Характеристика аллелофонда свиней различных пород с использованием ISSR-маркеров

• Автор: Денискова, Татьяна Евгеньевна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Дубровицы
• Количество страниц: 112 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

1. ВВЕДЕНИЕ

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1. ДНК-маркеры и их классификация

2.2. Высокополиморфные ДНК-маркеры: особенности и сферы применения

2.2.1. Микросателлиты

2.2.2. Полиморфизм однонуклеотидных замен

2.2.3. Случайно амплифицируемые полиморфные ДНК

2.2.4. Полиморфизм длин амплифицированных фрагментов

2.2.5. Межмикросателлитный полиморфизм

2.2.6. Методы детекции и изучения полиморфизма ISSR-маркеров
2.2.7. ISSR-маркеры в исследованиях генома сельскохозяйственных животных
2.3. Обзор программных продуктов для анализа генетического разнообразия с использованием данных молекулярных маркеров
2.3.1. Программа MEGA
2.3.2. Программа GenAlEx
2.3.3. Программа STRUCTURE
2.3.4. Программа PAST
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
3.1. Объекты исследований
3.2. Реактивы и оборудование

3.2.1.
3.2.2.
3.3.

4.1.
4.2.
4.2.1.
4.2.2.
4.3.
4.3.1.
4.3.2.
4.4.
4.4.1.
4.4.2.
4.5.
Реактивы и расходные материалы Оборудование
Методы исследований
РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
Разработка системы мультиплексного генотипирования 188Ы-маркеров свиней
Сравнительный анализ 18811-маркеров и генетических маркеров на основе групп крови
Сравнительный анализ 188К-профилей с генетическими профилями свиней по группам крови Сравнительное генетическое структурирование
популяций по 188Я-маркерам и группам крови Сравнительный анализ 188Я-маркеров и ДНК-маркеров, основанных на полиморфизме длин
амплифицированных фрагментов (АРЬР)
Сравнительный анализ аллельных профилей 18 8Я и АРЬР
Сравнительное генетическое структурирование
популяций по 18811- и АРЬР -маркерам
Сравнительный анализ 188Я-маркеров и микросателлитов
Сравнительный анализ аллельных профилей
[ББИ с микросателлитами
Сравнительный анализ определения породной
принадлежности по 188Я - маркерам и микросателлитам
Характеристика аллелофонда свиней пород крупная

белая, ландрас и дюрок по ШБК-маркерам
4.5.1. Анализ 18811-профилей
4.5.2. Анализ генетических дистанций, рассчитанных на
основе 18811 - маркеров, между исследуемыми популяциями свиней
5. ВЫВОДЫ
6. ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ
7. СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

Программный продукт получил широкое распространение, и к настоящему моменту появилась версия MEGA4. Программа использует последовательности ДНК, РНК, протеина, эволюционное расстояние или данные филогенетического древа. Цель ее разработчиков заключалась в использовании преимуществ мощности компьютера и графических пользовательских интерфейсов для создания «гибкого и легкого в использовании верстака для анализа генетических данных» [Татига К, Dudley J., Nei М., Kumar S.,2007].
Благодаря версии MEGA1, многие методы эволюционного анализа стали доступными для научного сообщества при проведении исследований и в образовательных целях [Kumar S., Татига К, Nei М., 1994].
MEGA2 расширила сферу применения предыдущей версии от одного гена к анализу генома в целом. MEGA2 реализует многие методы определения эволюционного расстояния, изучения молекулярных последовательностей и расчета генетических дистанций на внутри- и межгрупповом уровнях, а также выводит филогенетические древа при минимальном и максимальном критерии эволюционной экономии [Kumar S., Татига К, Jakobsen I. В., Nei М., 2001'].
MEGA4 продолжает развитие версии MEGA2. Она включает в себя массив входных данных, их обработку и редактирование, установление последовательности рядов при выводе филогенетического древа, а также оценку эволюционных дистанций.
Версия MEGA4 также включает в себя матрицу расстояний и филогенетических исследований, используя метод Neighbor-Joining, а также передовые графические модули для визуального представления исходных данных и вывода результатов. Эти особенности, по мнению авторов, выделяют MEGA из других программ для сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей.
Как и в предыдущие версии, MEGA4 была разработана для того, чтобы
сократить время, необходимое для решения повседневных задач в области