Выявление генетического разнообразия Mycobacterium tuberculosis на территории стран СНГ

• Автор: Дымова, Майя Александровна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 136 с. : ил.

Оглавление

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭПИДЕМИОЛОГИЯ ТУБЕРКУЛЕЗА

МЕТОДЫ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ТИПИРОВАНИЯ

М. TUBERCULOSIS

Полиморфизм длин рестрикционных фрагментов IS6110 (RFLP-типирование).

Методы выявления М. tuberculosis, основанные на ПЦР

МОЛЕКУЛЯРНЫЕ ОСНОВЫ ВОЗНИКНОВЕНИЯ УСТОЙЧИВОСТИ И МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ИХ ОПРЕДЕЛЕНИЯ

ФИЛОГЕНИЯ ТУБЕРКУЛЕЗА

ВЕТВЬ М. TUBERCULOSIS
ДРУГИЕ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЕ ЛИНИИ М. TUBERCULOSIS COMPLEX
ЭПИДЕМИОЛОГИЯ ТУБЕРКУЛЕЗА В РОССИИ
СЕМЕЙСТВО BEIJING М. TUBERCULOSIS
Молекулярно-генетические признаки семейства Beijing
Особенности патогенеза и патологической анатомии туберкулеза, вызванного штаммами генотипа Beijing
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
МАТЕРИАЛЫ
МЕТОДЫ
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
1. ВЫЯВЛЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
1.1 Определение генетического разнообразия пзолятов МЛиЬегсШоз'к, циркулирующих на территории г. Харькова, Украина
1.2 Определение генетического разнообразия Л/./ибегси/охи, циркулирующих на территории г. Астана, Казахстан
І.З.Определение генетического разнообразия МЛиЬегсШоэ'т, циркулирующих на территории г. Новосибирска, СФО, РФ
1.4 Определение генетического разнообразия l.tuberculosis, циркулирующих на территории г. Владивостока (ДФО, РФ)
1.5 Сравнительный анализ распределения генетических профилей в исследуемых выборках
2. ИЗУЧЕНИЕ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ К ПРОТИВОТУБЕРКУЛЕЗНЫМ ПРЕПАРАТАМ
2.1. Выявление ассоциаций между наличием множественной лекарственной устойчивости и принадлежностью к тому или иному семейству
2.2. Изучение частоты встречаемости мажорных мутаций, определяющих резистентное 1Ь к изониазиду и рифампицину
2.3. Поиск ассоциаций между принадлежностью к определенному семейству и наличием нуклеотидной замены (ТСС->ТТС) в 531 кодоне гена гроВ
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Список сокращений
АПБ - ацилпереносящий белок
БЦЖ - бацилла Кальметга — Герена
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
дНТФ - дезоксирибонуклеозидтрифосфаты
ИФА - иммуноферментный анализ
кДНК - ДНК, комплементарная зрелой мРНК
ЛПААГ - линейный полиакриламид
МБТ - микобактерия туберкулеза
МЛУ - множественная лекарственная устойчивость
мРНК - матричная РНК
и.о. - нуклеотидные основания
п.н. - пар нуклеотидов
ПААГ - полиакриламидный гель
ПДРФ - полиморфизм длин рестрикционных фрагментов
ПЦР - полимеразная цепная реакция
РНКаза Р - рибонуклеаза
РНК - рибонуклеиновая кисло та
РНК - полимераза - ДНК-зависимая РНК - полимераза
рРНК - рибосомальная РНК
ТБ - туберкулез
тРНК — транспортная РНК
тмРНК - транспортная, матричная РНК
ШЛУ - широкая лекарственная устойчивость
DOTS - Ускоренный курс амбулаторной терапии
DR - прямой повтор
DVR — прямой вариабельный повтор
ЕМВ — этамбутол
FAS-II - синтаза жирных кислот второго типа
отсутствуют в геноме штамма М. bovis BCG [96, 98, 99]. Следует отметить, что участок различия RD1, включал в себя гены, кодирующие два высоковирулентных и цитотоксичных белка ESAT-6 и CFP-10, являющиеся секреторными антигенами [100]. А регион различия RD2 содержал геи Rv 1986с, кодирующий: секреторный*; антиген, и на данный момент, по. результатам исследования; он • является перспективным для иммунодиагностики туберкулеза [101].
Дальнейший', сравнительный, анализ : геномов показал, наличие; : большого числа;,' делетированных, участков. В некоторых геномах М. tuberculosis количество таких участков, может достигать нескольких сотен. Наряду с аббревиатурой-: RD были предложены* и другие обозначения делений (например, RvD, ТЫ.)), которые в последнее время стали* объединять: под общим термином; «полиморфизм* больших последовательностей» (Large sequence polymorphisms — LSP) [102, 103].
Предполагают, что ESP' возникают в результате геномных делеций и хромосомных перестановок, нежели в результате рекомбинации из-за горизонтального переноса. При отсутствии горизонтального* переноса- генов у микобактерий; делеции являются-необратимым и уникальным; генетическим событием; таким образом, они могут быть использованы как для генотипирования; так и для построения филогенетических древ.
Изучение'геномных LSP обнаружило, что делеции не случайно распределены по геному, а имеют свойство к агрегации. Существуют локусы, являющиеся: «hot-spot» («горячими точками»)* для делеций ДНК [104]. Было показано; что делеции случаются- независимо в неродственных изолятах и линиях. РГекоторые хромосомные делеции (RvD5) ассоциированы с транспозицией инсерцйонного ;элемента IS [105]. Для других делеций (например, TbDl) корреляции, с IS элементом не обнаружено.