Распространение и молекулярные механизмы резистентности к макролипидным антибактериальным препаратам микроорганизмов рода Streptococus в Российской Федерации

• Автор: Филимонова, Ольга Юрьевна
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 100 с. : 17 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Общая характеристика рода Streptococcus

1.2. Общая характеристика S.pyogenes

1.2.1. Эпидемиология

1.2.2. Патогенез и факторы вирулентности

1.2.3. Клинические проявления

1.2.4. Микробиологическая диагностика

1.3. Общая характеристика не ^-гемолитических стрептококков

1.4. Общая характеристика Streptococcus pneumoniae
1.4.1. Эпидемиология
1.4.2. Патогенез и факторы вирулентности
1.4.3. Клинические проявления
1.4.4. Микробиологическая диагностика
1.5. Антибактериальная терапия стрептококковых инфекций
1.6. Характеристика макролидных и линкозамидных антибиотиков
1.6.1. Классификация макролидов
1.6.2.Механизмы действия макролидных, линкозмидных антибиотиков
1.6.3.Резистентность стрептококков к MLS антибиотикам
1.7. Эпидемиология резистентности к макролидам
Глава 2. Материалы и методы
2.1 Микробиологические исследования
2.1.1 Получение материала, выделение, идентификация и хранение стрептококков
2.1.2 Определение чувствительности к антимикробным препаратам
2.2 Методы обработки данных и статистического анализа
2.3 Молекулярные исследования
2.3.1 Выделение тотальной бактериальной ДНК
2.3.2 Амплификация фрагментов генома

2.3.3 Детекция продуктов амплификации
2.3.4 Подготовка продуктов амплификации для дальнейшего анализа
2.3.5 Минисеквенирование
2.3.6 Очистка продуктов реакций
2.3.7 MALDI-TOF масс-спектрометрический анализ- продуктов реакций минисеквенирования
2.3.8 Учет результатов минисеквенирования
2.3.9 Секвенирование фрагментов генов теЦА), mej[Е), mefll)
2.3.10 Анализ нуклеотидных последовательностей mef-генов
Глава 3. Результаты
3.1 Коллекция образцов клинических штаммов
3.2 Динамика распространения штаммов S.pneumoniae и S.pyogenes резистентных к макролидам и оценка антибактериальной активности препаратов MLS-группы
3.3 Разработка метода дифференцировки mef-гена на подклассы
3.3.1. Методы дифференцировки шеДгена на подклассы
3.3.2. Разработка метода дифференцировки mef-тънов
3.3.3 Валидация дифференцировки игеДгенов методом минисеквенирования
3.4. Генетические детерминанты резистентности Streptococcus spp. к макролидным антибиотикам
3.4.1. Генетические детерминанты резистентности у штаммов S.pneumoniae к макролидным антибиотикам
3.4.2. Генетические детерминанты резистентности у штаммов S.pyogenes к макролидным антибиотикам
3.4.3. Молекулярное типирование штаммов S. pneumoniae, устойчивых к макролидам
Глава 4. Обсуждение
Заключение
Выводы
Список литературы

Список используемых сокращений
АБП - анитибактериальные препараты
БАЛ - бронхоальвеолярный лаваж
ДНК — дезоксирибонуклеиновая кислота
дНТФ - дезоксинуклеотидтрифосфат
КОЕ - колониеобразующая единица
МПК - минимальная подавляющая концентрация
МПК50 - минимальная подавляющая концентрация для 50% штаммов
МПКчо - минимальная подавляющая концентрация для 90% штаммов
ПДРФ (RFLP - англ.) - полиморфизм длины рестриктазных фрагментов
п.н. (Ь.р. - англ.) - пар нуклеотидов
ПЦР - полимеразная цепная реакция
РНК - рибонуклеиновая кислота
рРНК - рибосомная РБК
Р - резистентный штамм
УР - умереннорезистентный штамм
Ч — чувствительный штамм
егтл-гены (erythromycin ribosome méthylation) - гены, кодирующие метилтрансферазы, которые взаимодействуя с определенными участками рибосомы приводят к снижению связывания с макролидами, линкозамидами, стрептрогграмином В.
MALDI-TOF MS - Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight Mass-Spectrometry (времяпролётная масс-спектрометрия с матричной лазерной десорбционной ионизацией)
MLS (М-макролид, L-линкозамид, S-стрептограмин) - антимикробная группа препаратов с одинаковым механизмом действия
MLST (Multilocus Sequence Typing) - метод молекулярного типирования mef- гены (macrolide efflux) - гены, ответственные за выведение антибактериального препарата.
CLSI/NCCLS - Clinical Laboratory Standards Institut / National Committee for Clinical Laboratory Standards (Институт по клиническим и лабораторным стандартам, ранее назывался Национальный комитет по клиническим и лабораторным стандартам)

Для практики* важно то; что у Streptococcus spp: индуцирующей* активностью обладают все антибиотики» MLS группы, однако у 16-членных макролидов, линкозамидов и стрептограминов индуцирующая.1 активность незначительна. На практике это приводит к» значительному разнообразию, фенотипов [149, 132].
Вторым, расшифрованным относительно недавно, механизмом модификации мишени действия антибиотиков MLS группы являются мутации в генах рРНК и рибосомальных белков, приводящие к конформационным изменения пептидил трансферазного центра и, соответственно к снижению аффинности препаратов [133]. Детальная информация об известных мутациях в генах рРНК доступна на веб-сайте httn://ribosome.fandm.edu. Мутации в рибосомальных белках L4 и L22 также приводят к конфорамационным изменениям пептидил трансферазного центра и снижению аффиности актибиотиков MLS группы [132,142].
Эффлюкс
Механизм устойчивости стрептококков к макролидным антибиотикам, связанный с их активным выведением (эффлюксом) был описан относительно недавно (Sutclife et al. 1996), когда были выявлены штаммы устойчивые к 14-ти и 15-членным макролидам, но сохраняющие чувствительность к 16-членным препаратам и линкозамидам. Описанный фенотип получил название М-фенотипа [138]. Ген, ответственный за указанный фенотип, был впервые описан Clancy et al. у Streptococcus pyogenes и получил название те/[А) (macrolide efflux). Tail-Kamradt et al позднее идентифицировали подобный ген у Streptococcus pneumoniae и назвали meflE). Указанные гены кодируют транспортные системы семейства MFS (themajorfacilitatorsuperfamily) [51, 141]:
Высокая степень гомологии те/генов послужила основанием Roberts et al для их объединения в одну группу mej{А) генов [131]. Однако позже было выявлено, что отдельные представители этой группы локализуются на различных подвижных элементах и опосредуют несколько различный