Анализ статуса экспрессии раково-тестикулярных генов как мишеней для терапии и профилактики онкологических заболеваний

• Автор: Скородумова, Любовь Олеговна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2015
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 133 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
Введение
1. Обзор литературы. Раково-тестикулярные антигены как прогностические маркеры и мишени иммунотерапии опухолей
1.1. Генно-клеточные вакцины, разработанные в ИБГ РАН
1.2. Общая характеристика группы раково-тестикулярных антигенов
1.2.1. История изучения и номенклатура раково-тестикулярных антигенов.
1.2.2. Классификация раково-тестикулярных антигенов
1.2.3. Регуляция экспрессии раково-тестикулярных-антигенов
1.2.4. Функции раково-тестикулярных-антигснов
1.2.5. Раково-тестикулярные антигены как мишени для иммунотерапии
1.3. Характеристика отдельных групп раково-тестикулярных антигенов
1.3.1. Раково-тестикулярные гены и антигены семейства MAGE-A
1.3.1.1. Номенклатура семейства MAGE
1.3.1.2. Экспрессия генов и антигенов семейства MAGE-A
в нормальных тканях и в опухолях
1.3.1.3. Иммунногенность раково-тестикулярных антигенов
семейства MAGE-A
1.3.2. Раково-тестикулярные гены и антигены семейства BAGlï
1.3.2.1. Номенклатура семейства BAGE
1.3.2.2. Экспрессия генов и антигенов семейства BAGE
в нормальных тканях и в опухолях
1.3.2.3. Иммуногенность раково-тестикулярных антигенов семейства BAGE
1.3.3. Раково-тестикулярные гены и антигены семейства GAGE
1.3.3.1. Номенклатура семейства GAGE
1.3.3.2. Экспрессия генов и антигенов семейства GAGE
в нормальных тканях и в опухолях
1.3.3.3. Иммуногенность раково-тестикулярного антигена GAGE
1.3.4. Раково-тестикулярные антиген и ген NY-ESO-
1.3.4.1. Номенклатура семейства NY-ESO-
1.3.4.2. Экспрессия гена и антигена NY-ESO-I в нормальных тканях и в опухолях
1.3.4.3. Иммуногенность антигенов семейства NY-ESO-
1.4. Раково-тестикулярные гены и антигены при раке молочной железы
1.5. Раково-тестикулярные гены и антигены при лейкоплакии слизистой оболочки полости рта
2. Материалы и методы
2.1 Пациенты и биообразцы
2.1.1. Сбор биологического материала
2.1.2. Пациенты с лейкоплакией и образцы слизистой оболочки полости рта..
2.1.3. Пациенты с плоскоклеточным раком слизистой оболочки полости рта и характеристика собранных образцов опухолей
2.1.4. Пациенты с раком молочной железы и характеристика собранных образцов опухолей
2.2. Стабилизация РНК в образцах
2.3. Выделение тотальной РНК из стабилизированных образцов
2.4. Обработка РНК ДНКазой
2.5. Реакция обратной транскрипции
2.6. Система контрольных образцов для исследования экспрессии раковотестикулярных генов человека
2.7. Полимеразная цепная реакция
2.7.1. Состав реакции
2.7.1.1. Состав реакционной смеси
2.7.1.2. Праймеры
2.7.2. Условия проведения ПЦР
2.8. Порядок проведения ПЦР для исследованных образцов
2.9. ДНК-электрофорез в агарозном геле
2.10. Регистрация результатов исследования
2.11. Учет результатов исследования
2.12. Анализ транскрнптома клеточной линии Ме1Р, входящей в состав генно-клеточной противоопухолевой вакцины «Аллоген»
2.12.1. Клеточная линия меланомы Ме1Р
2.12.2. Выделение тотальной РНК, оценка количества, качества, обработка ДНКазой
2.12.3. Выделение мРИК
2.12.4. Построение фрагментной библиотеки
2.12.5. Секвеннрование РПК-библиотек

