Наследственные и соматические мутации как молекулярные маркеры для диагностики и лечения рака молочной железы

• Автор: Коваленко, Сергей Петрович
• Шифр специальности: 03.01.07
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2014
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 264 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР
1.1. Белки ВЯСА1 иВДСА
1.1.1. История открытия
1.1.2. Структурно-функциональная организация белка, кодируемого геном ВЯСА
1.1.3. Структурно-функциональная организация белка, кодируемого геном ВЯСА
1.2. Наследственные формы РМЖ, не связанные с мутациями в генах ВЛСА! и ВЯСА
1.2.1. Вклад мутаций в гене СНЕК2 в формирование наследственных форм РМЖ
1.2.2. Наследственные формы РМЖ, не связанные с мутациями в генах ВЯСА1, В11СА2, СНЕК
1.3. Методы анализа мутаций в генах ВЯСА! и ВЯСА
1.4. Необходимость анализа мутаций в генах ВЯСА! и ВЯСА2 для ранней диагностики и выбора корректного лечения
1.5. Молекулярно-генетический анализ в онкологии с использованием массового параллельного секвенирования
1.6. «Молекулярные портреты» опухолей при РМЖ
1.7. Амплификация генов при РМЖ
1.8. Воздействие химиотерапевтических препаратов на опухоли с гиперэкспрессией НЕ112/пеи
1.9. Новые препараты, используемые для лечения пациентов с НЕ 1^2-позитивным РМЖ
1.9.1. Лапатиниб
1.9.2. Разработка новых препаратов, направленных на лечение НЕ112-позитивного РМЖ

1.10. Технологии анализа HER2 статуса опухоли
1.10.1. Метод иммуногистохимического анализа (IHC)
1.10.2. Метод флуоресцентной гибридизации (FISH)
1.10.3. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ
2.1. Образцы, используемые в исследовании
2.1.1. Популяционная выборка
2.1.2. Выборка пациентов с диагнозом «РМЖ»
2.1.3. Образцы опухолей
2.2. Реактивы
2.3. Плазмидные ДНК, штаммы E. coli
ГЛАВА 3. Методы
3.1. Выделение геномной ДНК
3.2. Выделение ДНК из архивных и свежезамороженных образцов ткани опухоли РМЖ
3.3. Приготовление пулов ДНК
3.4. ПЦР в режиме реального времени
3.5. Определение концентрации растворов ДНК с помощью калибровочной прямой с использованием ПЦР в режиме реального времени
3.6. Обработка результатов
3.7. Компьютерный анализ нуклеотидной последовательности
3.8. Аллель-специфичная ПЦР в режиме реального времени
3.9. Вставка чужеродных фрагментов ДНК в ген щелочной фосфатазы
E. coli между кодонами Gln253 и Lys
3.10. Вставка чужеродных фрагментов ДНК в ген щелочной фосфатазы E. coli между кодонами А1а218 и Gly
3.11. Конструирование плазмиды pPhoA-frame
3.12. Трансформация и анализ рекомбинантных плазмидных ДНК
3.13. Трансформация, выделение и анализ плазмидных ДНК
3.14. Амплификация фрагментов гена BRCA
3.15. Клонирование амплифицированных фрагментов гена BRCA1

3.16. Определение бета-галактозидазной активности
3.17. Определение активности щелочной фосфатазы in situ
3.18. Статистическая обработка данных
Глава 4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Разработка методов анализа мутаций в генах BRCA1 и BRCA2
4.1.1. Разработка метода анализа целостности рамки трансляции с использованием клонирования исследуемого фрагмента в рамку с геном-репортером LacZ'
4.1.2. Анализ возможности встройки чужеродных полипептидов
в молекулу щелочной фосфатазы E. coli
4.1.2.1. Встройка чужеродных пептидов после А1а218 щелочной фосфатазы
4.1.2.2. Оценка ферментативной активности модифицированных щелочных фосфатаз
4.1.3. Конструирование плазмиды pPhoA-frame
4.2. Разработка метода анализа мутаций с использованием пулированных образцов
4.3. Частоты встречаемости мутаций в популяции и среди больных РМЖ
4.4. Молекулярно-генетический анализ опухолевых клеток при РМЖ.
4.4.1. Разработка метода анализа амплификации гена HER2/neu с использованием ПЦР в режиме реального времени
4.4.2. Сравнение результатов определения дозы гена HER2/neu предложенным протоколом TaqMan ПЦР в реальном времени с результатами ИГХ и FISH определения HER2-статус а опухолей РМЖ
4.4.3. Выявление вариантов НЕГСЗ/пеи-содержащих ампликонов в клетках опухолей при РМЖ методом ПЦР в реальном времени .
4.4.4. Анализ флексибильности ДНК в районе
MED1 - HER2/neu - ТОР2А
4.4.5. Флексибильные последовательности в генах IKZF3 и RARA, способные формировать устойчивые вторичные структуры

Рисунок 1. Макромолекулярные комплексы с участием ВЯСА1 [по 1л М.Ь., 2012]