Структурные домены белка SUUR, контролирующего позднюю репликацию политенных хромосом Drosophila melanogaster

• Автор: Юрлова, Анна Александровна
• Шифр специальности: 03.01.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 116 с. : ил.

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1Л Репликация

1.1.1. Полиплоидия и политения как ее частный пример

1.1.2. Клеточный цикл и эндоцикл: стадии и механизм pci-уляции

1.1.3. Эндоренликация и амплификация хорпоновых генов в фолликулярных

клетках дрозофилы

1.1.4. Полигонные хромосомы слюнных желез дрозофилы

1.2 Хроматин

1.2.1. Различные состояния хроматина, факторы, определяющие его свойства

1.2.2. Поведение гегерохроматина в эндоцикле
1.2.3. Недореплнкация ГХ районов на политенных хромосомах слюнных
желез D. melanogaster
1.3 Ген SuUR
1.3.1 Влияние мутации SnURhS на репликацию
1.3.2 Характеристика белка SUUR
Глава 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Линии дрозофилы и их ведение
2.2. Список реактивов, наборов реагентов и растворов
2.3. Выделение и анализ ДНК и РНК
2.3.1. Выделение геномной ДНК дрозофилы
2.3.2. Выделение ДНК из ядер фолликулярных клеток
2.3.3. Выделение плазмидной ДНК
2.3.4. Выделение тотальной РНК
2.3.5. Полимеразная цепная реакция (ПЦР), обратная полимеразная реакция
(ОТ-ПЦР), список олигонуклеотидов
2.3.6. Электрофорез нуклеиновых кислот в агарозных гелях
2.3.7. Элюцин ДНК из агарозного геля
2.3.8. Секвенирование плазмидной ДНК и PCR-фрагментов
2.3.9. Мечение ДНК и количественная Саузерн-блот гибридизация
2.4. Работа с бактериями и плазмидами
2.4.1. Приготовление и трансформация химически компетентных клеток
E. coli
2.4.2. Приготовление и электропорация «электро-компетентных» E. coli

2.4.3. Штаммы E. coli, основные этапы клонирования, полученные клоны
ДНК, век юра
2.5. Работа с белками
2.5.1. Иммунизация кроликов
2.5.2. Разделение белков в трис-глициновом SDS-полиакриламидном геле
2.5.3. Перенос белков и вестери-блот гибридизация
2.5.4. Иммуноокрашнвание политенных хромосом
2.5.5. Приготовление препаратов политенных хромосом для световой
микроскопии
2.6. Трансформация генома дрозофилы
2.7. Компьютерный анализ данных
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. SuUR в эволюционном аспекте
3.1.1. Характеристика гена SuUR и его мутации у D. melanogaster
3.1.2. Обнаружение гена SuUR у других видов, его эволюционная
характеристика
3.1.3. Эволюционная характеристика консервативной uORF
3.1.4. Выявление белка SUUR у других видов дрозофилы
3.1.5. Эволюционный анализ белка SUUR у дрозофилы, скорость замен в
белке
3.2. Получение мутаций в консервативных районах белка и их анализ
3.2.1. Получение точечных мутаций
3.2.2. Белок SUUR подавляет амплификацию кластера хорионовых генов в
фолликулярных клетках
3.2.3. Влияние замен в белке SUUR на эндорспликацню и амплификацию
хорионовых генов
3.2.4. Влияние мутаций на способность белка связываться с хромосомами и
изменять структуру хроматина
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ
ПРИЛОЖЕНИЕ
Список сокращений:
ак - аминокислота
ГХ - гетерохроматин
ИГХ - интеркалярный гетерохроматин
кД1 IK - кодирующая ДНК
мРНК - матричная РНК
ОТ-ПЦР - реакция обратной транскрипции, сопряжённая с ПЦР
ПГХ - ирицентромерный гетерохроматин
п.н. - пар нуклеотидов
ПЦР — полимеразная цепная реакция
ЭХ - эухроматин
АРС - комплекс, участвующий в разрушении 02-циклинов и обеспечивающий вхождение клетки в анафазу (Anaphase Promoting Complex)
BLAST - пакет компьютерных программ для поиска гомологов (Basic Local Alignment Search Tool)
Cdk - циклин-завнеимая киназа (Cyclin-dependent kinase)
Сус - циклин (Cyclin)
hs - тепловой шок (heat shock)
LTR - длинный терминирующий повтор (Long Terminal Repeat) mORF - основная открытая рамка считывания (main Open Reading Frame)
NLS - сигнал ядериой локализации (Nuclear Localisation Signal)
ORC - комплекс, узнающий ориджины репликации (Origin Recognition Complex)
PreRC - пререпликационный комплекс (preReplication Complex)
UAS - последовательность перед промотором, с которой связывается белок-активатор (Upstream Activation Sequence)
uORF - открытая рамка считывания, находящаяся перед основной рамкой считывания (upsream Open Reading Frame)
UTR - нетранслируемая область мРНК (Untranslated Region)

Название
Su(var)

Su(var)

«JIL-
Краткое описание функции белка
Heterochromatin protein 1 (HP1). (Негистоновый хромосомный белок); Структурный компонент гетерохроматина, участвует в репрессии генов и модификации ЭПМ. Узнает и связывает гистон НЗ, метелированный по 'Lys-9', приводя к эпигенетической репрессии. (206 аа)
CG8585-PD, изоформа D. (1327 аа)
Eukaryotic translation initiation factor 2 gamma subunit (eIF-2-gamma) (Protein suppressor of variegation 3-9). eIF-2 работает на ранних стадиях белкового синтеза, формируя тройной комплекс с GTP и инициатором tRNA. Этот комплекс связывается с 40S субъеденицей рибосомы, после чего связывается с мРНК для формирования 43 S преинициаторного комплекса. Связыванию с 60S субъединицей для формирования 80S инициаторного комплекса предшествует гидролиз GTP, связанного с eIF-2 и освобождение eIF-2-GDP двойного комплекса. (635 аа)
Protein suppressor of variegation 3-7. Дозово-зависимый фатор ЭПМ. Возможно, участвует в конденсации хромосом. (1250 аа)
Protein singed wings 2 precursor. Участвует в экдизон-индуцируемом каскаде. (499 аа)
Chromosomal serine/threonine-protein kinase JIL-1 (EC 2.7.11.1). Фосфорилирует 'Ser-10' в гистоне НЗ. Может контролировать экспрессию генов, создавая или поддерживая открытую структуру хроматина. Необходим для нормальной структуры политенных хромосом, при оогенезе и в развитии. Может фосфорилировать 'Ser-1'
Score