Физическая и генная карта фрагмента генома Corynebactetium glutamicum ATCC 13032

• Автор: Боринская, Светлана Александровна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1999
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 153 с.

ОГЛАВЛЕНИЕ
Словарь использованных терминов
Введение
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1. Структура прокариотических геномов
1.1. Карты бактериальных геномов
1.2. Размеры и топология геномов
1.3. GC-состав геномов
1.4. Структуры, связанные с репликацией
1.5. Выявление ORF и определение функций белка
1.6. Интроны и интеины
1.7. Парал огичные и ортол огичные гены
1.8. Сравнение геномов
1.8.1. Кластеры ортологичных генов
1.8.2. Минимальный набор генов
1.9. Некоторые группы генов
1.9.1. Гены экологической спцефичности
1.9.2. Г ены вирулентности. Островки патогенности
1.9.3. Г ены рестриктаз
1.9.4. Мобильность
1.9.5. Транспорт
1.10. Повторяющиеся последовательности
1.11. Оперонная организация генов бактерий
1.12. Изменение структуры бактериальных геномов в процессе функционирования и в эволюции
2. Физическое картирование геномов бактерий
2.1. Получение макрорестрикционных карт бактериальных
геномов

2.2. Конструирование энциклопедий генов
2.2.1. Конструирование библиотек генов
2.2.2. Формирование энциклопедий
2.2.2.1. Построение физической карты генома на основе рестрикционного анализа клонов
2.2.2.2. Построение физической карты на основе гибридизационного анализа клонов
2.2.2.3. Картирование генов при помощи гибридизации с синтетическими олигонуклеотидами
2.3. Секвенирование целых геномов
3. Коринебактерии как объект молекулярно- генетических исследований
3.1. Размер генома коринебактерий
3.2. Плазмиды и фаги коринебактерий
3.3. Метилирование и рестрикция
3.4. Введение ДНК в клетки коринебактерий
3.5. Клонирование и секвенирование генов коринебактерий
3.6. Картирование генома СШатгсит АТСС13032
4. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
5. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
5.1. Конструирование и анализ представительности
космидной библиотеки С. %1Ыат1сит АТСС13032
5.1.1. Конструирование космидной библиотеки
5.1.2. Рестрикционный анализ рекомбинантных космид и определение представительности библиотеки
5.1.3. Гибридизационный анализ рекомбинантных космид
5.1.3.1 .Описание панели клонов и схема учета результатов
гибридизции

5.1.3.2. Контроль результатов гибридизации с помощью рестрикционного анализа космид
5.1.3.3. Выявление космид, соответствующих клонированным генам СШат1сит АТСС13032
5.2. Гибридизационное картирование фрагмента хромосомы СШатгсшп АТСС 13032 с помощью панели клонов
5.2.1. Схема построения контига
5.2.2. Выявление групп космид, соответствующих уникальным генам коринебактерии
5.2.2.1. Выбор олигонуклеотидных зондов
5.2.2.2. Гибридизация олигонуклеотидных зондов с панелью клонов
5.2.2.3. Сравнение результатов картирования генов на
панели клонов и макрорестрикционной карте
5.2.3. «Шагание» по хромосоме С.фйаттсит АТСС 13032
5.3. Построение космидного контига области генома СШаткит АТСС13032
5.4.Генная карта участка хромосомы С1Шагтсит АТСС13032
6. ВЫВОДЫ
Список литературы
Приложение 1. Размеры рестрикционных фрагментов
240 рекомбинантных космид
Приложение 2. Результаты гибридизации рибозондов с панелью космидных клонов
лядная форма представления данных (см. рис. 7) разработан на основе предложенного группой ученых из NCB1 объединения ортологичных генов в кластеры.
1.8.1. Кластеры ортологичных генов
Для данного гена в одном организме ген с наивысшей гомологией в другом организме называют ортологом. Но для отдаленно родственных организмов, в которых дупликации проис-ходили после дивергенции видов, наибольшее сходство с одним из генов искать бессмысленно. Поэтому один из предложенных подходов сравнения геномов - выявление групп ортологичных генов (английская аббревиатура - COG, cluster of ortologous genes) [Tatusov et al., 1997]. В этом исследовании был проведен компьютерный анализ 17.967 белков из 7 микроорганизмов. Кластер выделяли тогда, когда ортологи были найдены хотя бы у трех представителей пяти неродственных групп : эукариоты (S.cerevisiae), археи (M.jannaschii'), грам-положительные (M.genitalium и М.рпеитота) и грам-отрицательные (E.coli и
Н.influenzae) бактерии и цианобактерия (Synechocystis sp.). Каждый кластер состоит из генов ортологов или ортологичных групп паралогов. В результате было сформировано 720 кластеров ортологичных групп, включающих 6814 белков и доменов мульти-доменных белков - 37% от общего числа проанализированных генов (рис.7) [Tatusov et al., 1997]. Функциональная классификация кластеров в проведенном исследовании соответствует [Riley, 1993]. Предложенная система анализа кластеров ортологичных групп объединяет сравнительную геномику и классификацию белков (в группы объединяются потомки одного предкового гена). В кластеры входят группы генов, контролирующих выполнение консервативных функций клетки. По некоторым оценкам, число таких групп не превышает 1000, и даже при секвенировании новых геномов число COG увеличится не очень значительно [Tatusov et al., 1997]. Выявление кластеров создает основу для предсказания функций белков, описания геномов и эволюционных построений на основе сравнения ортологов.