База знаний по цитохромам Р450: разработка и применение

• Автор: Лисица, Андрей Валерьевич
• Шифр специальности: 03.00.28
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2007
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 274 с. : ил.

Выявленные участки сопоставлены с известными экспериментальными данными об антигенных свойствах вируса. В базу данных помещены антигенные и функциональные карты структурных и неструктурных белков вируса гепатита С и разработаны вычислительные средства для конструирования пептидных вакцин. Многообразие молекулярнобиологических информационных ресурсов вызывает затруднения при попытке получить интегрированное представление об объекте исследования i . Для решения этой проблемы предложено использовать так называемые медиаторные системы. Медиаторные системы способны отслеживать, выявлять и хранить взаимосвязи между записями, размещенными в различных базах данных. Таким образом, медиаторные системы следует рассматривать в качестве объединяющих надстроек над совокупностью информационных ресурсов. Далее будут рассмотрены основные элементы трех наиболее широко известных медиаторных систем комплексы ресурсов I, I и I. Комплекс ресурсов Национального центра биотехнологической информации США. I поддерживает комплекс ресурсов, содержащих различную биологическую информацию и доступных через Интернет . Ресурсы I включают в себя информационные системы и вычислительные средства обработки данных. Например, в комплекс I встроены модификации программы , предназначенные для выявления гомологичных генов и белков , , I. I был создан в году в Национальном институте здоровья США I для разработки информационных ресурсов в области молекулярной биологии. Программные средства, разработанные и поддерживаемые I, можно условно разделить на шесть групп в скобках приведены наиболее важные ресурсы внутри каждой группы средства поиска информации , , x, средства выравнивания и анализа белковых последовательностей , базы данных генетических последовательностей , i, , , , , , средства для анализа результатов геномных исследований , , , средства для хранения и обработки данных об уровне экспрессии генов , , , , I, I, базы данных молекулярных моделей и белковых взаимодействий IV1. Ниже приводится краткое описание информационных ресурсов I из обзора . Система . I, путем предоставления средств контекстного поиска. Поиск запускается автоматически с главной Интернетстраницы Национального центра биотехнологической информации I, и в результате поиска возвращаются оценки релевантности записей для каждой из более чем баз данных. ДНК или белков и таксономические данные также поддерживает перекрестные ссылки между базами данных. В самой простой форме это могут бьгть ссылки, связывающие белковую последовательность и соответствующую публикацию, последовательность ДНК с продуцируемым белком и его пространственной структурой. Услуга I, добавленная недавно в , позволяет сохранять и загружать данные, сохраняя персональные настройки конфигурации, например, сохраняя поисковые фильтры и предпочтительные источники информации. Также I сохраняет результаты поиска, которые могут быть высланы на электронный адрес пользователя. I поддерживает также архив , содержащий около 0 тыс. Более 0 журналов, включая i i , предоставляют полные тексты статей для размещения в этом ресурсе. Участие в системе РМС требует обеспечения доступа к полному тексту статьи в течение месяцев с момента опубликования. Повидимому, возникновение ресурса РМС является ответом на современные представления научного общества о максимальной доступности информации о выполняемых исследованиях. Согласно издательской политике ВМС i , автор оплачивает стоимость публикации, размещаемой в электронном виде в открытом доступе. Программы типа i i . ДНК и белков. Достоверность выявленной гомологии между первичными структурами оценивается статистическим параметром v. Этот параметр характеризует в предельных условиях вероятность того, что установленная гомология т. Более детально особенности алгоритма будут рассмотрены ниже см. Классификация белков с применением алгоритмов выравнивания. База данных i . Каждая запись снабжена дополнительной информацией о структурных и функциональных особенностях гена и содержит ссылки на связанные ресурсы I Vi, vi Vi средства просмотра данных, , i вычислительные алгоритмы, I базы данных и др.