Разработка фагоиндикации и усовершенствование идентификации Hafnia Alvei с использованием специфического бактериофага

• Автор: Золотухин, Дмитрий Сергеевич
• Шифр специальности: 03.02.03, 03.01.06
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Ульяновск
• Количество страниц: 119 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
Введение

1. Обзор литературы

1.1. История открытия и таксономическая характеристика бактерий

Hafnia alvei

1.2. Биологические свойства

1.2.1. Морфология

1.2.2. Культуральные свойства

1.2.3. Ферментативные свойства Hafnia alvei

1.3. Эпизоотологические данные и распространение Hafnia alvei

1.4. Источники инфекции и пути заражения

1.5. Клиническая картина
1.5.1. Патологоанатомические изменения
1.6. Выживаемость и устойчивость к физико-химическим факторам
1.7. Чувствительность к антибактериальным препаратам
1.8. Диагностика
1.9. История изучения бактериофагов
1.10. Применение бактериофагов в лабораторной практике
1.11. Масс-спектрометрия нуклеиновых кислот в молекулярной диагностике на основе метода ионизации -MALDI-TOF
2. Собственные исследования
2.1. Объекты и методы исследований
2.2. Результаты исследований и их обсуждение
2.2.1. Выделение бактерий Hafnia alvei из объектов ветеринарного
надзора и патологического материала
2.2.2. Чувствительность к антибиотикам бактерий Hafnia alvei
2.2.3. Поиск бактериофагов Hafnia alvei и селекция клонов фагов
2.2.4. Характеристика фагов бактерий Hafnia alvei
2.2.4.1. Морфология негативных колоний
2.2.4.2. Литическая активность бактериофагов Hafnia alvei

2.2.4.3. Диапазон литической активности бактериофагов Hafnia alvei
2.2.5. Температурная устойчивость бактериофагов Hafnia alvei
2.2.6. Устойчивость бактериофагов Hafnia alvei к воздействию хлороформа
2.2.7. Изменение литической активности гафниозных бактериофагов
при хранении
2.2.8. Специфичность действия бактериофагов Hafnia alvei
2.3. Определение морфологии фаговых частиц H.alvei
2.3.1. Изучение генома бактериофага Н-1 УГСХА
2.4. Разработка технологических параметров изготовления и контроля
индикаторного бактериофага Hafnia alvei
2.4.1. Характеристика индикаторного штамма Hafnia alvei
2.4.2. Работа с индикаторным бактериофагом Н-1 УГСХА
2.4.3. Определение оптимального соотношения количества фаговых корпускул и бактериальных клеток для получения фага с высоким титром
2.4.4. Приготовление маточного фага
2.4.5. Контроль фагового препарата
2.5. Разработка схемы ускоренной идентификации бактерий Hafnia alvei
2.6 Идентификация бактерий Hafnia alvei масс-спектрометрическим
методом
2.7. Разработка оптимальных условий постановки РИФ
2.7.1. Определение количественного показателя РНФ, имеющего диагностическое значение
2.7.2. Установление оптимального времени, обеспечивающее наиболее полноценное взаимодействие фага с бактериями
2.7.3. Разработка схемы постановки РНФ для индикации бактерий
Hafnia alvei в объектах ветеринарного надзора
2.7.3.1. Исследование водопроводной воды, контаминированной
бактериями Hafnia alvei с помощью РНФ
2.7.3.2. Исследование паталогического материала, контаминированного бактериями Hafnia alvei с помощью РНФ
2.7.3.3. Исследование фекалий, контаминированных бактериями
Hafnia alvei с помощью РНФ
2.7.3.4. Исследование мяса, контаминированного бактериями
Hafnia alvei с помощью РНФ
2.7.3.5. Исследование трупов пчел в неблагополучной по гафниозу пасеке на присутствие бактерий Hafnia alvei с использованием

Заключение
Выводы
Практические предложения
Перечень сокращений и условных обозначений
Список литературы
Приложения

зированном состоянии путем измерения отношения их массы к заряду (m/z).
MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption'Ionization) переводится как ионизация вещества с помощью матрицы и лазерного излучения.
TOF-MS (Time Of Flight Mass-Spectrometry) - это времяпролетная масс-спектрометрия.
Масс-спектрометрия способна обеспечить высокую производительность скорость и часто 100% специфичность и чувствительность (McCloskey & Simon, 1997).
Авторы считают масс-спектрометрию высокочувствительным физикохимическим методом анализа различныхра соединений, в том числе детекции микроорганизмов.
В настоящее время масс-спектрометрия это фундаментальная и прикладная физико-химическая наука, в задачи которой входит получение и накопление сведений о составе веществ, их структуре, физико-химических свойствах, а также происходящих с ними процессах. При этом масс-спектрометрия, как метод детекции, не только прочно вошла в методический арсенал научных подразделений, но и нашла применение для решения сугубо практических задач, связанных с клинически значимыми исследованиями в области генетики человека, микробов, вирусов (Kinter & Sherman, 2000).
Основанное на методе масс-спектрометрия MALDI-TOF выявление единичных нуклеотидных полиморфизмов (SNP), благодаря своей высокой чувствительности, точности измерения масс и воспроизводимости, является альтернативой общепринятым электрофоретическим и хроматографическим методам (Busch, Glish, McLuckey, 1989).
Также низкая стоимость, быстрое получение результатов, возможность проведения мультиплекс-реакций и высокая эффективность анализа системы MALDI-TOF являются безусловным преимуществом и альтернативой по сравнению с Real-Time ПЦР.
При масс-спектрометрии определяют сами частицы вещества, т.е. их молекулярную массу, атомы, составляющие молекулы, а так же структуру их рас-