Молекулярно-генетическая диагностика малярии : эффективность и возможности оптимизации

• Автор: Гринев, Александр Борисович
• Шифр специальности: 03.02.07, 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 110 с. : ил.

Оглавление

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ЧАСТЬ 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Современные проблемы диагностики малярии

1Л. Световая микроскопия

1.2. Диагностические экспресс - тесты для диагностики малярии

1.3. ПЦР как метод точной диагностики малярии

Глава.2. Эндемичная лимфома Беркитта как результат микст-инфекции вируса Эпштейн-Барр и Plasmodium falciparum

2 Л. Вирус Эпштейн-Барр как кофактор в патогенезисе лимфомы Беркитта.

2.2. Варианты воздействия Plasmodium falciparum на патогенез лимфомы Беркитта
2.3. Генетические перестройки при эндемичной лимфоме Беркитта
2.3.1. V (D) J рекомбинация
2.3.2. Транслокация с - myc/IgH
ЧАСТЬ II. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Глава 3. Материалы и методы исследования
3.1. Материалы
3.2. Реактивы и оборудование
3.3. Методы
Глава 4. Характеристика завозной малярии в городе Москве в период
2012 г.г
4.1. Частота и видовая структура завоза малярии из разных эндемичных регионов мира
4.2. Возрастная структура больных завозной малярией
Глава 5. Применение метода Nested PCR для диагностики малярии
5.1. Применение Nested PCR с использованием в качестве источника ДНК препарата «толстая капля»
5.2. Применение Nested PCR с использованием в качестве источника ДНК эритроцитарного сгустка
5.3. Сравнительный анализ диагностической эффективности проведения Nested PCR по препарату «толстая капля» и эритроцитарному сгустку
Глава 6. Анализ на наличие / отсутствие транслокаций (8;14)(q24;q32) у
носителей малярийных паразитов и ЭБВ
ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ И ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Выводы
Практические рекомендации
Список используемой литературы

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
DNA Star- DNASTAR Inc.
FISH- метод метафазного кариотипирования и флуоресцентной гибридизации
IgH - Immunoglobulin heavy chain LMP1 - Latent membrane protein 1 LPS - Bacteria llipopolysaccharide
NCBI- National Center for Biotechnology Information PBS - фосфатный буфер
Pfemp - Plasmodium falciparum eukaryotic membrane protein PCR - Polymerase chain reaction RPMI - Roswell Park Memorial Institute TPA - Tissue plasminogen activator
V (D) J рекомбинация - от названий участков, которые подвергаются реорганизации:У-уапаЫе, D- diversity, J-joining
JIB - лимфома Беркитта
ПЦР - полимеразная цепная реакция
рДНК - рибосономальная ДНК
ТАЕ буфер - трис-ацетатный буфер
ТЭС - телячья эмбриональная сыворотка
ЭБВ - вирус Эпштейн- Барр
ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота

ЧАСТЬ II. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ Глава 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
3.1. Материалы.
Источник ДНК паразита для проведения Nested PCR по препарату «толстая капля».
Исходным источником ДНК для проведения Nested PCR служил препарат «толстая капля», окрашенный по Романовскому - Гимза и ранее подвергавшийся микроскопии, либо препарат, подготовленный к окраске, но не окрашенный и не подвергавшийся микроскопии. Качество препаратов было различным и варьировалось от малых кровяных дисков диаметром не более 0,5 см. с поврежденной структурой до крупных, жирно сделанных кровяных дисков диаметром более 2 см. Препараты «толстая капля» для выделения ДНК не проходили никакой специализированной обработки и хранились при комнатной температуре. Все препараты были получены в Федеральном бюджетном учреждении здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» и в Городской клинической инфекционной больнице №2 г. Москвы.
Источник ДНК паразита для проведения Nested PCR по эритроцитарному сгустку.
Методика проведения Nested PCR по ДНК, выделенной из эритроцитарного сгустка, в изученной в рамках данного исследования литературе не описана и предлагается впервые. Источником ДНК для данного типа реакции являлась цельная венозная кровь, собранная в пробирку с ЭДТА в качестве антикоагулянта (допустимо забирать кровь в не вакуумную пробирку с гранулами антикоагулянта). После произведения забора крови пробирку подвергали центрифугированию в течение 5 минут на скорости 5000 оборотов в минуту. Далее, образовавшийся после центрифугирования сгусток отдельно от плазмы забирали в пробирку типа Эпендорф. Лучше