Подвижность разорванных концов протоонкогенов в условиях ингибирования ДНК топоизомеразы II

• Автор: Глухов, Сергей Игоревич
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 90 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
Глава I ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Вторичные лейкемии
1.1.1 Применение ядов ДНК-топоизомеразы II в химиотерапии первичного
рака приводит к развитию вторичной лейкемии
1.1.2 Хромосомные перестройки, вызванные
ядами ДНК-топоизомеразы II
1.1.3 Молекулярный механизм развития вторичных лейкемий,
возникающих после применения топоизомеразных ядов
1.2 ДНК-топоизомераза II
1.2.1 Функция в клетке
1.2.2 Структура ДНК-топоизомеразы II человека
1.2.3 Каталитический цикл ДНК-топоизомеразы II
1.2.4 Цитотоксический эффект ДНК-топоизомеразы II
1.2.5 Яды и ингибиторы ДНК-топоизомеразы II
1.2.6 Яды ДНК-топоизомеразы II
1.2.7 Ингибиторы ДНК-топоизомеразы II
1.2.8 Генотоксический эффект применения
ядов ДНК-топоизомеразы II
1.3 Репарация двунитевых разрывов в условиях
ингибирования ДНК-топоизомеразы II
1.3.1 Удаление фермента с концов разрыва
1.3.2 Гомологичная рекомбинация

1.3.3. Негомологичная рекомбинация
1.3.4 Неканонические механизмы негомологичной рекомбинации
1.4 Компартментализация ядра
1.4.1 Хромосомные территории
1.42 Ядерный белковый матрикс
1.4.3 Гстерохроматиновые и эухроматиновые области
1.4.4 Транскрипционные фабрики, спеклы
1.4.5 Ядрышки
1.5 Мобильность хроматина в норме и в условиях образования
двупитевых разрывов
Глава II ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ
2 Цель работы и экспериментальные задачи
Глава III МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1 Культура клеток
3.2 Гибридизационные зонды
3.3 Антитела
3.4 Реактивы общего назначения
3.5 Буферные растворы
3.6 Реактивы для культивирования клеток
3.7 Реактивы для приготовления препаратов
3.8 Программное обеспечение
3.9 Культивирование клеток
3.10 Ингибирование ДНК-топоизомеразы II
3.11 Приготовление трехмерных препаратов клеток Ыгка!
3.12 Гибридизация с ДНК зондами
3.13 Постгибридизационные отмывки
3.14 Иммуноокрашивание
3.15 Окрашивание тотальной ДНК неспецифичным красителем
3.16 Монтирование препаратов
3.17 Конфокальная микроскопия препаратов
3.18 Компьютерная обработка изображений
3.19 Компьютерный анализ изображений
3.20 Оценка уровня двунитевых разрывов
3.21 Подсчет уровня колокализации генов и ядрышек,
генов и хромосомных территорий
3.22 Построение радиальных распределений
3.23 Статистическая обработка результатов
Глава IV РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
4.1 Индукция двунитевых разрывов ДНК этопозидом
4.2 Анализ радиальных распределений гена MLL
4.3 Анализ частоты колокализации генов
MLL, AF9, АМЫ, ЕТО между собой
4.4 Анализ частоты колокализации генов
MLL, AF9, АМЫ, ЕТО и ядрышек
4.5 Анализ взаимного расположения гена MLL
и территории хромосомы
V ВЫВОДЫ
VI БЛАГОДАРНОСТИ
VII СПИСОК ЦИТИРОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

Рисунок б Схема работы механизма негомологичного соединения концов. Г

Ключевые компоненты механизма NHEJ - это ДНК-связывающие белки Ku70/Ku80, протсинкиназа DNA-PKcs, ДНК-лигаза 4 (LIG IV). ДНК полимеразы р и X, а также набор вспомогательных белковых компонентов. На первом этапе образование двунитевого разрыва приводит к фосфорилированию гистона Н2А X. Фосфорилирование гистона Н2А.Х привлекает по паре белков Ku70/Ku80 на каждый конец разрыва Связывание белка 53ВР1 в окрестности разрыва также является необходимым условием для дальнейшей репарации данного разрыва по механизму NHEJ. На следующем этапе димеры Ku70/Ku80 привлекают иротеинкиназу DNA-PKcs- С протеинкиназой тесно ассоциирована экзо/эндо нуклеаза Artemis. Концы разрыва процессируются. Комплекс Ku70/Ku80 привлекает также ДНК полимеразы р и X. ДНК полимеразы р и X относятся к семейству X ДНК полимераз, способных синтезировать ДНК на поврежденных матрицах. ДНК полимераза р способна синтезировать ДНК нематричным способом. Показано ДНК-