Эволюционная изменчивость гемагглютинина вирусов гриппа B, циркулировавших в России в период с 2004 по 2012 гг.

• Автор: Прокопец, Александра Владимировна
• Шифр специальности: 03.02.02
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 178 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

Глава 1: ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Система глобального надзора за гриппом

1.2 Механизмы изменчивости вирусов гриппа В

1.2.1 Инсерции и делеции

1.2.2.Реассортанты

1.2.3 Межтиповая реассортация

1.3 Эволюция вирусов гриппа В Викторианской и Ямагатской линий

1.3.1 Антигенные свойства и распространение вирусов гриппа В Викторианской и Ямагатской линий в мире

1.3.2 Молекулярная эволюция гемагглютинина вирусов гриппа В

1.4 Рецепторная специфичность и системы выделения для вирусов гриппа В
1.5 ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Глава 2: МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Материалы
2.1.1 Вирусы
2.1.2 Сыворотки
2.1.3 Среды
2.1.4 Системы для выделения и накопления
вирусов
2.2 Методы
2.2.1 Выделение вирусов гриппа
2.2.2 Выделение вирусов гриппа на клетках МЕ)СК
2.2.3 Накопление вируссодержащей культуральной жидкости
2.2.4 Накопление вируссодержащей аллантоисной жидкости
2.2.5 Выделение вирусов гриппа на куриных эмбрионах
2.2.6 Реакция гемагглютинации (РГА)
2.2.7 Реакция торможения гемагглютинации (РТГА)
2.2.8 Идентификация вируса
2.2.9 Получение гипериммунных крысиных антисывороток
2.2.10 Антигенный анализ
2.2.11 Антигенная картография
2.2.12 Молекулярно-биологические методы
2.2.12.1 Выделение вирусной РНК
2.2.12.2 Синтез кДНК и ПЦР
2.2.12.3 Секвенирование
2.2.12.4 Филогенетический анализ
2.2.13 Статистическая обработка результатов
Глава 3: СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
3.1 ЭВОЛЮЦИОННАЯ ИЗМЕНЧИВ ОСЬ ВИРУСОВ ГРИППА В
3.1.1 Интенсивность циркуляции и антигенный анализ вирусов гриппа В, выделенных в России в 2004-2012 гг
3.1.2 Циркуляция представителей 2-х эволюционных линий вирусов гриппа В в эпидемический сезон 2004-2005 гг. Появление возбудителей, подобных антигенному варианту В/Малайзия/2506/04 и их дальнейшее распространение в 2005-2007 гг
3.1.3 Распространение вирусов гриппа В Ямагатской линии, подобных эталонному штамму В/Бангладеш/3333/07- возбудителей эпидемии гриппа 2007-2008 гг
3.1.4 Антигенный дрейф вирусов гриппа В Викторианской линии, циркулировавших в 2008-2012 гг
3.1.5 Возвращение вирусов гриппа В Ямагатской группы в эпидемический сезон 2011-2012 гг
3.1.6 Изучение антигенных свойств вирусов гриппа В Ямагатской и Викторианской линий с использованием крысиных антисывороток, полученных к современным вирусам гриппа В, выделенным на куриных эмбрионах (КЭ) и культуре клеток МЦСК (МОСК)
3.1.7 ЗАКЛЮЧЕНИЕ
3.2 СОВРЕМЕННЫЕ ПОДХОДЫ К ПРОВЕДЕНИЮ И ПРЕДСТАВЛЕНИЮ РЕЗУЛЬТАТОВ АНТИГЕННОГО АНАЛИЗА

3.2.1 Сравнение способности крысиных и хорьковых антисывороток выявлять антигенный дрейф у современных вирусов гриппа В в РТГА
3.2.2 Антигенные карты вирусов гриппа В Ямагатской и Викторианской линий 2004-2012 гг. выделения
3.2.3 ЗАКЛЮЧЕНИЕ
3.3 ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ГЕТЕРОГЕННОСТЬ ВИРУСОВ ГРИППА В
В ПЕРИОД С 2004 ПО 2012 гг
3.3.1 Молекулярно-генетическая характеристика вирусов гриппа В Викторианской линии разновидности В/Шандонг/7/97, В/Малайзия/2506/04 и В/Брисбен/60/
3.3.2 Анализ аминокислотного состава НА вирусов гриппа В Ямагатской линии в период с 2004 по 2012 годы
3.3.3 Регистрация реассортантных штаммов вируса гриппа В
3.3.4 ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ОБСУЖДЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ

2009]. В работе Shen с соавторами [Shen et al., 2009] для установления позиций, находящихся под действием позитивной селекции было проанализировано 271 последовательность НА1 вирусов гриппа В, выделенных с 1940 по 2007 годы. По данным филогенетического анализа показано, что за указанный период можно выделить 3 группы вирусов: ранние штаммы (1940-1970 гг.), В/Ямагата/16/88-подобные вирусы (1972-2005 гг.) и В/Виктория/2/87-подобные вирусы (1975-2007 гг.). В свою очередь Ямагатская группа может быть подразделена на 4 основные сублинии, а Викторианская - на 2, из которых первая более ранняя. При этом проведенный генетический анализ показал, что генетическая дивергенция на Ямагатскую и Викторианскую группы началась в 1970-х годах, что согласуется с данными Chen с соавторами [Chen et al., 2008] (рис.З.).
167(160 петля) 194(190 петля)
Ранняя группа 1940-1
23-24 АК
В7Виктори я/2/37 1975-2
В/СССР/
27 АК
16-18АМ
В/Ям агата /16/88 1975-2
1975-1
73(120 петля) 167(160 петля) 194-196 (190 петля]
1996-2
194-196(190 петля)
75 и 296(120 петля) 129(120 петля) 150(150 петля)
194-196(190 петля) 194-196.227 (190 петля)
1975-1
1987-1
1994-2
1991-2
177 (120 петля) 194-196 (190 петля)
Рисунок 3. Сайты, находящиеся по действием позитивной селекции для семи групп НА вируса гриппа В [по материалам 5Ьеп 3. е1 а1., 2009].