Компьютерный поиск новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1

• Автор: Акимов, Денис Владимирович
• Шифр специальности: 03.00.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 93 с. : ил.

Список используемых сокращений
1. Введение
2. Обзор литературы
2.1. Структура вируса иммунодефицита человека
2.1.1. Морфология
2.1.2. Репликационный цикл
2.2. Интеграза ВИЧ
2.3. Ингибиторы интегразы ВИЧ
2.3.1. Низкомолекулярные ингибиторы из природных источников
2.3.2. Синтетические гидроксилированные ароматические соединения
2.3.3. Природные пептиды
2.3.4. Сульфаты, сульфонаты и нуклеотиды -ингибиторы интегразы ВИЧ
2.3.5. Конкурентные необратимые ингибиторы интегразы
2.3.6. Дикетокарбоновые кислоты и их производные
2.3.7. Компьютерное конструирование ингибиторов интегразы
3. Объекты и методы
3.1. Объекты
3.2. Методы
3.2.1. Валидация точности прогноза
3.2.2. Тестирование PASS на гетерогенной выборке химических соединений
3.2.3. Применение PASS для поиска новых биологически активных соединений
3.2.4. Методы экспериментального тестирования ингибиторов интегразы ВИЧ-1 in vitro
4. Результаты и обсуждение
4.1. Создание обучающей выборки
4.2. Обучение и валидация программы

4.3. Компьютерный поиск потенциальных ингибиторов
4.4. Тестирование отобранных веществ на антиинтегразную активность
4.5. Определение роли отдельных структурых участков в проявлении ингибиторной активности
5. Заключение
6. Выводы
7. Публикации по теме диссертации
8. Список литературы

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ
ВИЧ-1 - вирус иммунодефицита человека (1-го типа)
кДНК - комплементарная ДНК (дезоксирибонуклеиновая кислота)
СПИД - синдром приобретенного иммунодефицита СУБД - система управления базами данных ЭПР - эндоплазматический ретикулум ЗР - 3'-Processing (реакция 3'-процессинга)
CoMFA - Comparative Molecular Field Analysis (сравнительный анализ молекулярных полей)
CoMSIA - Comparative Molecular Similarity Indices Analysis (сравнительный анализ индексов молекулярного сходства)
EVA - Eigen Value Analysis (анализ собственных значений)
FDA - Food and Drug Administration (управление по контролю за лекарствами и пищевыми добавками)
GFA - Genetic Function Approximation (генетическая функциональная аппроксимация)
PASS - Prediction of Activity Spectra for Substances
PDB - Protein Data Bank (база данных трехмерных структур
белков)
QSAR - Quantitative Structure-Activity Relationship (количественная взаимосвязь структура-активность)
SAR - Structure-Activity Relationship (взаимосвязь структура-активность )
ST - Strand Transfert (реакция переноса цепи)

присоединенным к 3'-концу биотином. Полученный дуплекс Р32-и5В/А-Віоб (2нМ) инкубировали с интегразой (100 нМ) в присутствии Ббгербауісііп БупаЬеабз М-280 (ОУЫАЬ) при при 25°С в течение 15 минут в буфере, содержащем 20 мкМ Нерев (pH 1,2), 20 мкМ ЫаС1, 1 мкМ ОТТ и 10 мкМ МдС12. Комплекс интеграза-субстрат, зафиксированный на подложке, очищался от излишков свободной интегразы, промывался в таком же буфере и смешивался с ингибитором с возрастающими концентрациями от 0,1 мкМ до 30 мкМ. Смесь инкубировали при 37°С в течение 1 часа. Последующие шаги исследования такие же, как описано выше.