Полиморфные и STS-маркеры хромосомы 3 человека и локализация делеций на коротком плече хромосомы 3 в опухолях легкого, молочной железы и шейки матки

• Автор: Пугачева, Елена Михайловна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1999
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 102 с. : ил.

Оглавление
Введение
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1.Гены - супрессоры рака
1.2. Подходы при локализации районов, содержащих гены-супрессоры рака
1.2.1. Цитогенетический анализ
1.2.2. Анализ аллельных потерь
1.2.3. Анализ нестабильности микросателлитиых последовательностей
1.3. Тонкая локализация и идентификация генов в клонированнных фрагментах ДНК
1.3.1. Notl-библиотеки для картирования генов человека, в том числе ассоциированных с развитием опухолей
1.3.2. CpG участки, их связь с Notl - клонами и генами
1.4. Делеционное картирование короткого плеча хромосомы 3 в опухолях легкого, молочной железы, шейки матки и других органов
1.4.1. Делении на коротком плече хромосомы 3 при раке легкого
1.4.2. Делении на коротком плече хромосомы 3 при раке молочной железы
1.4.3. Делении на коротком плече хромосомы 3 при раке женских репродуктивных органов
1.4.4. Делении на коротком плече хромосомы 3 в опухолях других органов
1.5. Гены-кандидаты на хромосоме Зр
1.5.1. Область 3р13-р14
1.5.2. Область Зр21
1.5.3. Область Зр25
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Реактивы и ферменты
2.2 Буферные растворы
2.3. Бактериальные штаммы и плазмиды
2.4. Not! - библиотека и контиг космид
2.5. Выделение ДНК
2.5.1. Выделение ДНК плазмид и космид
2.5.2. Выделение геномной ДНК из ткани человека с помощью протеиназы К и экстракции фенол-хлороформом (Grimberg, 1989)
2.6. Расщепление ДНК рестриктазами и реакции лигирования
2.7. Получение компетентных клеток Е.соИ JM109 и их трансформация плазмидной ДНК
2.8. Электрофоретическое разделение ДНК
2.9. Определение нуклеотидной последовательности
2.10. Мечение олигонуклеотидных зондов с применением полинуклеотидкиназы фага Т4 и гибридизация по Саузерну
2.11. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
2.12. Окрашивание фрагментов ДНК в ПААГ азотнокислым серебром (согласно Budowle et ai., 1991)
2.13. Популяционная выборка для анализа новых полиморфных локусов
2.14. Сбор материала
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Новые маркеры на хромосоме 3 человека
3.1.1. Частота встречаемости и особенности распределения микросагеллитов различных мотивов в составе Notl -библиотеки хромосомы 3 и контига космид из области 3р21.3!
3.1.2. Микросателлиты в Notl-связующих и прыжковых клонах как маркеры генов
3.1.3. Получение и анализ реклонов, содержащих микросателлиты
3.1.4. Характеристика локусов микросателлитов с помощью ПЦР
3.1.5. Применение новых маркеров хромосомы
3.2. Делеционное картирование хромосомы Зр в трех видах
эпителиального рака
3.2.1, Анализ аллельных потерь и нестабильности микросагеллитов; учет потерь Н и L-аллелей
3.2.2, Аллельные изменения на коротком плече хромосомы 3 в образцах рака легкого
3.2.3. Аллельные изменения на коротком плече хромосомы 3 в образцах рака молочной железы
3.2.4, Аллельные изменения на коротком плече хромосомы 3 в образцах рака шейки матки
3.2.5. Сравнение аллельных изменений на хромосоме Зр в разных формах эпителиального рака
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
экспрессируют аберрантную форму транскрипта этого гена (Zou et al, 1997; Kovatich et al., 1998). Обнаружено, что в 22 из 24 (т.е. в 92%) клеточных линий плоскоклеточного рака головы и шеи присутствуют либо делении, либо мутации хотя бы одного аллеля гена FHIT (Virgilio et al., 1996). На основании этих данных ген FHIT был предложен в качестве гена-кандидата в гены-супрессоры опухолей.
В качестве гена-кандидата для той же области (Зр 14.2) был предложен ген PTPR.G (receptor protein-tyrosine phosphatases gene), кодирующий рецептор, протеин-тирозин фосфотазы (Kaplan et al., 1990; LaForgia et al., 1991). Потеря гетерозиготности для этого гена, определенная с помощью полиморфизма рестриктных фрагментов, составила при раке легкого 50% и при раке почки 75% (LaForgia et al., 1991).
1.5.2. Область Зр21.
В области Зр21 обнаруживается наиболее высокая частота аллельных потерь в некоторых формах рака. В настоящее время на ней локализовано около 50 генов, в том числе гены, называемые генами цинковых - пальцев (Hoovers et al., 1992, Calabro et al 1995). Общий список всех генов из этого района содержится в Genome Date Base (GDB). Некоторые из них были проанализированы в свете возможного участия в развитии рака.
Ген АРЕН кодирует человеческую ацил-пептид гидролазу. В светлоклеточных карциномах почки уровень экспрессии гена на 20% меньше, чем в норме (Erlandsson et al., 1990), а в клеточных линиях мелкоклеточного рака легкого геи экспрессируется на том же уровне, что и в норме (Naylor et al., 1989, Carritt et al., 1992). Продукт гена АРЕН катализирует гидролиз Ас-пептидов до конечных ацелированных аминокислот. Для поддержания гидролиза требуется продукт гена ACY1, локализованного на Зр21.1 (Miller et al., 1990). Этот ген экспрессируется одинаково в различных человеческих тканях и опухолях. Приблизительно для половины клеточных линий SCLC продемонстрировано отсутствие его ферментативной активности (Miller et al., 1989). Предполагается, что различные аномалии в продуктах генов АРЕН и ACY1 ведут к накоплению активных факторов роста, которые в свою очередь содействуют росту опухоли (Jones et ah, 1991).