Молекулярно-генетическая характеристика штаммов вируса Западного Нила, выделенных на территории России

• Автор: Садыкова, Галина Кадымовна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 121 с. : ил.

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
а.о. - аминокислотных остатков а.к. - аминокислота БОЕ - бляшкообразующие единицы ВЗН - вирус Западного Нила ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота ИФН - интерферон кДНК - комплементарная ДНК ЛД - летальная доза ЛЗН - лихорадка Западного Нила н. п. - нуклеотидных пар НТР - нетранслируемый регион ОТ - обратная транскрипция ОГС - обратная генетическая система ОРС — открытая рамка считывания ПЦР - полимеразная цепная реакция РНК - рибонуклеиновая кислота ЦНС - центральная нервная система ЭПР - эндоплазматический ретикулум
ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Экология, эпидемиология и географическое распространение вируса Западного Нила
1.2. Филогенетический анализ вируса Западного Нила, его происхождение и эволюция
1.3. Генетическая организация и репликативный цикл
флавивирусов
1.4. Генетические факторы патогенности ВЗН
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Компьютерный анализ последовательностей ДНК
2.2. Выделение РНК
2.3. Реакция обратной транскрипции
2.4. Проведение полимеразной цепной реакции
2.5. Клонирование кДНК-фрагментов генома
2.6. Приготовление компетентных клеток
2.7. Трансформация плазмидной ДНК
2.8. Электрофорез ДНК в агарозном геле

2.9. Выделение фрагментов ДНК из агарозы
2.10. Секвенирование ДНК
2.11. Сайт-специфический мутагенез ДНК
2.12. Транскрипция вирусной РНК in vitro
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.
3.1. Определение и анализ первичной структуры геномов 19-ти штаммов вируса Западного Нила, изолированных на территории Астраханской области в 2001-2005гг
3.2. Клонирование полноразмерной кДНК-копии российского
изолята вируса Западного Нила, относящегося к IV субтипу...67.
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
ВЫВОДЫ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ
.86.
действуя на активацию сигнальных факторов транскрипции STAT (Guo et al., 2005; Но et al., 2005). В роли антагонистов ИФН-сигналов выступают неструктурные белки флавивирусов NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B и NS5 (Best et. al., 2005; Lin et. al., 2006; Liu et. al., 2006; Wilson et. al., 2008; , Эти вирусные белки, взаимодействуя с
тирозиновыми киназами Jakl и Тук2, препятствуя их фосфорилированию. Вызываемый флавивирусами блок активности системы действия ИФН на этапе передачи сигналов к антивирусным клеточным генам обеспечивает необходимые условия для вирусной репродукции (Lin et al., 2006; Liu et al., 2006). Гуморальный иммунитет является важным компонентом в системе защиты организма хозяина от вирусной инфекции. Дефектные по производству В-лимфоцитов линии мышей погибали при инфицировании ВЗН, но выживали-при пассивной иммунизации. Главной мишенью нейтрализующих антител является оболочечный белок Е. Согласно данным рентгеноструктурного анализа* белок Е является димером, каждый мономер которого состоит из трех структурных единиц, (рис. 9). Домен I является центральным, несет основную структурную нагрузку, имеет форму (3-складчатой глобулы, содержит антигенные эпитопы и сайт гликозилирования. Домен II содержит пептид слияния высоко консервативный для флавивирусов DRGWGNGCGLFGK и является pH-лабильным: его конформация изменяется при понижении pH, после чего происходит слияние вирусной и клеточной мембран. Домен III является иммуноглобулнноподобным и содержит сайт связывания с клеточным рецептором, а также эпитопы для вируснейтрализующих антител. (Beasley et. al., 2002; McMinn, 1997).
Сайт потенциального N-гликозилирования в домене I, находящийся в а.к. 154-156 белка Е имеет важное значение для патогенных свойств вируса. У представителей ВЗН, относящихся к разным генетическим линиям, соответствующие аминокислотные позиции очень вариабельны