Изучение структуры и функции антисмысловых транскриптов генов AFAP1, ASCL1,MAP3K13 человека

• Автор: Марахонов, Андрей Владимирович
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 103 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
1. ВВЕДЕНИЕ
Актуальность проблемы
Цель и задачи исследования
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
2.1. Парадокс усложнения организмов без пропорционального увеличения числа генов
2.2. Некодирующие РНК
2.3. Антисмысловая регуляция генов человека
2.3.1. Размер и классификация ПАТов
2.3.2. Негативная регуляция с помощью ПАТов
2.3.3. Возможные механизмы негативной регуляции транскрипции с помощью ПАТов
2.3.4. Позитивная регуляция с помощью ПАТов
2.3.5. Недостаток знаний о механизмах генной регуляции с помощью ПАТов
2.4. Регуляция генов с помощью РНК интерференции
2.4.1. РНК-интерференция с помощью эНЕЛА
2.4.2. РНК-интерференция с помощью микроРНК
2.4.3. Сходство механизмов РНК-интерференции с помощью эШМА и микроРНК
2.4.4. Микро-РНК в геноме человека
2.4.5. Значение РНК-интерференции в норме и патологии
2.5. Прикладное использование РНК-интерференции
2.5.1. Ю4А1 для решения задач фундаментальной науки
2.5.2. ДцРНК как терапевтический агент

2.5.3 Трудности на пути разработки эффективных методов терапии с
помощью дцРНК
2.5.4. Существующие способы доставки дцРНК в клетки
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1. Материалы и оборудование
3.1.1. Программы для компьютерного анализа
3.1.2. Оборудование
3.1.3. Ферментные препараты
3.1.4. Реактивы и расходные материалы
3.1.5. Штаммы клеток, использованные в работе
3.2. Методы
3.2.1. Среды, условия хранения и культивированиябактерий
3.2.2. Выделение плазмидной ДНК из клеток E. coli
3.2.3. Электрофорез фрагментов ДНК в агарозном геле
3.2.4. Выделение фрагментов ДНК из агарозных гелей
3.2.5. Рестрикция фрагментов ДНК
3.2.6. Лигирование фрагментов ДНК
3.2.7. Трансформация клеток A. coli
3.2.8. ПЦР-анализ
3.2.9. ПЦР-анализ колоний
3.2.10. Выделение геномной ДНК из крови человека
3.2.11. Выделение тотальной РНК из тканей млекопитающих
3.2.12. ОТ-ПЦР
3.2.13. ПЦР в реальном времени
3.2.14. 5'-RACE ПЦР
4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Исследование антисмысловой регуляции экспрессии гена MAP3K13 человека
4.2. Анализ антисмыслового кластера к гену ASCL

4.3.........Исследование антисмысловой регуляции экспрессии гена АРАР1 человека
4.3.1. Анализ локуса АРАР1 и сй-антисмыслового транскрипта
4.3.2. Установление экзон-интронной структуры г/мс-антисмыслового транскрипта АРАР
4.3.3. Установление границ антисмыслового транскрипта гена АРАР
4.4.4. Анализ транс-антисмысловых взаимодействий с геном АР АР РАБ
4.4.5. Сравнительно геномный анализ гена АРАР1АБ
4.4.6. Экспрессионный анализ локуса АРАР1 и сй-антисмыслового транскрипта
5. ВЫВОДЫ
6. СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
БЛАГОДАРНОСТИ

(PIV) в эпителии органов дыхания [Barik, S., 2009; Bitko, V., et al., 2005]; репликации вируса простого герпеса типа 2 в эпителии вагины [Palliser, D., et al., 2006]; экспрессии З'-фосфодиэстеразы 2',3'-циклических нуклеотидов в олигодендроцитах [Querbes, W., et al., 2009]; экспрессии гентингтина в нейронах [DiFiglia, М., et al., 2007]; экспрессии фактора роста эндотелия« VEGF-A и его рецептора в тканях глаза [Kleinman, М. Е., et al., 2008; Shen, J., et al., 2006].
Внутривенные инъекции «неупакованной» дцРЬЖ не приводят к заметным результатам из-за значительной степени деградации терапевтических молекул РНКазами крови и также быстрого выведения дцРНК с мочой. В настоящее время разрабатываются три основных варианта системной доставки дцРНК. Первая из них заключается в конъюгации смысловой цепи дцРНК с холестеролом [Soutschek, J., et al., 2004]. Использование этой технологии приводит к снижению скорости выведения дцРНК из организма и увеличению периода ее полужизни в 16 раз. Оказалось, что холестерол-коныогированная дцРНК включается в циркулирующие частицы липопротеина [Wolfrum, С., et al., 2007], что, в свою очередь, облегчает доставку дцРНК в клетки печени, поглощающие «нагруженные» частицы липопротеина путем рецептор-опосредованного эндоцитоза [Soutschek, J., et al., 2004]. Интересно, что внутривенное вливание холестерол-конъюгированной дцРНК к гену АроВ приводило снижению экспрессии этого гена как в клетках печени, так и в эпителии тонкого кишечника [Soutschek, J., et al., 2004]. Другим примером использования конъюгатов как явлется доставка дцРНК с помощью аптамеров. Этот метод был использован для подавления роста опухоли из клеток простаты in vivo — в этом случае в качестве конъюгирующего агента был использован простата-специфичный мембранный антиген (PSMA) [Dassie, J. P., et al., 2009].
Второй вариант доставки дцРНК заключается в создании липосомоподобных наночастиц, например, состоящих из нескольких не-коваленгно ассоциированных компонентов (например, легко ионизируемого