Штрихкодирование видов и молекулярная филогенетика рыб семейства стихеевые (Perciformes, Stichaeidae) Дальневосточных морей России

• Автор: Туранов, Сергей Викторович
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Владивосток
• Количество страниц: 160 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. СЕМЕЙСТВО СТИХЕЕВЫЕ И ЕГО ПОЛОЖЕНИЕ В СИСТЕМЕ

ПОДОТРЯДА /ОЛКСОШП

ГЛАВА 2. ДНК-ШТРИХКОДИРОВАНИЕ КАК НАДЁЖНЫЙ МЕТОД ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ И ИЗУЧЕНИЯ БИОЛОГИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ

ГЛАВА 3. БЕЛОК-КОДИРУЮЩИЕ ГЕНЫ СО-1 И СУТВ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК КАК ПОДХОДЯЩИЙ ИНСТРУМЕНТ ДЛЯ

РЕКОНСТРУКЦИИ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ ОТНОШЕНИЙ

ГЛАВА 4. ХАРАКТЕРИСТИКА ВЫБОРКИ, ХОД РАБОТЫ И МЕТОДИКА

ИССЛЕДОВАНИЯ

4Л Сбор материала и получение нуклеотидных последовательностей

4.2 Методика и ход работы при анализе в ДКН-штрихкодировании.
4.3 Методика и ход работы при реконструкции филогенетических отношений на основе генов Со-1 и СутВ
ГЛАВА 5. ДНК-ШТРИХКОДИРОВАНИЕ СТИХЕЕВЫХ И ДРУГИХ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ БЕЛЬДЮГОВИДНЫХ РЫБ ДАЛЬНЕВОСТОЧНЫХ МОРЕЙ РОССИИ
5.1 Результаты
5.2. Обсуждение
ГЛАВА 6. МОЛЕКУЛЯРНО-ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ НЕКОТОРЫХ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ БЕЛЬДЮГОВИДНЫХ РЫБ (РЕКСШОКМЕБ, гОАЯСОГОЕЦ ДАЛЬНЕВОСТОЧНЫХ МОРЕЙ, ОСНОВАННОЕ НА НЕПОЛНОЙ НУКЛЕОТИДНОЙ
ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ МИТОХОНДРИАЛЬНОГО ГЕНА
ЦИТОХРОМОКСИДАЗЫ 1 {СО-1)
6.1 Результаты
6.2 Обсуждение

ГЛАВА 7. ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЕ ОТНОШЕНИЯ СТИХЕЕВЫХ И ДРУГИХ БЕЛЬДЮГОВИДНЫХ РЫБ (PER.CIFOR.MES, ХОАКСОЮЕІ) ПО ДАННЫМ
ИЗМЕНЧИВОСТИ ПОЛНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
МИТОХОНДРИАЛЬНЫХ ГЕНОВ СО-1 И СУТВ
7.1 Результаты
7.1.2 Филогенетические отношения бельдюговидпых рыб по данным
изменчивости гена СугВ
7.1.3 Филогенетические отношения бельдюговидных рыб по объединённым
данным изменчивости генов Со-1 и СугВ
7.2 Обсуждение
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ
Актуальность работы. Семейство (сем.) стихеевые (Zoarcoidei’. Stichaeidae) объединяет в своём составе донных, преимущественно прибрежных рыб, населяющих шельфовую зону северной части Тихого и Атлантического океанов, а также арктические воды (Mecklenburg, Sheiko, 2004; Nelson, 2006). Не представляя существенной промысловой ценности (Фадеев, 2005), стихеевые рыбы, тем не менее, полностью компенсируют этот недостаток как объект пристального внимания таксономистов (Anderson, 1994; Mecklenburg, Sheiko, 2004; Радченко и др., 2009), генетиков (Kartavtsev et al., 2009; Туранов и др., 2012), популяционных биологов (Hickerson, Cunningham, 2005), экологов (Barlon, 1985) и физиологов (Пущин, Кондрашев, 2003). Но наибольшая заинтересованность к этой группе наблюдается именно со стороны систематиков как молекулярно-генетического, так и классического направлений (Stepien, 1997; Anderson, 1994; Назаркин, 2000; Mecklenburg, Sheiko, 2004; Nelson, 2006; Радченко и др., 2009; Kartavtsev et ah, 2009; Туранов и др., 2012; Kwun, Kim, 2013). Этот интерес вызван тем, что представители семейства характеризуются высоким разнообразием признаков, специфические черты которых не могут быть прослежены в неизменном состоянии, и таким образом, однозначно характеризовать группу как систематическое целое (Макушок, 1958). Лишь одна особенность всех его представителей - наличие длинного спинного плавника, полностью (кроме родов Dictyosoma, Cebidichthys и Eulophias) состоящего из колючих лучей - даёт этой группе оригинальное название “Pricklebacks”. Положение семейства в подотряде Zoarcoidei, а также естественное происхождение самой группы в его современном составе являются предметом неумолкающих дискуссий и далеки от завершения. При учёте того факта, что в подотряде Zoarcoidei за последние 10 лет было описано 44 новых вида (из них 4 - в сем. стихеевые) (Eschmeyer, Fong, 2013), возникает необходимость применения надёжной и высокопроизводительной методики для учёта биологического разнообразия на видовом уровне. Такой методикой является штрихкодирование, точнее ДНК-штрихкодированис. Созданное с целью обеспечения однозначной идентификации видовой

Рисунок 4.1.3. Визуализация амплифицированных фрагментов ДНК-штрихкода (—650 п.о.). В крайней правой полосе - маркер с заранее известной
длиной фрагментов.
Особенность секвенирования посредством обрыва цепи (или
секвенирования «по Сангеру»), использованного в работе, заключается в проведении ПЦР, в которой помимо обычных 2'-дезоксирибонуклеотидтрифосфатов присутствуют в необходимом количестве 2',3,-дидезоксирибонуклеотидтрифосфаты (Рисунок 4.1.4), помеченные
флуоресцентным красителем.

С 1C H'KVilplHH»
2'..V in ie ioHvsipimn ;a
Рисунок 4.1.4. Рибозы с химически различными З'-концами, (По: Dale et al.,
2012, fig. 5.2).