Молекулярно-генетический анализ древних и современных образцов ДНК

• Автор: Кравцова, Ольга Александровна
• Шифр специальности: 03.00.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Казань
• Количество страниц: 160 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1.Геном человека и этногеномика как наука

1.2. Генетические маркеры

1.2.1 .Микросателлитная ДНК.

1.2.2. Митохондриальная ДНК

1.2.3. Маркеры хромосомы.

1.2.4. Однонуклеотидные замены.

1.2.5. , , I, I

1.3. Идентификация личности и молекулярногенетический анализ

в судмедэкспертизе
1.4. Популяционные исследования в России и странах СНГ
1.5. Изучение ДНК в антропологии
1.6. Происхождение татарского народа
1.7. Филогенетический анализ данных.
1.8. Заключение по обзору литературы
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.
2.1. Объекты исследования.
2.1.1. Современная ДНК.
2.1.2. Древняя ДНК.
2.2. Методы исследования
2.2.1. Выделение современной ДНК.
2.2.2. Выделение древней ДНК.
2.2.3. Полимеразная цепная реакция.
2.2.3.а. Амплификация микросателлитных локусов
2.2.3.б. Амплификация участков митоходриальной ДНК.
2.2.4. Рестрикционный анализ.
2.2.5. Разделение продуктов амплификации и рестрикции
2.3. Статистическая обработка данных.
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
3.1. Качественная и количественная оценка препаратов ДНК.
3.1.1. Выделение современной ДНК
3.1.2. Выделение и амплификация древней ДНК.
3.2. Генетическая структура современных популяций татар
3.2.1. Полиморфизм аутосомных локусов.
3.2.2. Полиморфизм локусов
3.2.3. Полиморфизм митохондриальной ДНК.
3.2.3.а. ПДРФ анализ гигервариабельного сегмента 1 пстли
3.2.3.6. Рестрикционный анализ мтДНК
3.3. Молекулярногенетический анализ древней ДНК.
3.3.1. Полиморфизм аутосомных локусов.
3.3.1.а. Определение половой принадлежности костных останков.
3.3.1.6. Определение родственных связей по данным микросателлитных локусов.
3.3.1.в. Популяционные характеристики локусов
3.3.2. Полиморфизм локусов.
3.3.3. Полиморфизм мтДНК древних образцов
3.3.3.а. ПДРФанализ петли ГВС 1.
3.3.3.6. Рестрикционный анализ кодирующей части мтДНК.
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
ВЫВОДЫ.
ЛИТЕРАТУРА


Семейства этих повторов разбросаны по разным локусам хромосом и могут отличаться друг от друга по генетическому коду, но имеют сходную структурную организацию повторяются друг за другом голова хвост в виде отдельных тандемных копий . Каждый такой участок характеризуется широким индивидуальным генетическим полиморфизмом полиаллельным состоянием структуры, и потому они могут служить индивидуализирующими личность признаками. Вариабельность обусловлена тем, что в одном и том же участке хромосомы у разных людей может содержаться разное число копий тандемных элементов ДНК рис. Класс тандемных полиморфных локусов, используемых в генетической экспертизе, условно разбит на два подкласса минисателлитов с длиной повтора семь и более пар нуклеотидов часто именно их имеют в виду под наименованием V и микросателлитов, у которых длина повторяющейся единицы составляет от двух до семи п. . Рис. Схема строения микросателлитного тетрануклеотидного гипервариабельного локуса. Большинство минисателлитных систем обладают гораздо более высоким полиморфизмом, чем микросателлитные. Соответственно, их дифференцирующие свойства также заметно выше. Однако существенные ограничения накладываются на анализ минисателлитов при исследовании деградированных препаратов ДНК, таких как пятна крови различной давности, образцы волос, потожировые отпечатки и т. локусов оказывается предпочтительнее Ефремов, . По сравнению с Vлокусами, микросателлиты обладают меньшим размером аллелей, что повышает вероятность сохранения их в деградированной ДНК. Кроме того, вероятность ложной гомозиготности, обусловленной предпочтительной амплификацией низкомолекулярных аллелей, крайне низка для микросателлитных локусов вследствие узости спектра аллельных длин, и, соответственно, не столь велика вероятность искажения генотипа изза потери высокомолекулярного аллеля Перепечина, Перепечина, . Количество высокополиморфных мини и микросателлитов в геноме человека, повидимому, превышает несколько десятков тысяч. Многочисленные V последовательности обнаружены на хромосомах 1, 2, , , , i, . Что касается локусов, то их частота может достигать 1 на тыс. i. Xхромосоме такие повторы обнаружены через каждые 0 0 тыс. Обычно локусы встречаются в некодирующих частях генов, однако в последнее время обнаружена группа структурных генов, несущих тримерные повторы в регуляторных, и даже транслируемых частях генов. Изменение числа этих внутригенных повторов в сторону их увеличения может приводить к нарушению функций этих генов, вплоть до полного блока экспрессии и быть причиной ряда тяжелых наследственных заболеваний болезней экспансии например, триплетный повтор в гене миотонической протеинкиназы. Этот повтор находится в некодирующей области и известен тем, что его значительное удлинение экспансия является причиной миотонической дистрофии. В норме число триплетных повторов данного локуса составляет от 5 до , тогда как при патологии число повторов достигает сотен и тысяч, образуя гигантские по размеру микросателлитные участки на хромосоме Баранов, . Наибольшее применение в популяционных исследованиях и генетических экспертизах получили тетрамерные локусы, содержащие последовательности из повторяющихся субъединиц длиной 4 п. По сравнению с ди и тримерными локусами, в тетрамерных локусах обнаруживается более низкая артефактность. С этой точки зрения перспективными являются также пентамерные локусы , . В последовательностях локусов могут сочетаться различные структуры. В зависимости от строения, выделяют несколько групп повторов . i . Простые повторы. Примером может служить локус . АТТТ, повторяющейся в разных аллелях от 8 до раз и. При обозначении аллельного варианта указывается число повторяющихся единиц. Простые с иесогласующимися повторами. Так, аллели локуса ТН . ТСАТ4САТТСАТ5. Подобный вариант обозначается числом полных повторов, после чего указывается количество дополнительных оснований.