Изучение изменчивости и молекулярных механизмов образования псевдогенов митохондриального происхождения в геноме дрозофил

• Автор: Романов, Денис Александрович
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 122 с. : ил.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА

Сокращения:

мтДНК - митохондриальная ДНК

сохЗ - митохондриальный ген субъединицы цитохром с оксидазы atp6 - митохондриальный ген субъединицы АТФ-синтазы gag - ген белка капсида вирусоподобной частицы pol - ген белка полимеразы
env - ген белка оболочки вирусоподобной частицы ДКП - длинные концевые повторы ВПЧ - вирусоподобные частицы
Numt - аббревиатура выражения (nuclear mitochondrial DNA) ГТДРФ - полиморфизм длин рестриктных фрагментов

Ключевые слова:

Митохондриальная ДНК, митохондрии, гш/'«/-последовательности,

видообразование, ДНК-маркеры, группа virilis, Drosophila, ретротранспозоны, молекулярная филогения.

Оглавление
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА
1. ВВЕДЕНИЕ
1.1 Актуальность темы исследования
1.2. Степень разработанности темы исследования
1.3. Цели и задачи исследования
1.4. Научная новизна
1.5. Теоретическая и практическая значимость работы
1.6. Положения, выносимые на защиту
1.7. Апробация результатов диссертации
1.8. Объем и структура диссертации
1.9. Благодарности
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
2.1. Открытие митохондриальных последовательностей в ядерном геноме методом гибридизации нуклеиновых кислот
2.2. Терминологическое отступление
2.3. Исследования ^^/-последовательностей методами ПЦР
2.4. Изучение ии/и/-последовательностей в постгеномную эру
2.5. Изменчивость ниш/-последовательностей у позвоночных и насекомых
2.6. Избирательная ПЦР амплификация « м m /- п о с л е д о в ате л ь н о сте й и современная систематика
2.7. Старение млекопитающих связано с инсерциями numt-последовательностей в соматических клетках
2.8. Инсерции ««////-последовательностей вызывают наследственные заболевания у человека
2.9. Вирусные инфекции и активность ретротранспозонов могут индуцировать инсерции ««////-последовательностей
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1. Объекты исследования
3.2. Выделение тотальной ДНК из имаго дрозофил
3.3. Выделение плазмидной ДНК
3.4. ПЦР амплификация и клонирование ДНК
3.5. Биоинформационный анализ
3.6. Получение первичной эмбриональной клеточной линии
4. РЕЗУЛЬТАТЫ
4.1. Выделение и характеристика фрагментов митохондриальной ДНК из ядерного генома дрозофил группы virilis и пересеваемой клеточной культуры D. viril is

образованию стоп-кодона (Maddison, 2012). В ряде случаев такие ошибки обнаружены, в том числе и в базах данных GenBank (Wolff el al., 2012). Для преодоления этих проблем разработаны специальные экспериментальные методы. Эти методы обеспечивают преимущественную амплификацию митохондриальных или ядерных последовательностей.
Выбор ткани для выделения ДНК имеет большое значение. Препараты ДНК из ооцитов или зигот сильно обогащены митохондриальной ДНК, благодаря многочисленности митохондрий в этих клетках (Wolff, Gemmell, 2008). Напротив, препараты ДНК из зрелых сперматозоидов содержат почти исключительно ядерную ДНК.
В том случае, если необходимо обеспечить преимущественную амплификацию митохондриальной ДНК, общим решением будет максимально возможное разбавление препарата геномной ДНК, при котором ПЦР амплификация ещё наблюдается. Этот метод действенен, так как копийность митохондриальных генов практически всегда больше, чем ядерных. При выделении ДНК из живых клеток появляются дополнительные возможности обеспечить ПЦР амплификацию только митохондриальных генов. Митохондриальные гены активно транскрибируются, тогда как «шШ-последовательности обычно транскрипционно неактивны. Вследствие этого различия, ПЦР с препарата кДНК будет контаминирован иг//н/-последователыюстями с меньшей вероятностью (Pamilo et al., 2007). Кольцевая форма митохондриальной ДНК животных позволяет выделить её в чистом виде, или избирательно амплифицировать,