных организмов

1.4. Функции микросателлитов в геноме

1.5. Мутационный уровень и факторы, влияющие на мутационную динамику микросателлитов

1.6. Механизм микросателлитных мутаций

1.7. Происхождение микросателлитов в геноме

1.8. Модели микросателлитных мутаций

1.8.1. Модель бесконечного числа аллелей (Infinite Alleles Model-IAM)

1.8.2. Модель пошаговых мутаций (Stepwise Mutational Model - SMM)

1.8.3. Двухфазная модель (Two-Phase Model - TPM)
1.8.4. Балансовая модель (Proportional Slippage/Point Mutation - PS/PM)
1.9. Гомоплазия микросателлитов
1.10. Перекрестная амплификация
1.11. Филогенетические исследования
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Биологический материал
2.2. Анализ микросателлитной ДНК
2.3. Анализ генетических данных
ГЛАВА 3. ПОЛУЧЕННЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
3.1. Перекрестная амплификация микросателлитных локусов лососевых рыб
3.2. Сравнительное изучение полиморфизма микросателлитных локусов
3.3. Тетрануклеотидная изменчивость исследованных локусов
3.4. Внутривидовое разнообразие
3.5. Идентификации лососевых рыб с помощью микросателлитов
3.5.1. Межвидовая идентификация
3.5.2. Индивидуальная идентификация
3.5.3. Популяционная идентификация и популяционные исследования
3.6. Эволюция структуры микросателлитных локусов лососевых рыб
3.6.1. Эволюция микросателлитного локуса &а797
3.6.2. Эволюция микросателлитного локуса ОпеЮЗ
3.6.3. Эволюция микросателлитного локуса ОММЮ37
3.6.4. Эволюция микросателлитного локуса ОММЮ50
3.6.5. Эволюция минасателлитного локуса ОкеЗ
3.6.6. Эволюция микросателлитного локуса ОА702
3.6.7. Эволюция микросателлитного локуса ОАбб#
3.6.8. Эволюция микросателлитного локуса ОпеЮ9
3.6.9. Эволюция микросателлитного локуса ОкИО
3.7. Общие особенности эволюции исследованных микросателлитных локусов :
3.8. Филогенетический анализ исследованных видов по структуре микросателлитов
3.8.1. Фланкирующие регионы
3.8.2. Внутрилокусные перестройки
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
Список сокращений
Список литературы
Приложение
Приложение
Лососевые рыбы являются ценнейшим водным биоресурсом российского Дальнего Востока. Природные популяции тихоокеанских лососей широко распространены в бассейне Тихого океана и имеют разные по протяженности нерестовые ареалы на азиатском и северо-американском континентах.
В настоящее время как в России, так и за рубежом, лососевые рыбы, в частности тихоокеанские лососи рода Oncorhynchus, являются привлекательным объектом для многих генетических исследований. Например, имеется большое количество данных, полученых на основании различных признаков, в том числе анализа ядерной и митохондриальной ДНК, которые затрагивают такие основополагающие вопросы как происхождение, эволюция, филогения и систематика лососевых рыб (Oleinik, 2000; Shed’ko et al., 2002; Crespi, Teo, 2002; Phillipsa, 2001; Crespi et al., 2003; Matveev et al., 2007; Thomas, Beckenbach, 1989; Murata et al.,1992; Takasaki et al., 1994; Murata et al., 1995; Hamada et al., 1996; Jong-Young Lee et al., 1998; Oakley et al., 1998; Murata et al., 1995; Matveev, Okada, 2008; Ying Wang et al., 2011, Глубоковский, 1995).
Лососевые рыбы образуют сложные многоуровневые системы нерестовых популяций, в связи с этим они представляют большой интерес для изучения их популяционно-генетической структуры (Beacham et al., 1999; Beacham et al. 2008; Gharrett et al., 2007; Banks et al., 2000; Chen et al., 2005; Yoon et al., 2005; Афанасьев и др., 2006; Small et al., 2006; Хрусталева, 2007; Афанасьев и др., 2008; Животовский и др., 2008, 2010; Каев и др., 2008; Рубцова и др., 2008; Шитова и др., 2009).
Последние два десятилетия наиболее популярными маркерами для популяционно-генетических исследований являются микросателлиты -последовательности, состоящие из большого количества коротких повторов и отличающиеся высоким уровнем аллельного полиморфизма (Ellegren, 2004;

ОММЮ37
О.кею О.пегка ОЛъЬапуКсЬа 0.та$ои $.1еисотаепЬ
О.догЬьнсЬа О.кЛтиЬ О.тука5 Ь.а1Ьш Р.реггу
Виды
0^102
О.кеХа О.пегка 0.tshavvytscha О.таьои Э./еисотаепЬ
О.догЬшсЬа 0.кЛ5ииН О.тука 5.а№>т Р.реггу
Виды
Рисунок. 3.1. (продолжение) Количество и интервал размеров аллелей исследованных микросателлитных локусов у различных видов лососевых рыб