Гены центра инактивации и модификации хроматина активной и неактивной Х-хромосом у сумчатых

• Автор: Захарова, Ирина Сергеевна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 106 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Филогения сумчатых и систематическое положение видов Monod.elph.is с1отсиса и 01йе1ркЫ уЬ&тапа
1.2. Цитогенетика сумчатых
1.3. Феномен инактивации Х-хромосомы у самок млекопитающих
1.4. Структура, происхождение и эволюция центра инактивации X-хромосомы
1.4.1. Гены, входящие в состав центра инактивации и элементы, вовлеченные в регуляцию процесса инактивации у мыши и человека
1.4.2. Ген и его роль в процессе случайной и импринтированной инактивации Х-хромосомы у плацентарных
1.4.3. Происхождение и эволюция генов центра инактивации
1.4.4. Видоспецифичность генов центра инактивации, кодирующих нетранслируемые РНК
1.5. Модификации хроматина неактивной Х-хромосомы
1.6. Гипотезы происхождения импринтированной инактивации X-хромосомы
1.7. Аутосомные гены с импринтированной моноаллельной экспрессией
1.7.1. Организация кластеров генов с импринтированной моноаллельной экспрессией
1.7.2. Импринтированная моноаллельная экспрессия и роль нкРНК в кластерах /ц/2г, Ксщ1, 1р/2
1.7.3. Эпигенетические модификации при импринтированной моноаллельной экспрессии генов
1.7.4. Аутосомные гены с импринтированной моноаллельной экспрессией у сумчатых
ЗАКЛЮЧЕНИЕ ПО ОБЗОРУ ЛИТЕРАТУРЫ
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Объект исследования
2.2. Работа с культурами клеток
2.2.1. Клеточные линии
2.2.2. Получение первичной культуры фибробластов легкого
2.2.3. Замораживание клеток
2.2.4. Размораживание клеток
2.3. Микробиологические методы работы
2.3.1. Приготовление компетентных клеток Е.соИ
2.3.2. Трансформация
2. 4. Методы выделения ДНК
2. 4. 1. Методы выделения геномной ДНК
2. 4. 2. Выделение ДНК ВАС-клонов
2. 4. 3. Метод выделения плазмидной ДНК
2. 5. Методики работы с ДНК
2. 5. 1. Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции
2. 5. 2. Электрофорез ДНК в агарозном геле
2. 5. 3. Выделение фрагментов ДНК'из гелей
2. 5. 4. Приготовление радиоактивно меченых зондов
2.5.5. Скрининг ВАС библиотек М. с1отезНса и П. угтапа
2.5.6. Анализ ДНК ВАС-клонов и геномной ДНК с помотцыо блот-

гибридизации по Саузерну
2.5.7. Субклонирование фрагментов ДНК
2.5.8 Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
2. 5.9. Определение нуклеотидной последовательности ДНК
2. 5. 10. Контекстный анализ последовательности ДНК
2 6. Методы работы с РНК

Метилирование ICE гена Ліг устанавливается в оогенезе и поддерживается в предымплантационном развитии (Stoger et al., 1993), в результате чего ген Air репрессирован, а находящиеся под его негативным контролем три белок-кодирующих гена — активны. На хромосоме отцовского происхождения последовательность ДНК района ICE не метилирована, что обусловливает транскрипцию с отцовской хромосомы нкРНК Air размером 108 т.п.н. (Pauler et al., 2007), которая обеспечивает сайленсинг аллелей отцовского происхождения как самого гена Igßr, с которым он частично перекрывается, так и генов Slc22a2 и Slc22a3, с которыми он не перекрывается (Sleutels et al., 2002). При делеции большей части последовательности нкРНК Air, за исключением промоторной области, не происходит сайленсинг Igf2r, Slc22a2 и Slc22a3 (O’Neill, 2005). Инсерция в ICE гена Air сигнала полиаденилирования, в результате которой образовывался короткий усеченный транскрипт размером 3 т.п.н. (Sleutels et al., 2002) нарушала сайленсинг гена Igßr и двух других генов кластера. Таким образом, вероятно, решающую роль в обеспечении сайленсинга генов в данном локусе играет собственно некодируюпщй транскрипт Air (Sleutels et al., 2003).
У человека и других приматов наблюдается би аллельная экспрессия 1GF2R/ Igßr. В оргологичной последовательности JGF2R человека CpGl район полностью не метилирован, a CpG2 — метилирован только на хромосоме материнского происхождения (Riesewijk et al, 1996; Smrzka et al., 1995). Однако, несмотря на дифференциальное метилирование CpG2, в локусе IGF2R человека транскрипции нкРНК Air не обнаружено (Oudejans et al., 2001; Vu, Hoffman, 2004).
Kcnql
Kcnql (potassium voltage-gated channel, subfamily Q, memberl) играет роль в развитии синдрома Видемана—Беквита. Этот синдром характеризуется увеличенной массой тела и внутренних органов (печени, почек, поджелудочной железы, иногда — сердца), нарушением акта глотания, повышенным риском возникновения определенных онкологических