Исследование генетического разнообразия эпидемиологически значимых видов описторхид

• Автор: Шеховцов, Сергей Викторович
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 131 с. : ил.

Оглавление

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Общая характеристика семейства Opisthorchiidae

1.2 Биологическая характеристика исследуемых видов

1.2.1 Развитие в первом промежуточном хозяине

1.2.2 Развитие во втором промежуточном хозяине

1.2. 3 Развитие в окончательном хозяине

1.3 Географическое распространение

1.3.1 Ареал O.felineus

1.3.2 Ареал С. sinensis
1.3.3 Ареал О. viverrini
1.3.4 Ареалы М. bilis, М. xanthosomus и P. truncatum
1.4 Морфологическое строение и систематическое положение изучаемых видов
1.5 Систематическое положение исследуемых видов
1.5.1 псем Opisthorchiinae
1.5.2 псем Metorchiinae
1.6 Характеристика молекулярных маркеров
1.7 Характеристика митохондриальных геномов плоских червей
1.8 Молекулярно-филогенетические исследования описторхид
1.9 Работы по изучению внутривидовой изменчивости описторхид
1.10 Филогенетические методы анализа последовательностей

1.10.1 Методы, основанные на вычислении филогенетических дистанций
1.10.2 Метод максимальной парсимонии
1.10.3 Метод максимального правдоподобия
10.11 Филогеография трематод
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Выделение биологического материала
2.1.1 Компрессионный метод выделения метацеркарий
2.1.2 Выделение метацеркарий путем переваривания мышц рыбы в искусственном желудочном соке
2.1.4 Выделение марит из печени искусственно зараженного хозяина
2.2 Выделение нуклеиновых кислот
2.2.1 Выделение ДНК из марит и метацеркарий фенольным
методом
2.2.2 Выделение ДНК из марит и метацеркарий перевариванием
протеиназой К
2.2.3 Выделение ДНК из марит и метацеркарий при помощи гуанидинизотиоцианата
2.2.4 Выделение плазмидной ДНК
2.3 Электрофорез нуклеиновых кислот в агарозных гелях
2.4 Трансформация плазмидной ДНК в клетки E.coli
2.5 Подготовка компетентных клеток E. coli для электропорации
2.6 Элюция ДНК из агарозного геля
2.7 Полимеразная цепная реакция (ПЦР) и олигонуклеотиды

2.8 Компьютерный анализ последовательностей ДНК
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Митохондриальные геномы О. felineus, С. sinensis и О. viverrini
3.2 Филогеография О. felineus
3.3 Филогения видов сем. Opisthorchiidae
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1 Митохондриальные геномы
4.2 Филогеография О. felineus
4.3 Филогения видов сем. Opisthorchiidae
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

По Филимоновой (2000), диагностическими признаками, отличающими эти подсемейства, являются положение желточников и матки: у
представителей п/сем Opisthorchiinae они расположены сзади от брюшной присоски, в то время как у представителей п/сем Methorchiinae они частично заходят за нее вперед. Скрябин и Петров (1950) в качестве отличительного признака приводят также расположение экскреторного пузыря относительно семенников: у представителей п/сем Methorchiinae экскреторный пузырь расположен дорзально от семенников, у представителей п/сем Opisthorchiinae - расположен вентрально либо лежит S-образно между ними.
1.5.1 псем Opisthorchiinae
С. sinensis был выделен в монотипический род Clonorchis Лоосом в 1907 г., однако с тех пор многие авторы отмечали, что отличия его от представителей рода Opisthorchis недостаточны для выделения его в отдельный род (Dawes, 1956; Kotlan, 1960; Филимонова, 2000), и лишь из-за большого числа публикаций, посвященных С. sinensis, традиционное название было оставлено, однако встречаются работы, где он фигурирует как
O.sinensis. В частности, последовательность, таксономическая принадлежность которой обозначена таким образом, есть в GenBank.
О. felineus, О. viverrini и С. sinensis - весьма близкие друг к другу виды. Относительно филогенетических взаимоотношений этих видов существует две точки зрения. Согласно первой, О. felineus и О. viverrini ближе друг к другу, чем к С. sinensis. Эта точка зрения основана на строении марит: У О. felineus и О. viverrini яичники цельнокрайние или неглубоко лопастные, не заходят за кишечные стволы, в то время как у С. sinensis яичники древовидно разветвленные, заходящие за кишечные стволы.
Согласно другой точке зрения, О. viverrini и С. sinensis ближе друг к другу, чем к О. felineus. В пользу этой точки зрения говорят следующие аргументы: