Молекулярно-генетические механизмы образования и функциональная значимость липополисахарида Yersinia pestis

• Автор: Дентовская, Светлана Владимировна
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 304 с. : 7 ил.

СОДЕРЖАНИЕ

Перечень сокращений, условных обозначений, символов, единиц и терминов
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Общие сведения о возбудителе чумы
1.2 Липополисахариды - основной компонент внешней мембраны грамотрицательных бактерий
1.2.1 Химическая структура и биологическая роль ЛПС представителей семейства Enterobacteriaceae
1.2.2 Генетический контроль биосинтеза ЛПС у представителей семейства Enterobacteriaceae
1.2.3 ЛПС патогенных для человека представителей рода Yersinia
1.3 Основные направления конструирования чумных вакцин нового поколения
1.4 Заключение по обзору литературы
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
Глава 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Штаммы микроорганизмов
2.2 Плазмиды
2.3 Праймеры
2.4 Бактериофаги
2.5 Линии эукариотических клеток
2.6 Лабораторные животные
2.7 Среды и условия культивирования
2.8 Определение основных фенотипических характеристик штаммов Y. pest is
2.17 Определение МИК
2.18 Изучение взаимодействий Y. pestis с сывороткой
2.22 Анализ адсорбции бактериофагов и определение эффективности бляшкообразования
2.23 Обработка перйодатом натрия и протеиназой К
2.13 Выделение и очистка ЛПС
2.14 Электрофоретические методы исследования ЛПС
2.15 Масс-спектрометрия
2.16 ЯМР-спектроскопия
2.19 Индукция ФНО-а in vitro и in vivo
2.20 Определение активности ФНО-а
2.8 Поиск генов, отвечающих за биосинтез ЛПС, in silico и биоин-
формационный анализ последовательностей
2.10 Генно-инженерные манипуляции

2.11 Конструирование мутантных штаммов и плазмид для комплементации
2.12 Подтверждение корректности мутации
2.24 "Анимализация" рекомбинантных штаммов Y. pestis для селекции клонов, сохранивших вирулентность на уровне исходных
штаммов
2.21 Определение эндотоксической активности ЛПС in vivo
2.25 Заражение животных и определение вирулентности штаммов Yersinia spp
2.26 Определение безвредности на биологических моделях
2.27 Изучение иммуногенности на биологических моделях
2.28 Статистическая обработка результатов и программное обеспечение
Глава 3 СТРУКТУРНОЕ РАЗНООБРАЗИЕ И ТЕМПЕРАТУРОЗАВИСИМЫЕ ВАРИАЦИИ СТРОЕНИЯ ЛПС ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ РАЗЛИЧНЫХ ВНУТРИВИДОВЫХ ГРУПП Y. pestis И Y. pseudotuberculosis
3.1 Строение и температурозависимые структурные вариации ЛПС Y. pestis
3.2 Строение ЛПС Y. pseudotuberculosis сероваров 0:1-0:
3.3 Обсуждение
Глава 4 ВНУТРИВИДОВЫЕ И ТЕМПЕРАТУРОЗАВИСИМЫЕ ВАРИАЦИИ НЕКОТОРЫХ БИОЛОГИЧЕСКИХ СВОЙСТВ Y. pestis
4.1 Секреция ФНО-а мышиными макрофагоподобными клетками, стимулированными ЛПС
4.2 Летальная токсичность препаратов ЛПС
4.3 Устойчивость бактерий к полимиксину В
4.4 Устойчивость к сыворотке
4.5 Обсуждение
Глава 5 ГЕНЕТИЧЕСКИЙ КОНТРОЛЬ БИОСИНТЕЗА ЛПС Y. pestis
5.1 Поиск in silico генов, обеспечивающих биосинтез ЛПС Y. pestis
5.2 Организация геномных регионов, участвующих в биосинтезе кора, у представителй различных внутривидовых групп Y. pestis ..
5.3 Филогенетические взаимосвязи ферментов биосинтеза ЛПС
Y. pestis и других бактерий
5.4 Получение и фенотипическая характеристика ЛПС-мутантов
Y. pestis
5.5 Характеристика ЛПС мутантов по данным электрофореза в ДСН-ПААГ
5.6 Структура ЛПС полученных мутантов и подтверждение функции генов биосинтеза ЛПС Y. pestis
5.7 Обсуждение

Глава 6 РОЛЬ ОТДЕЛЬНЫХ КОМПОНЕНТОВ ЛГІС В ПАТОГЕНЕЗЕ

6Л Устойчивость ЛПС-мутантов 7. pestis к гидрофобным компонентам и антимикробным пептидам
6.2 Устойчивость ЛПС-мутантов Y. pestis к нормальной сыворотке человека
6.3 Изучение влияния структуры ЛПС 7. pestis на фибринолити-ческую и плазмокоагулазную активности активатора плазмино-гена
6.4 Вирулентность мутантов для мышей и морских свинок
6.5 Обсуждение
Глава 7 КОР ЛПС 7. pestis ЯВЛЯЕТСЯ РЕЦЕПТОРОМ ДЛЯ БАКТЕРИОФАГА фА1
7.1 Влияние температуры культивирования на экспрессию фагового рецептора
7.2 Определение природы фагового рецептора
7.3 Рецептор фА1122 отсутствует у 7 enterocolitica
7.4 Локализация рецептора срА1122 с использованием ЛПС-мутантов
7.5 Обсуждение
Глава 8 КОНСТРУИРОВАНИЕ ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫХ ВАКЦИННЫХ ШТАММОВ ЧУМНОГО МИКРОБА СО СНИЖЕННОЙ РЕАКТОГЕННОСТЬЮ
8.1 Роль ацилирования липида А в токсичности ЛПС и вирулентности 7. pestis
8.1.1 Конструирование штаммов 7. pestis, дефектных по гену IpxM
8.1.2 Структура ЛПС полученных мутантов и подтверждение функции гена IpxM 7. pestis
8.1.3 Летальная токсичность препаратов ЛПС
8.1.4 Влияние IpxM мутации на летальность вирулентного и аттенуированных штаммов 7 pestis для мышей
8.1.5 Влияние делеции гена ІрхМ на протективную активность вакцинного штамма 7. pestis для мышей
8.2 Конструирование и оценка IpxM мутанта вакцинного штамма 7 pestis EV линии НИИЭГ, лишенного маркеров лекарственной устойчивости
8.3 Обсуждение
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

Продолжение таблицы
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24
ііиегтесііиіп / ? + + + + ?* + 7 + 7 7 7 - + - 7 + ± ± 7 + Северный Тянь-Шань, Китай Магтоіа ЬаіЬасіпа, БрегторИНш ипсіиіаїт
тісгоїш (реяіоі- сіея) саиса5ісаг/0.РЕ2 + + + + - + - - + - - ,± + + + ± + + ? - Кавказ и Закавказье Місгоїш ап>аШ
ulegeica / 0.РЕ8 + + + + ? - - + +/- + + - - - - + + ? ? " Северо-Восточная Монголия, пустыня Гоби МІСГОІШ gregalis, АШсоїа зігеїгочі, ОсИоіопа раїїаяі ргісеі
аИаіса/О.РЕІ + + - + ? - - + + + + + - + - + + ? ? - Горный Алтай, Монголия Місгоїш gregalis, АШсоїа Бігеїгоуі, ОсИоЮпа раї 1 аз і ргісеі
Ьіззагіса / 0.РЕ9 + + - + ± - ± + ± + + + + - - + + - - - Г иссарский хребет Місгоїш саггиіИепчі
агщоїа/О.РЕЗ + 7 + + 7 - •> 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 - Ангола 7
ХІІІП§ОІЄП5І5 / 0.РЕ4 + + - + ? - - + + 7 7 7 7 ? - Степи Кси-лин Гол, Китай Місгоїш ЬгапЖі
ЯІг^ЬаіепаІБ / 0.РЕ4 + + - + - - - + 7 7 7 7 » Т Куингхай-Тибетское плато, Китай Місгоїш /шсш
їаіавзіса / ? + + - + - - + + - + + + ? + ? + + 7 + - Таласский хребет Місгоїш gregalis, Магтоіа саисіаіа
Примечание:
а8МР-тип - в соответствии с данными в. Могеїіі еґ а1. [334]. Цифра перед точкой указывает на одну из основных ветвей на филогенетическом дереве.