Горизонтальный перенос генов между Agrobacterium spp. и высшими растениями

• Автор: Матвеева, Татьяна Валерьевна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 255 с. : 16 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1. Обзор литературы
1.1 Горизонтальный перенос генов
1.1.1. Общая характеристика
1.1.2. Горизонтальный перенос генов с участием эукариот
1.1.3. Перенос генов от агробактерий в геномы растений
1.2. Особенности взаимодействия агробактерий с растениями в
ходе инфекционного процесса
1.2.1 Общая характеристика агробактерий
1.2.2 Общая характеристика процесса передачи генетической информации от агробактерий к растениям в ходе инфекционного
процесса
1.2.3. Структура и функции Т-ДНК
1.3. Т-ДНК в геномах растений
1.3.1. Общая характеристика Т-ДНК в геномах растений рода 59 Місойапа
1.3.2. Роль горизонтального переноса генов в эволюции рода
ШсоНапа
1.4. Методы обнаружения последовательностей гомологичных
онкогенам агробактерий в растительных геномах
1.5. Молекулярные маркеры для видоидентификации
1.5.1. ДНК-штрихкод

1.5.2. Критерии оценки молекулярного маркера
1.5.3.Хлоропластные маркеры
1.5.4. Ядерные последовательности ITS
1.5.5.ДНК-фингерпринтин г
1.6. Заключение к обзору литературы
Глава 2. Материал и методы
2.1. Растительный материал
2.1.2. Бактериальные штаммы и векторы
2.2 Методы
2.2.1 Методы культуры клеток и тканей in vitro
2.2.2. Молекулярно-биологические методы
Г лава 3. Результаты и обсуждение
3.1 Разработка методических подходов для выявления в геномах 118 растений Т-ДНК-подобных последовательностей.
3.1.2. ПЦР с последующей гибридизацией по Саузерну продуктов
реакции с зондами к онкогенам агробактерий
3.1.3.ПЦР в реальном времени
3.1 АВыбор метода оценки пригодности ДНК различного
происхождения для проведения ПЦР
3.2 Скрининг видов двудольных растений на наличие онкогенов
Agrobacterium
3.3. Характеристика кл Т-ДНК L. vulgaris
3.3.1 Описание последовательностей, гомологичных rolB, rolC
ORF13, и ORF
3.3.2 Характеристика структуры клТ-ДНК Linaria vulgaris

3.3.3 Изучение экспрессии генов Т-ДНК Linaria vulgaris
3.3.4 Определение сайта интеграции клТ-ДНК в геномную ДНК
льнянки
3.3.5 Анализ других видов льнянок на наличие
последовательностей Т-ДНК
3.4. Оценка морфогенетических реакций in vitro в ходе
регенерации и трансформации у видов, контрастных по наличию клТ-ДНК
3.4.1. Сравнительная характеристика способностей к регенерации
видов Linaria и Nicotiana, содержащих и несодержащих вставку клТ-ДНК
3.4.2.Характеристика способности к агробактериальной
трансформации у представителей рода Nicotiana
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Выводы
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
Приложение
Приложение
Приложение
Приложение

Обе модели, предполагающие встройку ssT-ДНК в хромосому хозяина не могут объяснить существование различных вариантов двойных вставок. Поэтому на данный момент наиболее правдоподобной считается первая модель.
Что касается механизма образования двойных вставок Т-ДНК, то они различаются для разных типов повторов. Вставки «голова-голова» образуются путем простого лигирования. Объединение 2-х копий возможно при участии VirD2. Этот белок связывается с последовательностью RB Т-ДНК. В свою очередь, в ходе взаимодействия белков между собой 2 копии Т-ДНК ориентируются «голова к голове» и лигируются в хозяйскую хромосому (De Neve, 1997; Tzfira et al., 2004)
Рисунок 5. Модель репарации однонитевых разрывов при интеграции, зависимой от участков микрогомологии.