Молекулярно-генетическая характеристика астровирусов, циркулирующих в Новосибирске

• Автор: Тикунов, Артем Юрьевич
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 136 с. : ил.

Оглавление
Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Семейство Аяігоуігісіае

1.2. История открытия астровирусов

1.3. Классификация астровирусов

1.4. Физические особенности астровирусов

1.5. Структура вириона астровируса

1.6. Состав астровирусного вириона

1.7. Структура и организация генома астровирусов

1.7.1. Продукт трансляции ОРТ 1 а

1.7.2. Продукт трансляции ОРТ
1.7.3. Продукт трансляции ОРТ
1.8. Жизненный цикл астровирусов
1.9. Патогенез астровирусной инфекции
1.10. Клинические особенности астровирусной инфекции
1.11. Лечение астровирусной инфекции
1.12. Диагностика астровирусной инфекции
1.13. Эпидемиология астровирусной инфекции
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Основная характеристика обследованных больных
2.2. Материалы
2.3. Основные методы
2.3.1. Сбор образцов
2.3.2. Осветление экстракта фекалий
2.3.3. Выделение вирусной РНК
2.3.4. Синтез комплементарной ДНК
2.3.5. Проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР)
2.3.6. Электрофоретический анализ образцов

2.3.7. Проведение полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентной детекцией «по конечной точке»
2.3.8. Амплификация участков геномов астровируса для определения нуклеотидной последовательности
2.3.9. Очистка продуктов ПЦР
2.3.10. Постановка реакции Сэнгера
2.3.11. Очистка продуктов реакции Сэнгера
2.3.12. Филогенетический анализ
2.3.13. Статистический анализ
2.3.14. Анализ нуклеотидных последовательностей
2.3.15. Определение скорости молекулярой эволюции
Глава 3. Результаты
3.1. Исследование эпидемических особенностей астровирусной инфекции в Новосибирске
3.2. Генотипирование изолятов астровирусов, выявленных в Новосибирске.
3.3. Секвенирование геномов изолятов астровирусов, выявленных в Новосибирске
3.4. Определение скорости молекулярной эволюции астровируса человека
Глава 4. Обсуждение результатов
ВЫВОДЫ
Список литературы
Приложение
Приложение

Список используемых сокращений
а.о. - аминокислотный остаток ВКО - внутренний контрольный образец дНТФ - дезоксинуклеотидтрифосфат ИФА - иммуноферментный анализ
КИНЭ - кишечные инфекции неустановленной этиологии
н.о. - нуклеотидный остаток
ОКИ - острые кишечные инфекции
ОРТ - открытая рамка трансляции
ОТ-ПЦР - обратная транскрипция - полимеразная цепная реакция
ФСБР - фосфатно солевой буферный раствор
BAstV - астровирусы быков
CAstV - астровирусы кур
DAstV - астровирусы уток
DD - домен гибели
DTT - дитиотриэтол
FAstV - астровирусы кошачьих
GFP - белок «green fluorescent protein»
HAstV-1 - HAstV-8 - астровирусы человека с первого по восьмой серотипы
MAstV - астровирусы норок
NLS - сигнал ядерной локализации
nspla - полипротеин первой открытой рамки трансляции астровируса nsplab - полипротеин первой и второй открытой рамки трансляции астровируса
OAstV - астровирусы овец PAstV - астровирусы свиней SBP - single break point TAstV - астровирусы индюшек
US1 - US2 - первый и второй серотипы астровирусов быков VPg - вирусный геном-связывающий белок
астровирусной инфекции, однако в зависимости от популяции, в которой проводились исследования, эти особенности могут варьировать. В Аргентине у детей младше трех лет с признаками диареи астровирусы были выявлены у 12,4% пациентов, при этом лихорадка наблюдалась у 41,6% детей с астровирусной инфекцией, и всего 16,7% случаев этой инфекцией требовало госпитализации (Giordano et al., 2004). В Египте при подобных исследованиях было показано, что у детей до трех лет с симптомами гастроэнтерита астровирусы выявлялись так же часто, как и ротавирусы, при этом у 17% детей с астровирусной инфекцией происходила серьезная дегидратация (Naficy et al., 2000). Осложнения, такие как дегидратация, чаще всего развиваются у пациентов со скрытыми заболеваниями пищеварительного тракта, со смешанными инфекциями и страдающих от недоедания (Cruz et al., 1992). Астровирусная инфекция также встречается у пожилых людей, находящихся в медицинских стационарах, и у людей с ослабленным иммунитетом (Lewis et al., 1989). Исследования на взрослых добровольцах показали, что инкубационный период составляет 3-4 дня (Midthun et al., 1993). Более короткий инкубационный период (от 24 до 36 часов) описан при вспышках астровирусной инфекции в японских детских садах (Коппо et al., 1982). В целом, астровирусная диарея протекает мягче, чем ротавирусная, и не столь часто приводит к дегидратации или госпитализации (Walter and Mitchell, 2003). Персистирующие гастроэнтериты с участием астровирусов ассоциированы в основном со штаммами астровирусов третьего серотипа (Caballero et al., 2003). Случаи летальног исхода по причине астровирусной инфекции происходят очень редко, но тем не менее описаны (Singh et al., 1989).
Исследования на взрослых добровольцах способствовали пониманию
патогенности астровирусов для человека. В одном из исследований,
фекальные экстракты, содержащие астровирусы, выделенные от
инфицированных детей, были введены восьми добровольцам per os (Kurtz et
al., 1979). Перед экспериментом подтвердили, что у них не выявлялись