Молекулярно-генетическое изучение разнообразия и микроэволюции Yersinia pestis

• Автор: Платонов, Михаил Евгеньевич
• Шифр специальности: 03.02.03, 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Оболенск
• Количество страниц: 196 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

ПЕРЕЧЕНЬ СОКРАЩЕНИЙ, УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ, СИМВОЛОВ,

ЕДШ1ИЦ И ТЕРМИНОВ.

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. ВОЗБУДИТЕЛЬ ЧУМЫ, . I, УДОБНАЯ МОДЕЛЬ ДЛЯ МОЛЕКУЛЯРНОЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ

1.2. СОВРЕМЕННОЕ СОСТОЯНИЕ ПРОБЛЕМЫ ТАКСОНОМИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЧУМЫ

1.3. ИСПОЛЬЗОВАНЕ МОЛЕКУЛЯРНОГЕНЕТИЧЕСКИХ

ПОДХОДОВ ДЛЯ ТИПИРОВАНИЯ I.

1.3.1. КЛАССИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ

1.3.2. МУЛЬТИЛОКУСНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ .

1.3.3. ПОЛИМОРФИЗМ ЕДИНИЧНЫХ НУКЛЕОТИДОВ ТИПИРОВАНИЕ
1.3.4. IАНАЛИЗ
1.3.5. VVТИПИРОВАНИЕ
1.3.6. АНАЛИЗ.
1.3.7. ТИПИРОВАИИЕ С ПОМОЩЬЮ МИКРОЭРРЕЕВ
1.3.8. ТИПИРОВАНИЕ С ПОМОЩЬЮ ПОЛНОГЕНОМНОГО
СЕКВЕНИРОВАНИЯ
1.4. АНАЛИТИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ФИЛОГЕНЕТИКИ И
ФИЛОГЕОГРАФИИ.
1.5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ ПО ОБЗОРУ ЛИТЕРАТУРЫ
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. НОМЕНКЛАТУРА ПРИРОДНЫХ ОЧАГОВ ЧУМЫ СТРАН СНГ,
МНР И КНР.
2.2. ШТАММЫ МИКРООРГАНИЗМОВ.
2.3. ГЕНОТИПИРОВАНИЕ ОПУБЛИКОВАННЫХ ГЕНОМОВ I
II
2.4. СРЕДЫ И УСЛОВИЯ КУЛЬТИВИРОВАНИЯ
2.5. ВЫДЕЛЕНИЕ ГЕНОМНОЙ ДНК.
2.6. АНАЛИЗ.
2.6.1. ПЦРАМПЛИФИКАЦИЯ ЛОКУСОВ.
2.6.2. ЭЛЕКТРОФОРЕЗ .
2.6.3. УЧЕТ РЕЗУЛЬТАТОВ ЭЛЕКТРОФОРЕЗА .
2.6.4 ОПРЕДЕЛЕНИЕ ГЕНОТИПОВ ШТАММОВ I
2.7 МУЛЬТИЛОКУСНЫЙ V АНАЛИЗ V.
2.7.1. ПОЛИМЕРАЗНАЯ ЦЕПНАЯ РЕАКЦИЯ
2.7.2. ЭЛЕКТРОФОРЕЗ V
2.7.3 ОПРЕДЕЛЕНИЕ РАЗМЕРОВ ЦР ФРАГМЕНТОВ
2.7.4 АНАЛИЗ ПОЛУЧЕННЫХ ДАННЫХ
2.8. АНАЛИЗ И СРАВНЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ПОЛУЧЕННЫХ ПРИ
ИС1ЮЛЬЗОВАНИИ РАЗЛИЧНЫХ МЕТОДОВ ГЕ1ЮТИПИРОВАНИЯ
2.9. ОПРЕДЕЛЕНИЕ ДИСКРИМИНИРУЮЩЕЙ СПОСОБНОСТИ РАЗЛИЧНЫХ МЕТОДОВ ГЕНОТИПИРОВАПИЯ
2 ЭЛЕКТРО 1НЫЙ КАТАЛОГ.
Глава 3. ТИПИРОВАНИЕ ШТАММОВ I
Глава 4. VТИПИРОВАНИЕ ШТАММОВ У. I
4.1. РОДСТВО МЕЖДУ ШТАММАМИ У i, ВЫДЕЛЕННЫМИ В
СРЕДНЕЙ АЗИИ И КИТАЕ
4.2. ВЕРОЯТНЫЕ МЕХАНИЗМЫ РАСПРОСТРАНЕНИЯ У. I И
ФОРМИРОВАНИЯ ПРИРОДНЫХ ОЧАГОВ ЧУМЫ.
4.3. Vi ШТАММОВ . I.
Глава 5. ДОПОЛНЕНИЕ ВНУТРИВИДОВОЙ ТАКСОНОМИИ . I И
ПРИВИДЕНИЕ ЕЕ В СООТВЕТСТВИЕ С ПРАВИЛАМИ
МЕЖДУНАРОДНОГО КОДЕКСА НОМЕНКЛАТУРЫ БАКТЕРИЙ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ


