Методы выравнивания биологических последовательностей, не использующие штрафы за делеции

• Автор: Яковлев, Виктор Вадимович
• Шифр специальности: 03.01.09
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 98 с. : ил.

Оглавление
Введение
1. Общая характеристика работы
1.1. Актуальность темы
1.2. Цели и задачи исследования
1.3. Теоретическая и практическая значимость
2. Основные понятия
2.1. Выравнивания последовательностей
2.2. Многокритериальное выравнивание
2.3. Меры качества выравниваний
3. Структура работы
Глава 1. Обзор литературы
1.1. Выравнивание символьных последовательностей
1.1.1. Постановка задачи парного выравнивания символьных последовательностей
1.1.2. Использование динамического программирования при выравнивании последовательностей
1.1.3. Весовые матрицы замен
1.2. Базы данных эталонных выравниваний
1.2.1. Общие сведения
1.2.2. Обзор существующих баз данных
Глава 2. Эталонные выравнивания
2.1. База данных РБЕРАВ-Р
2.1.1. Общие сведения
2.1.2. Методика подготовки базы РКЕБАВ-Р

Оглавление
2.1.3. Структура базы данных PREFAB-P
2.2. Модельные эталонные выравнивания
2.2.1. Общие сведения
2.2.2. Предварительные эксперименты
2.2.3. Общая схема построения набора модельных данных
2.2.4. Внесение мутаций-«замен» в символьные последовательности
Глава 3. Алгоритм и реализация
3.1. Исследование алгоритма Смита-Ватермана
3.1.1. Общие сведения
3.1.2. Методика проведения экспериментов
3.1.3. Результаты
3.2. Постановка новой задачи
3.2.1. Исключение параметра GEP
3.2.2. Формальная постановка задачи
3.3. Решение задачи построения набора выравниваний-кандидатов
3.3.1. Общие сведения
3.3.2. Алгоритм построения множества Парето-оптимальных
выравниваний
3.3.3. Алгоритм выделения основных выравниваний
3.3.4. Оценка вычислительной сложности алгоритмов
3.4. Реализация
3.4.1. Общие сведения
3.4.2. Пользовательский интерфейс комплекса PARCA
3.4.3. Программный интерфейс комплекса PARCA
3.4.4. Детали реализации
3.5. Вспомогательные алгоритмы
3.5.1. Определение штрафа GOP для соответствующих
выравниваний Смита-Ватермана
3.5.2. Выделение общей части основных выравниваний
Глава 4. Компьютерные эксперименты
4.1. Методика
4.1.1. Общие сведения
4.1.2. Построение выравниваний
4.1.3. Анализ полученных данных

— Оглавление
4.2. Анализ модельных данных
4.3. Анализ выравниваний из РШЗРАВ-Р
4.4. Обсуждение результатов
Заключение
Список таблиц
Литература

— Глава 2. Эталонные выравнивания
состоящий из 20 интервалов функции распределения, - это потребуется для определения конкретного символа замены.
Генерируется ряд Prepi из Nmut псевдослучайных вещественных чисел, соответствующий распределению Код. Затем для всех пар (г,р), где г - позиция заменяемого символа из ряда Ireph Р ~ величина из ряда Ргер1, производится следующая процедура.
1. Определяется СИМВОЛ последовательности Sbasei находящийся на г-й позиции.
2. Выбирается ряд величин Crow, соответствующий данному символу в матрице М.
3. Выбирается номер интервала из ряда Crow, в который попадает значение р текущей пары (г, р), -- он определяет порядковый номер нового символа с £ А.
4. В последовательности <5fase на г-й позиции устанавливается символ с.