Молекулярно-эпидемиологический мониторинг ВИЧ-инфекции на территории Ямало-Ненецкого автономного округа

• Автор: Грезина, Лилия Анатольевна
• Шифр специальности: 03.02.02
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 100 с. : 35 ил.

Оглавление
ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. Характеристика эпидемишВИЧ/СПИД в мире

2. Геном ВИЧ-1 как объект молекулярного мониторинга эпидемии

2.1. Структурные гены и белки ВИЧ-

2.2. Неструктурные гены и их белки*ВИЧ-1

2.3. Возможности и ограничения применения1 различных областей генома ВИЧ-1 для слежения за эпидемическимпроцессом

3. Генетическое разнообразие ВИЧ-

3.1. Происхождение ВИЧ-

3.2. Классификация генетических вариантов ВИЧЧ
3.3. Влияние различных факгоровна-распространение подтипов<ВИЧ-
3.4. Репликативные свойства и вирулентность различных подтипов ВИЧ-
3.5. Молекулярно-генетическая характеристика эпидемии ВИЧ-1 в России
4. Мутационная-изменчивость и полиморфизмтена pol ВИЧ-1 в.контексте Феномена резистентности
4.1. Особенности эволюционных процессов применительно к ВИЧ-
4.2. Группы АРВП
4.2.1. Структура и функции протеазы
4.2.2. Ингибиторы протеазы
4.2.3. Структурам функции обратной транскриптазы
4.2.4. Нуклеозидные и ненуклеозидные ингибиторы обратной* транскриптазы
4.3. Показания к началу антиретровирусной терапии
4.4. Виды мутаций лекарственной устойчивости и полиморфные проявления в гене pol ВИЧ-
4.5. Механизм селекции.лекарственно-устойчивых штаммов. Феномен резистентности
5. Методология анализа резистентности
5. 1. Фенотипирование и генотипирование
5.2. Автоматическое секвенирование
5.3. Количественная оценка вклада мутаций резистентности
6. Использование результатов генетического анализа гена vol ВИЧ-1 в молекулярноэпидемиологическом мониторинге ВИЧ-инфекции
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
1 .МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
1.1. Объект исследования
1.2. Сбор клинико-эпидемиологических данных
1.3. Подготовка проб крови
1.4. Определение уровня С04-лимфоцитов в крови пациента
1.5. Определение вирусной нагрузки ВИЧ-
1.6. Определение нуклеотидной последовательности фрагмента гена рої ВИЧ-

1.7. Определение подтипа ВИЧ-
2. РЕЗУЛЬТАТЫ
2.1. Характеристика групп пациентов
2.2. Адаптация однокапиллярного секвенатора ABI pnsm-310 к тест-системе «Viroseq»
2.3. Проявления эпидемического процесса ВИЧ-инфекции на территории ЯНАО в

1995-2008 г.г
2.4. Характеристика подтипов ВИЧ-1, выявленных на территории.

