Эволюционный консерватизм и композиционная гетерогенность хромосом птиц

• Автор: Сазанова, Анна Львовна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 168 с. : ил.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ у0
1.1. Особенности организации генома птиц -
1.2. Генетические и физические карты хромосом птиц Z&
1.3. Отношения гомологии (ортологии и паралогии) нуклеотидных последовательностей и хромосомных районов Ц5
1.4. Композиционная гетерогенность ДНК и функциональная специализация геномных фракций ££
МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ £?
2Л. Материал £{*
2.2. Трансформация клеток Е. сой и выделение эписомной ДНК
2.3. Приготовление препаратов митотических хромосом птиц Y0
2.3.1. Приготовление препаратов митотических хромосом из
96 (72)-часовых эмбрионов Yi.
2.3.2. Приготовление препаратов митотических хромосом из культуры эмбриональных фибробластов Y1
2.4. Флуоресцентная гибридизация ДНК-ДНК in situ (FISH) ¥5
2.4.1. Мечение ДНК-зондов при помощи ник-трансляции с использованием нерадиоактивных дезоксинуклеотидтрифосфатов

2.4.2. Преципитация ДНК-зондов в присутствии конкурирующей ДНК и супрессия неспецифической гибридизации YS
2.4.3. Гибридизация меченых ДНК-зондов с ДНК митотических хромосом птиц ?е
2.4.4. Детекция гибридизационных сигналов с использованием флуоресцентных красителей
2.4.5. Анализ результатов гибридизации
РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. Прямое физическое картирование генов ALB, ANX5, EDNRA, MGF, MGP и TYR на митотических хромосомах домашней курицы ßQ
3.2. Композиционное картирование митотических хромосом домашней курицы и японского перепела
ОБСУЖДЕНИЕ YÄ0
4.1. Эволюционный консерватизм районов хромосом домашней курицы и человека
4.1.1. Ортология GGA Ip21-ql2 иША 12pl3-q23 ±20
4.1.2. Ортология GGA Iq23-q44 и HSA 1 Ipl5-q22 ±2
4.1.3. Ортология GGA4qll-q24 и HSA4pl6-q28 ±27
4.2. Сравнительное композиционное картирование хромосом домашней курицы и японского перепела. Функциональная компартментализация генома птиц ±32.
ВЫВОДЫ ±2>8
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ ±39
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ALB - альбумин ÄNX5 - аннексии
ВАС - искусственная бактериальная хромосома EDNRA - эндотелиновый рецептор А-типа GGA - хромосомы (районы хромосом) домашней курицы HSA - хромосомы (районы хромосом) человека '
MGF - ростовой фактор клеток молочной железы MGP - Gla-белок ядерного матрикса QTL - локус, контролирующий количественный признак TYR - тирозиназа

QTL жирности молока (Grisart et al, 2002). При секвенировании нуклеотидных последовательностей этого контига был обнаружен ген DGAT1 (ацил-кофермент А - диацилглицерол ацилтрансфераза), который по физиологическому действию мог быть кандидатом для данного QTL. В другом исследовании по позиционному клонированию, знание ортологии теломерного района хромосомы 6 крупного рогатого скота (ВТА 6) и района HSA 4pl6-q21 позволило установить, что мутация гена LIMBIN является причиной хондродиспластической карликовости у крупного рогатого скота (Takeda et al, 2002).
На основании анализа карт консервативной синтении было показано, что геном человека ближе к геному курицы, чем к геномам грызунов в терминах хромосомной организации генов. Синтения 6 хромосом человека и 10 хромосом курицы представлена в предковом геноме млекопитающих. Это согласуется с предположением о большей частоте межхромосомных перестроек у грызунов (Hillier et al., 2004). Важно, что число межхромосомных перестроек между предком млекопитающих и птицами оцениваемое в 500000 миллионов лет эволюции только слегка превосходит число хромосомных перестроек, происходящих в линии эволюции грызунов -87 миллионов лет (Bourque et al., 2005).
Таким образом, изучение гомологии (ортологии и паралогии) нуклеотидных последовательностей и хромосомных районов является необходимым элементом молекулярно-цитогенетического анализа геномов.