Комплексный анализ генетической предрасположенности к инфаркту миокарда

• Автор: Барсова, Роза Михайловна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 120 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Список использованных сокращений

Введение

Глава 1: ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Этиопатогенез инфаркта миокарда

1.2. Генетические факторы предрасположенности к ССЗ

1.2.1. Моногенные формы сердечно-сосудистых заболеваний

1.2.2. Генетические факторы предрасположенности к ИМ

1.2.2.1. Полногеномный поиск (GWAS)

1.2.2.2. Подход "ген-кандидат"

1.2.3. Выбор генов и полиморфизмов для исследования
1.2.3.1. Гены FGA и FGB и их полиморфизмы
1.2.3.2. Ген РАН и его полиморфизм
1.2.3.3. Ген CTLA4 и его полиморфизм
1.2.3.4. Ген IFNG и его полиморфизм
1.2.3.5. Ген IL4 и его полиморфизм
1.2.3.6. Ген IL6 и его полиморфизм
1.2.3.7. Ген IL10 и его полиморфизм
1.2.3.8. Ген TNFи его полиморфизм
1.2.3.9. Ген LTA и его полиморфизм
1.2.3.10. Ген TGFB1 и его полиморфизмы
1.2.3.11. Ген CRP и его полиморфизм
1.2.3.12. Ген PTGS1 и его полиморфизм
1.2.3.13. Ген CCR5 и его полиморфизм
1.2.3.14. Ген PDE4D и его полиморфизм
1.2.3.15. Область 9р21 и ее полиморфизмы
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2Л. Объект исследования
2.1.1. Диагностические критерии ИМ
2.1.2. Контрольная группа
2.2. Использованные реактивы
2.3. Выделение геномной ДНК из периферической крови
2.4. Геномное типирование
2.4.1. Геномное типирование полиморфного участка -249С>Т гена FGBA

2.4.2. Геномное типирование полиморфных участков 4266A>G гена FGA, rsl0757278 и rsl333049 области 9р21
2.4.3. Геномное типирование полиморфного участка -675 4G>5G гена РАН
2.4.4. Геномное типирование полиморфного участка 49A>G в гене CTLA4
2.4.5. Геномное типирование полиморфного участка гена 874А>Т гена IFNG
2.4.6. Геномное типирование полиморфного участка 5900 Т гена IL4
2.4.7. Геномное типирование полиморфного участка в положении -174G>C гена IL6
2.4.8. Геномное типирование полиморфного участка в положении ~1082G>A гена IL10
2.4.9. Геномное типирование полиморфного участка ~308G>A гена TNF
2.4.10. Геномное типирование полиморфного участка 252G>A гена LTA
2.4.11. Геномное типирование полиморфного участка ~509С>Т в гене TGFB1
2.4.12. Геномное типирование полиморфного участка 869Т>С гена TGFB1
2.4.13. Геномное типирование полиморфного участка 915G>C гена TGFB1
2.4.14. Геномное типирование полиморфного участка 1444С>Т в гене CRP
2.4.15. Геномное типирование полиморфного участка 50С>Т гена PTGS1
2.4.16. Геномное типирование полиморфного участка гена CCR5
2.4.17. Геномное типирование полиморфного участка 4Ю>А в гене PDE4D
2.5. Статистический анализ
Глава 3: РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Анализ ассоциации полиморфных участков исследуемых генов с развитием ИМ
3.2. Мета-анализ ассоциации rGF2?7-509C>T с развитием ишемической болезни сердца
3.3. Анализ возможного сцепления исследованных полиморфных участков
3.4. Анализ ассоциации сочетаний аллелей и генотипов полиморфных участков исследуемых генов с развитием ИМ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
а.о. - аминокислотные остатки
АД - артериальное давление
АДФ - аденозиндифосфат
АК - арахидоновая кислота
ВОЗ - всемирная организации здравоохранения
ГМК - гладкомышечные клетки
ДИ - доверительный интервал
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
ИБС - ишемическая болезнь сердца;
ИИ - ишемический инсульт
ИМ - инфаркт миокарда
КФК - креатинфосфокиназа
ЛПВП - липопротеины высокой плотности
ЛПНП - липопротеины низкой плотности
ЛПОНП - липопротеины очень низкой плотности
мРНК - матричная рибонуклеиновая кислота
ОКС - острый коронарный синдром
ОШ - отношение шансов
п.н. - пары нуклеотидов
ПЦР - полимеразная цепная реакция;
ПЦР SSP - ПЦР с аллелеспецифическими праймерами
ПЦР-ПДРФ - анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов продукта

РААС - ренин-альдостерон-ангиотензиновая система
ССЗ - сердечно-сосудистые заболевания
т.п.н. - тысячи пар нуклеотидов
ЦОГ-1 - циклооксигеназа-
ЭКГ - электрокардиограмма
АВСА1 - ген АТФ-связывающей кассеты 1 семейства A (ATP-binding cassette, subfamily A, member 1)
АВСВ1 - ген АТФ-связывающей кассеты 1 семейства В (ATP-binding cassette, subfamily В, member 1)

с развитием ССЗ проводили на греческой [122], венгерской [158], итальянской [159, 160, 123], британской [161], шведской [162], немецкой [148], финской [163], североирландской и французской [164] популяциях. Есть данные и для русской популяции, однако, достаточно противоречивые. Так, наблюдали ассоциацию генотипа 77VF*-308A/A с развитием ИМ с Q-зубцом [79], но также и ассоциацию аллеля 75VF*-308G с развитием хронической сердечной недостаточности у больных ИБС [77]. При исследовании развития ИМ у мужчин в русской популяции ассоциации показано не было [79].
1.2.3.9. Ген LTA и его полиморфизм
Ген LTA, кодирующий лимфотоксин альфа (ранее известный как TNF-beta), картирован на хромосоме 6р21.33, имеет 3 экзона и образует вместе с геном TNF кластер на расстоянии 210 т.п.н. от главного комплекса гистосовместимости (HLA) [165]. LTA функционирует в виде гомотримера, но существует и в форме гетеротримера с лимфотоксином бета (LTB), который прикрепляет его к мембране. LTA и TNF обладают 35% идентичностью и 50% гомологией по аминокислотной последовательности [166]. Зрелый белок состоит из 171 а.о.
В организме LTA продуцируют все типы клеток, он является провоспалительным цитокином и экспрессируется в атеросклеротической бляшке. Показано, что он участвует в атерогенезе, усиливая рост бляшки [167].
В настоящее время в исследованиях предрасположенности к ССЗ часто анализируют или полиморфизм Thr26Asn (rs 1041981), или выбранный нами полиморфизм 252A>G (rs909253) в 1 интроне гена. Показано, что в случае аллеля LTA*252G связывание с неким ядерным транскрипционным фактором усиливается, что приводит к повышению экспрессии LTA [168]. Исследование ассоциации данного полиморфизма проводили на немецкой [148], североамериканской [169] и британской [170] популяциях, но ассоциация не была выявлена. Показана ассоциация аллеля LTA*252G с развитием ИМ в японской популяции [171], однако, в данной выборке наблюдалось отклонение от равновесия Харди-Вайнберга, вероятно, являющееся следствием особенностей популяции [170].
1.2.3.10. Ген TGFB1 и его полиморфизмы
Ген TGFB1, кодирующий трансформирующий фактор роста ßl (TGF-ßl), картирован на хромосоме 19ql3.2 и содержит 7 экзонов [172]. Он кодирует белок-