2.12.6. Биоипформатичсская обработка результатов секвепирования транскриптомов меланомы
2.13. Статистическая обработка результатов анализа экспрессии генов
3. Результаты и обсуждение
3.1. Разработка набора реагентов для молекулярно-генетической диагностики экспрессии РТ-гснов методом полимеразной цепной реакции
3.1.1.Выбор генов для набора реагентов
3.1.3. Подготовка документов для регистрационного досье «Набора реагентов для молекулярно-генетической диагностики экспрессии РТ-антигенов методом полимеразной цепной реакции (РТ-антиген)»
3.1.4. Состав набора реагентов
3.1.5.1. Технические испытания
3.1.5.2. Медицинские испытания
3.1.5.3. Получение регистрационного удостоверения
3.2. Результаты исследования экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах рака молочной железы
3.2.1. Исследование экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах нормальной ткани молочной железы
3.2.2. Исследование экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах рака молочной железы
3.2.3. Сопоставление профиля экспрессии РТ-генов в образцах рака молочной железы с набором РТ-генов клеточных линий противоопухолевых вакцин «Компливак» и «Аллоген»
3.3. Результаты исследования экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах лейкоплакии и плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта
3.3.1. Экспрессия раково-тестикулярных генов в образцах нормальной слизистой оболочке полости рта
3.3.2. Экспрессия раково-тестикулярных генов в образцах плоскоклеточного рака слизистой оболочки полости рта
3.3.3. Результаты исследования экспрессии раково-тестикулярных генов в образцах лейкоплакии слизистой оболочки полости рта
3.4. Теоретическое обобщение литературных данных для обоснования перспективных направлений исследований функций МАвЕ-А антигенов..
4. Заключение
5. Выводы

поджелудочной железы [114]. Поэтому ген NY-ESO-1 можно отнести к семенник-сслективным генам [115].
Экспрессия NY-ESO-1 исследована в огромном количестве работ, поэтому, конечно, в рамках обзора литературы не имеет смысла приводить результаты всех исследований, большая часть которых представлена в базе данных FT CTDatabase [35]. Но можно отметить, что для одного типа опухолей частота экспрессии NY-ESO-1 может сильно варьировать. Например, в миеломе от 7.3% до 36%, в плоскоклеточном раке головы и шеи от 6% до 28%, в гепатоцеллюлярной карциноме от 0% до 44%, в немелкоклеточном раке легких от 2-10% до 32%, в меланоме от 0% до 71%. В глиомах NY-ESO-1 экспрессируется редко (0-3%). В раке эпителия яичника мРНК NY-ESO-1 обнаруживается с частотой 10-30%. Наличие мРНК NY-ESO-1 и соответствующего белка было показано в 100% образцов миксоидных и круглоклеточных липосарком [116].
Экспрессия гена NY-ESO-1 может служить маркером высокой степени злокачественности при раке мочевого пузыря [117]. Это наблюдение получило подтверждение в работе Dyrskjot L. et al. Было показано, что наличие мРНК NY-ESO-1 коррелирует с более коротким периодом жизни без прогрессии (progression-free survival) у пациентов с мускульно-неинвазивным раком мочевого пузыря [118]. При эпителиальном раке яичника NY-ESO-1 чаще экспрессируются при высокой стадии [119]. В нескольких исследованиях была показана связь экспрессии NY-ESO-1 с клиникопатологическими характеристиками рака легких. Например, при немелкоклеточном раке легкого экспрессия NY-ESO-1 и MAGE-A3 является маркером плохого исхода [76]. Исследование экспрессии РТ-аитигенов семейств MAGE-A3, LAGE, GAGE и NY-ESO-1 у больных с раком легких рекомендуется при мужском поле, возрасте старше 60 лет, продвинутой стадии рака, статусе курильщика, большом размере опухоли (>3см). Это обусловлено тем, что экспрессия вышеуказанных РТ-генов коррелирует с наличием плевральной инвазии. Экспрессия NY-ESO-1 и MAGE-A3 была ассоциирована с меньшей выживаемостью при аденокарциноме легких [76], для NY-ESO-1 была показана корреляция с наличием метастазов [77]. В связи с показанной клинической значимостью анализ на экспрессию NY-ESO-1 и MAGE-A4 был включен в тест-систему EarlyCDT® для раннего обнаружения рака легких среди людей с высоким