Высокоповторяющаяся последовательность FCP из генома зяблика : Структура, локализация и особенности функционирования в половых и соматических клетках

• Автор: Сайфитдинова, Алсу Фаритовна
• Шифр специальности: 03.00.25
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2001
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 109 с. : ил

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

Глава I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Высокоповторяющиеся ДК в геноме эукариот

1.1.1. Типы повторяющихся последовательностей

1.1.2. Сателлитные ДНК в геноме эукариот

1.1.3. Организация центромерного гстсрохроматина

1.2. Организация генома птиц

1.2.1. Особенности кариотипа птиц

1.2.2. Особенности структуры и поведения хромосом

в оогенезе птиц

1.2.3. Хромосомы птиц в фазе ламповых щеток
1.2.4. Белковые тела на ламповых щетках птиц и
формирование кариосферы
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материал исследования
2.2. Методы исследования
2.2.1. Выделение геномной ДНК
2.2.2. Гибридизация на мембранах
2.2.3. Ссквенирование
2.2.4. Компьютерный анализ первичной
последовательности
2.2.5. Получение препаратов метафазных хромосом
2.2.6. Приготовление препаратов хромосом типа
ламповых щеток
2.2.7. Окрашивание митотических хромосом
нуклеотидспецифичными флуорохромами
2.2.8. Иммуноцитохимия
2.2.9. Мечение ДНК на препаратах митотических
хромосом
2.2.9.1. Пиктрансляция i i
2.2.9.2. Олигомечение i i со случайными
праймерами
2.2 Флуоресцентная гибридизация i i I
2.2 Олигомечение i i со специфичными
праймерами I 4
2.2 Микродиссекция фрагментов хромосом
2.2 ПЦРанализ изолированных фрагментов
хромосом
2.2 Флуоресцентная микроскопия
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. Исследование структуры последовательности
из генома зяблика
3.1.1. Анализ геномной организации методом
гибридизации по Саузерну
3.1.2. Оценка содержания в геноме
3.1.3. Структура первичной последовательности
3.2. Локализация на хромосомах зяблика
3.2.1. Особенности кариотипа зяблика
3.2.1.1. Межхромосомные соединения
3.2.1.2. Локализация повторяющейся
последовательности на митотических хромосомах
3.2.2. Исследование на ламповых щетках зяблика
3.2.2.1. Особенности хромосом типа ламповых щеток
зяблика
3.2.2.2. Локализация на хромосомах типа ламповых
3.3. Исследование транскрипции БСР на ламповых
тетках зяблика
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Молекулярногенетические характеристики БСР
4.2. Функциональные характеристики РСР
4.2.1. Транскрипция РСР в оогенезе на стадии
ламповых щеток
4.2.2. Участие РСР в пространственной организации
хромосом
4.2.2.1. Пространственная организация хромосом в
соматических клетках
4.2.2.2. Пространственная организация хромосом в
растущих ооцитах
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


В настоящее время, исследования структуры и функции высокогювторяющихся последовательностей тесно переплетаются с морфологическими исследованиями поведения и пространственной организации хромосом во время клеточного цикла , Донев, Джонджуров, , т. Тогда как сателлитные ДНК, локализованные в центромерном гетерохроматине, достаточно хорошо изучены у представителей млекопитающих например, у человека, мыши, коровы, информация о центромерных повторах из геномов птиц ограничена всего несколькими статьями i . . vi . Для детального исследования была выбрана сателлитная последовательность ii элемент, выделенная из генома зяблика. Исследование геномной организации методами дотблот гибридизации, гибридизации по Саузерну и прямого геномного ссквсиирования. Определение первичной последовательности и ее анализ с использованием соответствующих компьютерных программ и ресурсов ИНТЕРНЕТа. Локализация па метафазных хромосомах зяблика методами I и I. Локализация на хромосомах типа ламповых щеток из растущих ооцитов зяблика методами I и . Исследование колокализации и белковых тел на ламповых щетках с использованием методов микродиссекдии и ПЦР со специфичными для праймерами. Исследование транскрипции на ламповых щетках зяблика с использованием I по протоколу ДНКРНК гибридизации и иммуноцитохимического окрашивания РНКполимеразы II. В результате проведенного исследования описано новое семейство высокоповторяющихся центромерных последовательностей у птиц. Изучен первый тандемный повтор, клонированный из генома ii . i. применен метод прямого геномного секвенирования, разработанный для исследования полных бактериальных геномов v . Методами молекулярной цитогенетики и иммуноцитохимии показано присутствие ДНК в межхромосомных нитях, наблюдаемых на препаратах митотических хромосом зяблика. Присутствие последовательности в составе межцентромерных соединениях показано методами флуоресцентной гибридизации i i I и олигомечения i i I с использованием специфичных праймеров. Используя молекулярноцитологические методы исследования, мы доказали, что белковые тела, которые формируются на ламповых щетках зяблика и принимают участие в образовании кариосферы, не гомологичны никаким известным внутриядерным структурам и маркируют центромерные районы всех хромосом. Высказывается предположение, что сателлитная последовательность ответственна за формирование белковых тел на стадии ламповых щеток и что специфическая функция центромерного гетерохроматина в оогенезе зяблика проявляется в формировании белковых тел и кариосферы. Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ IЛ. Высокоповторяющиеся ДНК в геноме эукариот 1Л Л. Значительную часть эукариотических геномов составляют повторяющиеся последовательности. Они различаются по нуклеотидному составу, степени повторяемости и по распределению в геноме. Выделяют интерсперсные повторяющиеся последовательности и тандемные повторы. Число копий может варьировать от двух до нескольких миллионов, образуя семейства повторяющихся последовательностей, причем такие семейства могут включать в себя как кодирующие, так и некодирующие элементы i, . Среди них выделяют высокоповторяюшиеся последовательности и умеренные повторы. Умеренные и высокие повторы могут различаться по степени гомологии последовательностей у близких видов. Как правило, кластрированиые высокоповторяющиеся последовательности ДНК сильно различаются даже у очень близких видов, тогда как сходные интерсперсные последовательности могут быть обнаружены у представителей разных отрядов. Число членов семейств повторяющихся последовательностей у разных эукариот колеблется от двух до миллионов, кроме того, повторы сильно варьируют по числу копий в геномах разных видов i, , . Повторяющиеся последовательности, ориентированные в одном направлении, в молекуле ДНК образуют прямые повторы в случае, когда мономеры ориентированы в противоположных направлениях, они образуют инвертированный повтор с осью симметрии второго порядка.