Филогенетическое разнообразие микроорганизмов в термофильных железовосстанавливающих сообществах

• Автор: Непомнящая, Яна Николаевна
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 138 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
1. ВВЕДЕНИЕ
1.1. Актуальность проблемы
1.2. Цели и задачи исследования
1.3. Научная новизна работы
1.4. Практическое значение
1.5. Апробация работы
1.6. Публикации
1.7. Структура и объем работы
1.8. Место проведения работы
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
2.1. Восстановление железа микроорганизмами
2.1.1. Типы микробной жслезоредукции
2.1.2. Физиологические стратегии железоредукции
2.1.3. Биохимические механизмы железоредукции
2.2. Термофильные железовосстанавливающие микроорганизмы
2.3. Филогенетическое разнообразие термофильных железоредукторов
2.4. Характеристика представителей филогенетического типа Planctomycetes
2.4.1. Филогенетическое разнообразие
2.4.2. Термофильные планктомицеты
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
3.1. Отбор проб
3.2. Состав среды и условия культивирования
3.3. Приготовление слабокристаллического оксида железа трехвалеитного (ферригидрита)
3.4. Приготовление гранул альгината
3.5. Получение накопительных культур
3.6. Выделение чистой культуры
3.7. Микроскопические методы исследования

3.8. Методы контроля чистоты культур
3.9. Определение параметров роста микроорганизмов
3.10. Изучение фнзиолого-биохимических свойств
3.11. Аналитические методы
3.12. Молекулярно-биологические методы
3.13. Филогенетический анализ
3.14. Флюоресцентная in situ гибридизация (FISH)
4. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Получение и микробиологический анализ накопительных культур термофильных железовосстанавливающих микроорганизмов
4.1.1. Получение железовосстанавливающих накопительных культур
4.1.2. Микробиологический анализ накопительных культур, полученных из наземных гидротерм Камчатки
4.2. Филогенетический анализ накопительных культур термофильных железовосстанавлнваннцих микрорганизмов
4.2.1. Общая характеристика филогенетического состава накопительных культур
4.2.2. Различия филогенетического состава при наличии и отсутствии контакта клеток с минералом
4.2.3. Различия филогенетического состава в зависимости от донора электронов
4.2.4. Различия филогенетического состава в зависимости от температуры культивирования
4.3. Новые анаэробные термофильные бактерии, полученные из термофильных железовосстанавливающнх микробных сообществ
4.3.1. Общая характеристика штамма новой термофильной ацетогенной бактерии
4.3.1.1. Выделение
4.3.1.2. Морфология клеток
4.3.1.3. Параметры роста изолята
4.3.1.4. Использование субстратов в качестве доноров электронов

4.3.1.5. Использование акцепторов электронов
4.3.1.6. Восстановление ферригидрита штаммом 64FGQ1 с использованием экзогенных медиаторов железоредукции
4.3.1.7. Продукты метаболизма
4.3.1.8. Нуклеотидный состав ДНК
4.3.1.9. Филогенетический анализ
4.3.2. Общая характеристика новых представителей филогенетического типа Planctomycetes
4.3.2.1. Флуоресцентная in situ гибридизация
4.3.2.2. Морфология клеток
4.3.2.3. Параметры роста
5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
6. ВЫВОДЫ
7. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
8. ПРИЛОЖЕНИЕ
9. БЛАГОДАРНОСТИ

‘Geothermobacteriu m ferrireducens ’ FW-la1 Thermodesulfoba cteria Горячий ручей, Йеллоустонский нац. парк, США 85 Н2 Нет + Kashefi etal. 2002b
Geoglobus ahangari 234T Euryarchaeota Глубоководная гидротерма, Гуаймас, глубина 2000 м 88 И.2, ацетат, пируват, малат, сукцинат, формиат, фумарат, пептон, дрожжевой экстракт, глицерин, изолейцин, аргинин, стеарат, пальмитат, валерат, бутират, пропионат Нет + Kashefi etal. 2002a
Ferroglobus placidus AEDII12D01 Euryarchaeota Мелководная морская гидротерма, Италия, Т=95°С 85 Ацетат, бензоат, фенол, бензальдегид, 4-гидроксибензоат, п-гидроксибензальдегид жу, S2(V' н.д Tor et al. 2001, Tor & Lovley 2
Thermococcus sp. SN531 Euryarchaeota Глубоководная гидротерма, Восточный Тихоокеанский хребет, глубина 2650 м 85 Пептон, дрожжевой экстракт s° н.д + Slobodk in et al. 2