Эволюционная изменчивость вирусов гриппа A(H3N2) и B в период 2003-2013 гг. в РФ

• Автор: Силуянова, Элина Владимировна
• Шифр специальности: 03.02.02, 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2014
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 166 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

РАЗДЕЛ 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

ГЛАВА 1. Классификация и строение вируса гриппа

1.1 Структура вириона вируса гриппа

ГЛАВА 2. Характеристика вируса гриппа А(НЗМ2)

2.1 История вируса гриппа А(НЗИ2)

2.2.Антигенная характеристика штаммов вируса гриппа А(НЗИ2) в период с 2003 по 2013 гг., циркулировавших в мире
2.3. Антигенная характеристика штаммов вируса гриппа А(НЗИ2) в период с 2003 по 2013 гг., циркулировавших в РФ
2.4. Молекулярно-генетическое строение НА, ИА и М-белка вируса гриппа А(НЗШ)
2.4.1. Структура белка НА
2.4.2. Структура белка ИА
2.4.3. Структура М-белка
2.5. Изменения в последовательностях НА и их влияние на свойства штаммов вируса гриппа А(НЗИ2), циркулировавших в мире с 2003 по 2013 гг
2.6. Изменения в последовательностях НА и их влияние на свойства штаммов вируса гриппа А(НЗИ2), циркулировавших в России с 2006 по 2012 гг
2.7. Изменения в последовательностях ИА и их влияние на свойства
вирусов гриппа А(НЗИ2), циркулирующих с 2003 по 2013 гг. в мире
2.8. Замены в последовательностях белка нейраминидазы, связанные
с резистентностью к лекарственным препаратам
2.9. Изменения в последовательностях М-белка и их влияние
на свойства вирусов гриппа А(НЗИ2)
ГЛАВА 3. Характеристика вируса гриппа В
3.1 История вируса гриппа В
3.2 Антигенная характеристика штаммов вируса гриппа В,

циркулировавших в мире в период 2003 - 2013 гг
3.3. Антигенная характеристика штаммов вируса гриппа В, циркулировавших в России в период 2003 - 2013 гг
3.4. Молекулярно-генетическое строение НА и КА вирусов гриппа В
3.4.1 Структура белка НА
3.4.2. Структура ИА
3.5. Изменения в последовательностях НА и их влияние на
свойства вирусов гриппа В, циркулировавших в мире в период 2003-2013
3.6. Изменения в последовательностях НА и их влияние на свойства вирусов гриппа В, циркулировавших в РФ в период 2003-2
3.7. Изменения в последовательностях ЫА и их влияние на
свойства вирусов гриппа В
3.7.1. Замены в последовательностях белка нейраминидазы вируса
гриппа В, связанные с резистентностью к лекарственным препаратам
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
РАЗДЕЛ 2. Результаты собственных исследований
ГЛАВА 1. Материалы и методы
1.1 Эпидемические штаммы вирусов гриппа
1.2 Методы изучения антигенных свойств штаммов вируса гриппа
А(НЗИ2)иВ
1.2.1 Изоляция эпидемических штаммов вирусов гриппа
1.2.2. Изучение антигенных свойств вирусов гриппа
1.3 Методы изучения молекулярно-генетических свойств
эпидемических штаммов вирусов гриппа А(НЗИ2) и В
1.3.1. Выделение вирусной РНК из исследуемого материала
1.3.2. Обратная транскрипция
1.3.3. Тест-системы для детекции вирусов гриппа А(НЗК2) и В
методом ОТ-ПЦР в реальном времени (ОТ-ПЦР-РВ)
1.3.4. Тест-системы для определения принадлежности штаммов
вируса гриппа В к эволюционным линиям

1.3.5. Модифицирование лабораторного варианта тест-систем на основе ПЦР в реальном времени для дифференциации эволюционных линий гриппа В
1.3.6. Пробоподготовка
1.3.7. Определение нуклеотидных последовательностей генов
НА, ИА, М
1.3.8. Построение филогенетических дендрограмм
ГЛАВА 2. Эволюционная изменчивость вирусов гриппа
А (Н3142, циркулировавших на территории России с 2003 по 2013 гг
2.1 Активность вируса гриппа А(НЗИ2) как этиологического агента эпидемических подъемов заболеваемости в период 2009-201 Згг.
и его антигенные свойства
2.2. Характеристика штаммов вируса гриппа А(НЗЫ2),
выделенных на отдельных территориях РФ в 2003-2013 гг. и
отобраных для проведения молекулярно-генетического анализа
2.3 Молекулярно-генетический анализ гена НА эпидемических
штаммов вируса гриппа А(НЗИ2)
2.3.1. Подбор универсальных праймеров для амплификации и секвенирования полноразмерных последовательностей гена НА эпидемических штаммов вируса гриппа А(НЗИ2)
2.3.2 Анализ аминокислотной последовательности гемагглютинина эпидемических штаммов вируса гриппа
А (НЗИ2), циркулировавших в 2003-2013гг
2.3.3 Филогенетический анализ последовательностей гемагглютинина эпидемических штаммов вируса
гриппа А(НЗШ), циркулировавших в период 2003-2013гг
2.4 Молекулярно-генетический анализ гена ИА эпидемических
штаммов вируса гриппа А(НЗИ2)
2.4.1 Подбор универсальных праймеров для амплификации и секвенирования полноразмерных последовательностей гена 1ГА эпидемических штаммов вируса гриппа А(НЗП2)

штаммы вируса гриппа A (H3N2) 2008-2009 гг. являлись эволюционным продолжением штаммов эпидемического сезона 2007-2008 гг. (Комиссаров А.Б, 2012).
В сезоне 2010-2011 гг. вирусы гриппа A (H3N2) не имели эпидемического значения, единичные случаи выявления вирусов данного подтипа были отмечены в Европейской части России, а в Сибири и на Дальнем Востоке вирус гриппа A (H3N2) проявлял слабую активность. Все вирусы, выделенные на востоке РФ, относились к генетической группе А/Виктория/210/2009 (R261Q) клайда А/Перт/16/2009 (Е62К, N144K) (рис. 5). Гемагглютинин этих вирусов содержал ряд замен в антигенном сайте Е2. Вирусы , циркулирующие в Европейской части РФ, относились к генетической группе А/Перт/10/2010 клайда А/Виктория/208/2009 и имели замены в антигенном сайте С (Soboleva I. , 2012).
Вирусы гриппа A (H3N2) эпидемического сезона 2011-2012 гг, циркулирующие на территории России, относились к генетической группе А/Стокгольм/18/2001 (V223I) клайда А/Виктория/208/2009 и несли
аминокислотную замену N312S (рис.5). Штаммы разделяли на две подгруппы с характерными заменами N145S в антигенном сайте A, D487N и Q33R, S45NT с возникновением потенциального сайта гликозилирования, T48I и N278K - в антигенном сайте С, T128N, А198Р - в антигенном сайте В, соответственно (Грудинин М.П., 2012).