Организация плазмидных репликонов групп несовместимости P-7 и P-9

• Автор: Соколов, Сергей Львович
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 119 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1Л. Общие свойства бактериальных плазмид

1Л Л. Репликация

1 Л.2. Конъюгация

1 Л.3. Мобилизация

1Л .4. Интеграция и стабильность поддержания

1 Л.5. Несовместимость плазмид

1.2. Классификация плазмид по группам несовместимости
1.3. Плазмиды бактерий рода Pseudomonas
1.4. Репликация и поддержание плазмид Pseudomonas
1.5. Плазмиды биодеградации Pseudomonas
1.6. Плазмиды деградации нафталина и толуола
1.7. Биохимические пути и генетический контроль биодеградации нафталина
1.8. Биохимические пути и генетический контроль биодеградации толуола.
1.9. Катаболические транспозоны псевдомонад
1.10. Роль мобильных генетических элементов в адаптации микроорганизмов к ксенобиотикам
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Бактериальные штаммы и плазмиды
2.2. Питательные среды и условия роста
2.3. Выделение бактериальных штаммов из почвенных образцов
2.4. Выделение ДНК из почвы
2.5. Выделение тотальной ДНК бактерий
2.6. Выделение плазмидной ДНК
2.7. Конъюгационный перенос плазмид
2.8. Полимеразная цепная реакция
2.9. Гидролиз ДНК эндонуклеазами рестрикции ;
2.10. Электрофорез в агарозном геле
2.11. Препаративное выделение фрагментов ДНК из агарозного геля
2.12 Мечение ДНК методом рассеянной затравки
2.13. ДНК-ДНК гибридизация
2.14. Лигирование ДНК
2.15. Приготовление компетентных клеток E.coli
2.16 Трансформация клеток E.coli плазмидной ДНК
2.17. Определение нуклеотидной последовательности ДНК
3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. Стабильность плазмид NPL-1 и NPL-41 в штаммах P. putida при длительном культивировании
3.2. Рестрикционный и гибридизационный анализ NPL-1 и ее производных
3.3. Клонирование иа/г-областей и прилегающих к ним участков плазмид NPL-1 и pBS
3.4. Рестрикционный анализ элементов базового репликона 1псР-9 плазмид
3.5. Клонирование минирепликонов 1псР-7 и 1псР-9 плазмид деградации нафталина
3.6. Физическое картирование минирепликонов pBS213mini и pOV17mini
3.7. Структура oriVплазмид Р-7 и Р-9 групп несовместимости
3.8. Филогенетический анализ RepA-белков 1псР-7 и 1псР-9 плазмид
3.9. Экзогенная изоляция плазмид из почвенных образцов
4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Влияние транспозонов на экспрессию катаболических генов и структурную стабильность плазмид
4.2. Анализ G+C-состава базовых репликонов плазмид бактерий рода Pseudomonas
4.3. Филогения Rep-белков 1псР-7 и 1псР-

4.4. Роль раг-генов в функционировании репликонов 1псР-7 и 1псР-9 в клетках Е. соН
4.5. Организация «структурного скелета» 1псР-9 плазмид
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
нафталин

С =0 соон
пируват

NahE I

салицил альдегид
нафталин-іуне-1,2-дигидродиол

Н20 NAD* NADH Н*
1,2-дигидроксинафталин
СООН салицилат

2-гидроксихромен-
2-карбоксилат
Рис. 5. Биохимические пути биодеградации нафталина (Yen K.M. & Serdar С.М., 1988) NahAaAbAcAd - нафталин-1,2-диоксигеназа, NahB - нафталин цис-дигидродиол дегидрогеназа, NahC - 1,2-дигидроксинафталин диоксигеназа, NahD -2-гидроксихромен-2-карбоксилат изомераза, NahE - 2-гидроксибензилпируват альдолаза, NahF - салицилальдегид дегидрогеназа.
NahD Л
wpöKC-0-гидроксибензилиденпируват