АНАЛИЗ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ ОСОБЕННОСТЕЙ ШТАММОВ VIBRIO CHOLERAE О1 КЛАССИЧЕСКОГО И ЭЛЬ ТОР БИОВАРОВ

• Автор: Кульшань, Татьяна Алексеевна
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Саратов
• Количество страниц: 137 с. : 16 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК ПРИНЯТЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ И СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Особенности генетической организации Vibrio cholerae 15 классического и Эль Тор биоваров
1.1.1. Гетические особенности V. cholerae классического биовара
1.1.2. Генетические особенности V cholerae биовара Эль Тор
1.1.3. Вариабельность генома V. cholerae биовара Эль Тор
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Штаммы V. cholerae, используемые в работе
2.2. Питательные среды и реактивы
2.3. Методы
2.3.1. Культивирование штаммов
2.3.2. Определение гемолитической, протеазной активности и
подвижности
2.3.3. Определение продукции холерного токсина с помощью 39 иммуноферментного анализа СІМіЕЬІЗА
2.3.4. Выяснение резистентности природных штаммов к лекарственным 40 препаратам (триметоприму, стрептомицину, сульфаметоксазолу), кодируемых БТХ - генетическим элементом
2.3.5 Оценка способности штаммов к формированию биопленки
2.3.6. Изучение конкурентной способности штаммов
2.3.7. Определение устойчивости культур к осмотическому и 41 окислительному стрессам
2.3.8. Определение вирулентности и колонизирующей способности
штаммов V. с1'ю!егае
2.3.9. Электрофоретическое изучение белкового состава клеток
2.3.10. Протеомный анализ
2.3.11. Выделение ДНК, ДНК - ДНК гибридизация по Саузерну
2.3.12. ПЦР - анализ генома исследуемых штаммов с использованием

различных специфических олигонуклеотидных праймеров и секвенирование
ГЛАВА 3. СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ГЕНОМОВ ПРИРОДНЫХ 49 ШТАММОВ V. СНОЬЕЯАЕ КЛАССИЧЕСКОГО И ЭЛЬ ТОР БИОВАРОВ, ВЫДЕЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ РАЗЛИЧНЫХ РЕГИОНОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ И ЗАРУБЕЖНЫХ СТРАН
3.1. Молекулярно-генетические особенности штаммов V. сИоІегае 50 классического биовара
3.2. Молекулярно-генетический анализ клинических штаммов V. скоіегае 61 биовара Эль Тор
3.3. ПЦР - анализ штаммов V. скоіегае биовара Эль Тор, изолированных 71 из воды открытых водоемов
ГЛАВА 4. ИЗУЧЕНИЕ МЕХАНИЗМОВ АДАПТАЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ 81 ХОЛЕРЫ К ДЕЙСТВИЮ НЕБЛАГОПРИЯТНЫХ ФАКТОРОВ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ
4.1. Выявление генетической изменчивости типичных штаммов и 81 геновариантов возбудителя холеры Эль Тор при их попадании в водную среду
4.2. Изучение структуры профага СТХср у сіх А' мутантов
4.3. Сравнительный анализ фенотипических свойств исходных 88 вирулентных штаммов и их спонтанных нетоксигенных мутантов
4.3.1. Сравнительная оценка токсигенности и вирулентности исходных 88 штаммов V. сИоІегае и их сТх/ГВ'мутантов
4.3.2. Определение продукции гемолизина, растворимой 90 гемагглютинин/протеазы, белков внешней мембраны (ОтрИ и ОшрТ),
а также подвижности и способности формировать биопленку
4.3.3. Сравнительный протеомный анализ исходного токсигенного 95 штамма V. скоіегае биовара Эль Тор и его спонтанного нетоксигенного мутанта
4.4. Сопоставление жизнеспособности и устойчивости исходных 99 штаммов и их нетоксигенных мутантов к действию неблагоприятных

факторов окружающей среды
4.4.1. Определение устойчивости изогенных МхА'В' и сРсЯДГ штаммов к 99 различным стрессовым воздействиям
4.4.2. Определение конкурентной способности изогенных токсигенных и 101 нетоксигенных мутантов V. скокгае биовара Эль Тор
ГЛАВА 5. МОЛЕКУЛЯРНОЕ ТИПИРОВАНИЕ ТИПИЧНЫХ И 105 ГЕНЕТИЧЕСКИ ИЗМЕНЕННЫХ ПРИРОДНЫХ ШТАММОВ V СНОЬЕМЕ БИОВАРА ЭЛЬ ТОР МЕТОДОМ МЬУА
ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 2Л. Штаммы V. скокгае, используемые в работе
В работе было использовано 324 штамма V. скокгае 01 серогруппы классического и Эль Тор биоваров. Исследованные штаммы были получены из Государственной коллекции патогенных бактерий РосНИПЧИ «Микроб» (табл. 1).
Табл. 1 - Штаммы V. cholevae, использованные в работе
№ Штамм V. cholerac 01 Год выделения Место выделения Источник выделения

V. choleras 01 классического биовара
1 1488а 1937 Индия н.и.
2 М8 1942 Волгоград больной
3-6 М9, М22, М29, МЗО 1942 Астрахань больной
7-12 М14, М16, М18, М19, М24, М29 1942 Саратов больной
13-15 М34, М35.М41 1943 Башкирия больной
16 16002В 1944 Индия н.и.
17 325 1946 Индия н.и.
18-19 27Ког, 71Ког 1946 Корея н.и.
20 1Ког 1947 Корея н.и.
21 1001 1949 Китай н.и.
22 76 1952 Китай н.и.
23 66 1952 Корея носитель
24 110 1952 Корея труп
25 22МАК 1953 Индия н.и.
26 РЗ 1958 Индия н.и.
27-30 4Afg, 6Afg,15Afg, 34Afg 1960 Афганистан н.и.
31-33 74(1-2), 75(1-2), 76(1-2). 1960 Афганистан больной
34 Югава 1960 Индия н.и.
35 В-53-1 1962 Индия н.и.
36-39 1611В, 16126,16130, 16150 н.и. Китай н.и.
40 J89 н.и. Пакистан н.и.
V cholerac 01 биовара Эль Тор
41-42 1/67, 9/67 1967 Индия н.и.
43-58 М705, М885, М887, М888, М890, М892, М893, М899, М1055, М1061, М889, М1054, М905, М1056, Ml 062, Ml 056 1970 Астрахань больной
59-60 М943, М1051 1970 Астрахань носитель
61-62 Р3644, Р3646 1970 Астрахань проба воды
63-65 М736, М737, М738 1970 Пермь Faeces человека
66 М818 1970 Саратов