Модифицированные пиримидиновые нуклеозиды и ненуклеозидные реагенты в синтезе олигонуклеотидных конъюгатов, их свойства и применение

• Автор: Коршун, Владимир Аркадьевич
• Шифр специальности: 02.00.10
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 670 с. : ил.

памяти Юрия Адольфовича Берлина

СОДЕРЖАНИЕ
Содержание

Список сокращений

Введение. Модификация нуклеиновых кислот

ИЗБРАННЫЕ МЕТОДЫ МОДИФИКАЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ

(обзор литературы)

Глава 1. СИНТЕЗ НУКЛЕОЗИДОВ И ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ

МОДИФИЦИРОВАННЫХ ПРОИЗВОДНЫМИ ПОЛИЦИКЛИЧЕСКИХ АРОМАТИЧЕСКИХ УГЛЕВОДОРОДОВ

1.1. Модификация по терминальным и межнуклеозидным фосфатам. 22 Ненуклеозидные модифицирующие реагенты

1.1.1 Реагенты на основе моноатомных спиртов

1.1.2. Реагенты на основе 1,2-диолов
1.1.3 Реагенты на основе 1,3-диолов
1.1.4. Реагенты на основе 1,4- и других диолов
1.1.5 Реагенты, содержащие ПАУ в цепи
1.1.6. Получение конъюгатов с помощью постмечения
1.2. Модификация нуклеозидов по углеводной части
1.2.1 Модификация по Г-положению
1.2.2. Модификация по 2-положению
1.2.3 Модификация по 3'-положению
1.2.4. Модификация по 4'-положению
1.2.5 Модификация по 5'-положению
1.3. Модификация нуклеозидов по основанию
1.3.1 Арильные производные
1.3.2. Арилэтинильные производные
1.3.3 Алкинильный линкер
1.3.4. Алкенильные, алкильные и другие линкеры
1.3.5. Модификации по экзоциклическим аминогруппам
1.3.6 Модификации по экзоциклическим аминогруппам. Моделирование 77 канцерогенеза
1.4. Дополнение к главе 1 и заключение
Глава 2. МОДИФИКАЦИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ С ПОМОЩЬЮ
РЕАКЦИИ [3+2] ЦИКЛОПРИСОЕДИНЕНИЯ АЗИДОВ И АЛКИНОВ
2.1. Введение азидогрупы в олигонуклеотиды и ДНК

2.1.1 Введение азидогрупп в синтетические олигонуклеотиды в процессе
автоматизированного твердофазного синтеза
2.1.2. Ввведение азидогрупп в синтетические олигонуклеотиды с помощью 89 постмодификации
2.1.3 Ввведение азидогрупп в ДНК с помощью ферментов
2.2. Введение терминальных алкинов в олигонуклеотиды и ДНК
2.2.1 Введение алкинов в синтетические олигонуклеотиды в процессе
автоматизированного твердофазного синтеза
2.2.2. Введение алкинов в синтетические олигонуклеотиды с помощью 101 постмодификации
2.2.3 Ввведение терминальных алкинов в ДНК с помощью ферментов
2.3. Модификация ДНК с помощью СиААС с участием твёрдой фазы и в 107 растворе
2.3.1 Модификация ДНК на твёрдой фазе с последующим переводом в
раствор
2.3.2. Иммобилизация ДНК
2.3.3. СиААС в синтезе конъюгатов ДНК-ДНК
2.3.4 Синтез других конъюгатов ДНК
2.3.5 СиААС в синтезе аналогов олигомеров ДНК
2.3.6 Присоединение к азидам алкинов, активированных напряжением
цикла
2.4. Заключение
МОДИФИЦИРОВАННЫЕ ПИРИМИДИНОВЫЕ НУКЛЕОЗИДЫ И НЕНУКЛЕОЗИДНЫЕ РЕАГЕНТЫ В СИНТЕЗЕ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ КОНЪЮГАТОВ, ИХ СВОЙСТВА И ПРИМЕНЕНИЕ (результаты и
обсуждение)
Глава 3. НЕНУКЛЕОЗИДНЫЕ РЕАГЕНТЫ
3.1. Реагенты для модификации олигонуклеотидов в автоматическом
синтезаторе
3.1.1. Реагенты для введения в олигонуклеотиды реакционноспособных 119 функциональных групп и нефлуоресцентных модификаций. Триарилметильные масс-спектрометрические метки
3.1.2. Мечение олигонуклеотидов пиреновым флуорофором. Эксимерная 139 флуоресценция
3.1.3. 4-(2-Бензоксазолил)толан, 1-фенилэтинилпирен и 9,10- 165 бис(фенилэтинил)-антрацен как флуоресцентные красители для мечения олигонуклеотидов. Резонансный перенос энергии.
Эксимерная флуоресценция 1-фенилэтинил-пирена в детекции однонуклеотидных замен
3.1.4. Реагенты для мечения олигонуклеотидов цианиновыми красителями

// 1.180 —

Этим методом были получены нафталиновые нуклеозиды 1.159-1.161 и 1.164 [286], стильбеновые производные 1.183 и 1.184 [287] и дифенильное соединение 1.185 [288]. Аналогичным методом (с использованием других силильных защит) получен
НО-1 „

Схема 1.7. Синтез С-нуклсозидов из лактона 1.181. (i) ArLi, THF, -78°С; (ii) EtjSiH, BF3 Et20, DCM; (iii) хроматография; (iv) TBAF, THF [286].

Венгель и сотр. разработали метод синтеза бициклических С-нуклеозидных производных ароматических углеводородов из известного соединения 1.187 (схема 1.8). В результате ряда стадий получен ацеталь 1.188, который гидролизуют в оксиальдегид 1.189 и обрабатывают реагентом Гриньяра. Образовавшийся диол 1.190 превращают в условиях