Молекулярно-эпидемиологический и филогенетический анализ генетической гетерогенности популяций вируса клещевого энцефалита на азиатской территории России

• Автор: Джиоев, Юрий Павлович
• Шифр специальности: 14.00.30, 03.00.06
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Иркутск
• Количество страниц: 155 с. : ил

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
РАЗДЕЛ I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
ГЛАВА 1. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО
ЭНЦЕФАЛИТА
1.1. Таксономическое положение и вопросы классификации ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА
1.2. Физико-химические свойства вируса клещевого
ЭНЦЕФАЛИТА
1.3. Структура и организация генома вируса клещевого
ЭНЦЕФАЛИТА
ГЛАВА 2. ГЕОГРАФИЧЕСКОЕ РАСПРОСТРАНЕНИЕ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА И ХАРАКТЕРИСТИКА ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ГЕТЕРОГЕННОСТИ ЕГО ПРИРОДНЫХ ПОПУЛЯЦИЙ
2.1. Ареал КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА И ПРИНЦИПЫ ЕГО РАЙОНИРОВАНИЯ
2.2. Генетическая гетерогенность природных популяций вируса КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА
РАЗДЕЛ И. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
ГЛАВА 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1. Исследуемые штаммы вируса клещевого энцефалита
3.2. Используемые молекулярные зонды
3.3. Метод молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот (МГНК)
3.4. Методы математической статистики и компьютерного анализа
ГЛАВА 4. ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ И ТИПИРОВАНИЕ ШТАММОВ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА, ИЗОЛИРОВАННЫХ В РАЗЛИЧНЫХ РЕГИОНАХ АЗИАТСКОЙ ТЕРРИТОРИИ РОССИИ
4.1. Исследование генетических различий штаммов вируса
КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА ПОСРЕДСТВОМ МЕТОДА МГНК
с рекомбинантным плазмидным зондом
4.2. Характеристика генетической вариабельности штаммов вируса КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА С ПОМОЩЬЮ МЕТОДА МГНК С СИНТЕТИЧЕСКИМИ ДЕЗОКСИОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫМИ ЗОНДАМИ
4.3. Генетическое типирование и распространение генетических
ВАРИАНТОВ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА НА АЗИАТСКОЙ
территории России

ГЛАВА 5. ВАРИАБЕЛЬНОСТЬ АНАЛИЗИРУЕМЫХ ГЕНОМНЫХ СТРУКТУР В ПРИРОДНЫХ ПОПУЛЯЦИЯХ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА
ГЛАВА 6. ИССЛЕДОВАНИЕ ВІІУТРИПОПУЛЯЦИОННОЙ
ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ГЕТЕРОГЕННОСТИ ШТАММОВ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА ПОСРЕДСТВОМ МЕТОДА КЛАСТЕРНОГО АНАЛИЗА
6.1. Общая характеристика метода кластерного анализа
6.2. Параметры генетической изменчивости штаммов вируса
КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА

6.3. Формирование кластеров в популяциях вируса клещевого
ЭНЦЕФАЛИТА И ИХ МОЛЕКУЛЯРНО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЙ И ЭВОЛЮЦИОННЫЙ АНАЛИЗ
6.4. Статистический анализ степени внутрипопуляционных
ГЕНЕТИЧЕСКИХ РАЗЛИЧИЙ ШТАММОВ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА
ГЛАВА 7. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭПИДЕМИОЛОГИЯ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА НА АЗИАТСКОЙ ТЕРРИТОРИИ РОССИИ И ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ИССЛЕДУЕМЫХ РЕГИОНАЛЬНЫХ ПОПУЛЯЦИЙ
7.1. Генетическая дифференциация популяций вируса клещевого энцефалита. Реконструкция филогении популяций вируса клещевого энцефалита. Генетические сходства и генетические расстояния между популяциями
7.2. Характеристика различий между генетическими вариантами
ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА
7.3. Статистический анализ степени генетических различий между
РЕГИОНАЛЬНЫМИ ПОПУЛЯЦИЯМИ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ I
ПРИЛОЖЕНИЕ II
ПРИЛОЖЕНИЕ III

ВВЕДЕНИЕ
Актуальность проблемы
Клещевой энцефалит (КЭ) является наиболее тяжелой и распространенной природно-очаговой инфекцией на территории России. Несмотря на 60-летний опыт изучения и борьбы с этим заболеванием, разработкой и практическим применением нескольких поколений профилактических вакцин, заболеваемость КЭ в стране неуклонно растет. Особенно неблагоприятно ситуация складывается в азиатской части России. Так, в ряде регионов Сибири за последние 15-20 лет заболеваемость КЭ возросла в десятки раз и продолжает увеличиваться. Осуществляемые на эндемичных территориях программы иммунизации являются крайне недостаточными по охвату населения, подвергающегося риску заражения. В то же время существует проблема эффективности препаратов для вакцинации и экстренной профилактики, которая оценивается специалистами неоднозначно.
В пределах огромного ареала КЭ, простирающегося в Евразии от берегов Тихого океана на востоке до Атлантического - на западе, эпидемиология и клиника болезни различаются и имеют региональные особенности. Известно, что "западный" КЭ отличается сравнительно доброкачественным течением, тогда как "дальневосточный" вариант КЭ часто протекает чрезвычайно тяжело и влечет за собой высокий (до 30 % и более) уровень летальности. КЭ в Сибири также имеет свою специфику и, по тяжести, удельному весу определенных клинических форм занимает промежуточное положение, приближаясь к "западному" варианту. Многие исследователи пытались связать эти различия со свойствами циркулирующих штаммов вируса КЭ, однако прямых доказательств получить не удавалось. Тем более, что до сих пор среди специалистов преобладает мнение о существовании двух основных подтипов вируса, один из которых (западный или центрально-европей-ский подтип) циркулирует на территории Европы, достигая на востоке центральных районов европейской России, другой

ляциях ВКЭ, их эволюции, что даст возможность создания адекватной классификации как ВКЭ, так и комплекса КЭ. Практическое значение таких данных состоит в возможности оценки уровней природной вариабельности и географического распространения генетических типов вируса с точки зрения создания более эффективных средств специфической профилактики и лабораторной диагностики КЭ (37, 45,47).