В ходе выполнения данной работы обнаружено новых ЭРЛгенотипов 2 новых МЬУАгенотипов штаммов чумного микроба. Установлено, что на территории одного природного очага чумы может циркулировать несколько ОРЯ, МТУА и ЭРЛМЬУАгенотипов, входящих в единый генетический кластер. В то же время одинаковые ОРЛтипы могут входить в состав разных МЬУА и 1РЛМЬУАкластеров, что свидетельствует о возможности гомоплазии по данному признаку. Циркуляция же филогенетически близких МЬУАи ОРЛМЬУАгенотипов на территориях смежных природных очагов свидетельствует о целесообразности их объединения. И в БозчельскоДжейранчельский равниннопредгорный 8, а к Горноалтайскому очагу присоединены соответствующие территории Монголии. и Vирофили соответствуют таковым при типировании, а сочетанный анализ результатов двух методов повышает их разрешающую способность и позволяет получать филограммы, свидетельствующие о следующем порядке дивергенции в ходе микроэволюции возбудителя чумы i Т i v. Т i . Т . i v. . . i v. . i . Предложено зри новых подвида i , iii и xiii. Предложен новый биовар ii. Предложен вариант приведения номенклатуры чумного микроба в соответствии с правилами Международного кодекса номенклатуры бактерий. Депонировано в 8 последовательностей Vлокусов международный уровень внедрения. В ГНЦ ПМБ депонирована коллекция, состоящая из штаммов типовых для многолокусного V анализа i федеральный уровень внедрения. Горного Алтая в России. Второй кластер представлен штаммами подобными штаммам подвида xiii, циркулирующим в очаге на территории Китая. Необходима проверка штаммов подвида i в коллекциях учреждений, проводящих работы с возбудителем чумы, на предмет определения их действительного таксономического положения. Создан постоянно пополняемый электронный каталог геномных портретов 0V и генотипов, включающий на момент написания диссертации информацию о более чем 0 штаммах . Результаты исследования изолятов К i методами V и типирования рекомендованы нами в качестве одного из дополнительных критериев внутривидовой классификации возбудителя чумы. Материалы диссертации используются в лекциях для магистрантов Пущинского государственного университета и аспирантов ГНЦ ПМБ, а также при обучении современным методам генотипирования специалистов противочумных учреждений. Результаты проведенных исследований послужили основой или были учтены при составлении методических рекомендаций Тенотипирование штаммов ii i методом мультилокусного Vанализа. Оболенск, учрежденческий уровень внедрения. , , расположенным на территории стран СНГ. Сочетание универсальной вирулентности со способностью ферментировать рамнозу, а также Vпрофиль, занимающий промежуточное положение между таковыми у представителей азиатской ветви v. В Китая в новый внутривидовой таксон биовар ii. Сочетанное использование ОРКМЬУАтипирования позволяет предложить следующий порядок дивергенции в ходе микроэволюции возбудителя чумы i Т i v. . i . i . i v. . . . i v. . i . . i . Несоответствие правилам Международного кодекса номенклатуры бактерий вну тривидовой таксономии чумного микроба требует переименования биовара i в подвид i, а входящих в него в настоящее время филогенетических групп, а именно подвидов i, , i, ii, iii, i, i и xiii в биовары i, , i, ii, iii, i, i и xiii. Работа выполнена в лаборатории микробиологии чумы отдела особо опасных инфекций I4 ГНЦ ПМБ по планам НИР в рамках проекта МНТЦ научный руководитель к. С.В. Денговская проекта РФФИ 5а научный руководитель д. А.П. Анисимов и Госконтрактов 9Д от г. Д от г. Роспотребнадзором научный руководитель д. А.П. Анисимов.