2.4.1. Результаты выявления подтипов ВИЧ-1, циркулирующих на территории Ямало-Ненецкого АО
2.4.2. Анализ распространения подтипов ВИЧ-1 в различные периоды эпидемии на территории Ямало-Ненецкого АО
2.5. Мутации лекарственной устойчивости, выявленные в нуклеотидных
последовательностях гена pol ВИЧ-инфицированных пациентов ЯНАО
2.5.1.. Частота встречаемости мутаций, выявленных в нуклеотидных
последовательностях гена pol ВИЧ-
2.5.2. Анализ мутаций «major score» и «intermedia score»
2.5.3. Анализ мутаций «low-scorc»
2.6. Результаты молекулярно-эпидемиологического мониторинга, проведенного на основании анализа нуклеотидной последовательности гена pol ВИЧ-1,
циркулирующего на территории ЯНАО
2.6.1. Анализ связи штаммов ВИЧ-1, несущих мутацию V77I в области pro, и штаммов, свободных от этой мутации, с факторами энидпроцесса
2.6.2. Сохранение мутации V771 в области pro при передаче ВИЧ-1 от человека к человеку
2.6.3. Сохранение мутации V77I в области pro при динамическом наблюдении за пациентом
2.6.4. Прикладное использование молекулярно-эпидемиологического мониторинга в практике эпидемиологического анализа
2.6.4.1. Случай медицинской аварии
2.6.4.2. Эпидемиологическое расследование очага ВИЧ-инфекции в г.
Салехарде
2.6.4.3. Эпидемиологическое расследование очага ВИЧ-инфекции в г.
Губкинский
ОБСУЖДЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
БЛАГОДАРНОСТИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
CRF - циркулирующие рекомбинантные формы ВИЧ-
HLA - молекулы главного комплекса гистосовместимости человека
IDU-A - вариант ВИЧ-1, принадлежащий подтипу А группы М и вызвавший
эпидемию ВИЧ-инфекции среди ПИН в странах бывшего СССР LTR - длинный концевой повтор в составе провирусной ДНК
Mutv77i - ро/-генотип вариантов IDU-A, заключающийся в наличии мутации
V77I в области генаpol ВИЧ-1, кодирующей протеазу Pro - область гена pol ВИЧ-1, кодирующая протеазу
Rt - область генаро/ ВИЧ-1, кодирующая обратную транскриптазу
S1V - вирусы иммунодефицита обезьян
Wt - дикий тип
а.о. - аминокислотный остаток
АРВ - антиретровирусный
АРВП - антиретровирусные препараты
АРВТ - антиретровирусная терапия
ВААРТ - высокоактивная антиретровирусная терапия
ВИЧ-1 - вирус иммунодефицита человека первого типа
дНТ Ф - дезоксинуклеозидтрифосфат
Ин - интеграза
ИОТ - ингибиторы обратной транскриптазы
ИП - ингибиторы протеазы
ИФА - иммуноферментный анализ
ЛУ - лекарственная устойчивость
МКПК - мононуклеарные клетки периферической крови
НИОТ - нуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы
ННИОТ - ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы
ОТ - обратная транскриптаза
п.п. - нуклеотидная пара
П - протеаза
ПИН - потребитель инъекционных наркотиков
ПЦР - полимеразная цепная реакция
СПИД - синдром приобретенного иммунодефицита
ЦТЛ - цитотоксический лимфоцит
ЯН АО - Ямало-Ненецкий автономный округ

4.2. Группы АРВП
Сегодня перечень антиретровирусных препаратов насчитывает более 25 наименований, 22 из них используются в России. К ранее известным классам АРВП (НИОТ, ННИОТ, ИП) добавились ингибиторы проникновения и ингибиторы интегразы ВИЧ-1, применяемые как самостоятельно, так и в схемах второй линии ВААРТ, а также резервной терапии (рис. 8).
Рисунок 8. Вирусные мишени и точки приложения для различных групп антиретровирусных препаратов
Вирусная РНК ВИЧ-

р17 р24 р7 рб |
і ротеаза ревертаза имтеграз
НИОТ ИмгиДиторы Ингибиторы Ингибиторы
ННИОТ имтогразы присоодино слияния
Ингибиторы интегразы угнетают ее функцию, связывают активный (каталитический) центр фермента и эффективны на стадии переноса цепи провирусной ДНК. К ним относятся дикетокислоты (DKA), их производные, а также дипиримидины, способные одновременно ингибировать два фермента ВИЧ-I - интегразу и обратную транскриптазу. Подавляющее большинство этих препаратов находится на последних стадиях клинических испытаний. Единственный коммерчески выпускаемый представитель ингибиторов слияния - Fuseon — проявляет свою активность на этапе, который обычно заканчивается изменениями конформации gp4l. Связываясь с HR1 (heptad region I, одна из а-спиралей на N-конце внемембранной части gp4l), Fuseon дестабилизирует процесс формирования суперспирализованной «вязанки» из gp4l и предотвращает сближение и слияние вирусной и клеточной мембран.
Ингибиторы проникновения включают три подкласса препаратов [Бобкова, 2006], действие которых направлено на разные мишени и основано на разных механизмах, однако имеет один и тот же результат — нарушение процесса пересечения вирусом границ клетки. В зависимости от стадии проникновения вируса, которую ингибируют препараты, они называются ингибиторами присоединения, антагонистами ко-рецепторов ВИЧ или ингибиторами слияния.