Связь транскрипции со сборкой и транспортом мРНП

• Автор: Орлова, Анастасия Владимировна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 118 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Формирование и экспорт мРНП
Компоненты мРНП
СВ С (Cap-binding complex)
Адаптерные белки
Белки, связывающие поли А последовательность
Ядерный рецептор Mex67p-Mtr2p
Факторы ремоделинга мРНП
1. ТНО комплекс
2. РНК-хеликаза Sub2p (UAP56)
3. TREX-2 (Sac3-Thpl-Susl-Cdc31) комплекс
Комплекс ядерной поры
Механизмы контроля качества мРНП
1. Ферменты, осуществляющие деградацию РНК в ядре
2. Ошибки в формирующихся мРНП
3. Деградация дефектных РНП
4. Задержка образующихся мРНП в сайтах транскрипции
5. Задержка экспорта мРНП
6. QC система у высших эукариот
Созревание 3' концов пре-мРНК
Последовательности пре-мРНК, необходимые для 3' созревания
Регуляторные элементы у млекопитающих
Регуляторные элементы у дрожжей
Белковый аппарат процессинга 3' концов

Фактор разрезания I (CFI)
Фактор разрезания II (CFII)
ПолиА полимераза - PAP(Paplp)
Белок, связывающий полиА последовательность - РАВР(РаЬ 1р)
Симплекип (Ptalp)
CTD РНК-полимеразы II
Факторы процессинга 3’ конца пре-мРНК у дрожжей
Регуляция созревания 3' концов пре-мРНК
1. Конкуренция за связывание PAS
2. Ингибирование РАР
3. Конкуренция с процессами элонгации и сплайсинга
4. Привлечение факторов созревания 3' конца
5. Перенаправление аппарата 3' процессинга на альтернативные PAS
6. Перераспределение факторов созревания 3' конца между компартментами клетки

7. Перераспределение факторов созревания 3' концов между ядерными белковыми
комплексами
8. Посттрансляционные модификации факторов процессинга 3' концов
ОБЪЕКТ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
1.Материалы
1.1 Реактивы
1.2 Программное обеспечение, базы данных
1.3 Линии мух
1.4 Клеточные линии
1.5 Штаммы и вектора E.coli, использованные в работе
1.6 Праймеры
1.7 Конструкции
1.8 Антитела

2.Методы
2.1 Работа с ДНК
2.2 Работа с РНК
2.3 Работа с белками
2.4 Иммуноокрашивание
2.5 Иммунопреципитация
2.6 Работа с 82 клетками
РЕЗУЛЬТАТЫ
Получение поликлональных антител к компонентам ТНО
ЕИУ2 и ТНО формируют дискретный комплекс
Е1МУ2 и ТНО привлекаются на транскрибируемую область гена Ьэр70 при активации
транскрипции
Е1ЧУ2 необходим для привлечения ТНО на ген йзр
ЕМУ2 и ТНО котранскрипционно взаимодействуют с образующейся мРНК
Нокдаун ЕМУ2 и ТНО влияет на 3’ процессинг пре-мРНК ЬБр
ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
ВЫВОДЫ
ЛИЧНЫЙ ВКЛАД АВТОРА
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Вышележащий вспомогательный элемент
Вышележащий вспомогательный элемент располагается перед PAS, не имеет консенсуса, обычно содержит U-богатые элементы (UUUU), последовательности UGUA, UAUA [126]. Присутствие этой последовательности в составе пре-мРНК повышает эффективность разрезания и полиаденилирования. Также вышележащий вспомогательный элемент участвует в посадке факторов полиаденилирования в районе сайта разрезания [127].
Нижележащий вспомогательный элемент
Встречаются реже, чем вышележащие. Эти вспомогательные элементы не имеют консенсусной последовательности, обычно являются G-богатыми, могут располагаться на разном расстоянии за DSE. В составе одной пре-мРНК может быть несколько нижележащих вспомогательных элементов [128].
Регуляторные элементы у дрожжей
Сайт, по которому происходит полиаденилнрование у дрожжей, определяется четырьмя регуляторными элементами: AU-богатым эффективным элементом, А-богатым позизионирующнм элементом и U-богатыми последовательностями, фланкирующими сайт разрезания. Схема аппарата созревания 3' кондов у дрожжей представлена на рис.З. Эффективный элемент - ЕЕ (efficiency element)
AU-богатый эффективный элемент расположен выше сайта разрезания. Более чем у половины транскриптов ЕЕ имеет консенсусную последовательность UAUAUA [129]. Присутствие ЕЕ повышает эффективность разрезания транскриптов.