Особенности распределения и молекулярная детекция бактерий рода Caulobacter озера Байкал

• Автор: Ковадло, Анна Сергеевна
• Шифр специальности: 03.00.16
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Иркутск
• Количество страниц: 120 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Характеристика и классификация бактерий рода

.

1.2. Адаптация бактерий рода к выживанию в олиготрофных средах обитания.

1.3. Распространение бактерий рода в природе

1.4. Условия обитания микроорганизмов в озере Байкал

1.5. Микробное сообщество озера Байкал

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Отбор проб.
2.2. Методы культивирования.
2.3. Подготовка препаратов для светового, эпифлуоресцентного, сканирующего и трансмиссионного электронного
м и кроскопирован ия
2.4. Молекулярнобиологические методы исследования
2.5. Метод титра для определения концентрации жизнеспособных бактерий рода .
2.6. Изучение особенностей метаболизма полифосфатнакопления у .
2.7. Статистическая обработка данных
Глава 3. РАСПРЕДЕЛЕНИЕ И ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ РОЛЬ БАКТЕРИЙ РОДА В РАЗЛИЧНЫХ БИОТОПАХ ОЗЕРА
3.1. Литоральная зона озера Байкал
3.2. Зона влияния крупных притоков озера Байкал.
3.3. Эпилимнион озера
3.4. Сезонная динамика численности в пелагиали Южного Байкала.
3.5. Анализ метода десятикратных разведений для учета бактерий рода в природном образце.
3.6. Ассимиляция и накопление неорганического фосфата бактериями рода
Глава 4. ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДА ГИБРИДИЗАЦИИ ФЛУОРЕСЦЕНТНОМЕЧЕННОГО ОЛИГОНУКЛЕОТИДНОГО ЗОНДА ДЛЯ ДЕТЕКЦИИ
4.1. Разработка структуры олигонуклеотидного зонда.
4.2. Гибридизация зонда со штаммами , выделенными из озера Байкал.
4.3. Гибридизация зонда со штаммами отрицательного
контроля.
4.4. Флуоресцентная гибридизация i i I зонда с бактериями природных образцов
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Апробация работы. Результаты исследований были представлены на Международном Байкальском микробиологическом симпозиуме 1ВБМ Микроорганизмы в экосистемах озер, рек и водохранилищ Иркутск, , Межрегиональной научнопрактической конференции Биология микроорганизмов и их научнопрактическое использование Иркутск, , ом Лимнологическом симпозиуме Японии Ниигата, , Четвертой Верещагинской байкальской конференции Иркутск, , Всероссийской научнопрактической конференции Научное творчество молодежи АнжероСудженск, , Всероссийской конференции с международным участием Биоразнообразие экосистем внутренней Азии УланУдэ, , Международной научной конференции Проблемы устойчивого функционирования водных и наземных экосистем РостовнаДону, . Публикации. По материалам диссертации опубликовано научных работ, из них 2 статьи в рецензируемых журналах и 9 тезисов. ГЛАВА 1. был открыт в году, когда получил штамм неизвестных в то время бактерий. Это был организм с необычайно низкой потребностью в питательных субстратах. Он не подходил ни к одному из известных тогда таксонов, поэтому открыватель определил его как весьма странный организм, вибриоидный сперматозоид . В году описала изолят необычной жгутиковой вибриоидной бактерии. Жгутики у клеток культуры окрашивались обычными красками бактериальных стенок, часто клетки встречались в хризантемоподобных скоплениях. Очевидно, что обнаружила . В году В. Л. Омелянский Омелянский, наблюдал розеточные скопления клеток у культур, выделенных из речной воды. В году ii и обнаружили много типов стебельковых бактерий, прикрепившихся к предметным стеклам, погруженным в пресноводное озеро ii . Они предложили их объединить в семейство i. ii и не удалось получить культуру , однако они могли поддерживать эти организмы как компоненты микрофлоры водоема, содержащей целлюлозу или хитин, добавленные к воде озера. Через лет i и v I i . на электронномикроскопических снимках. Они установили, что источником является дистиллированная вода для приготовления электронномикроскопических препаратов. Они же выделили несколько штаммов. i впервые наблюдал в культуре клеток жгутиковые клетки без стебелька ix, . Необходимо отметить, что согласно Определителю бактерий Берджи издательства г. i . Бинарное деление этих бактерий происходит путем перетяжки. При делении на противоположном простеке молодом полюсе клетки появляется один жгутик. Образовавшаяся клетка с простекой повторяет процесс асимметричного клеточного деления Определитель бактерий Берджи, . Согласно этому Определителю бактерий род включал видов С. . , . . i, С. .iii, С. . iivii. . ii, . . viii, . . viii. Классификация рода традиционно основывалась на таких фенотипических признаках, как форма клетки, пигмент колоний, чувствительность к концентрации и потребность в органических факторах роста ix, , Определитель бактерий Берджи, , . Однако четко определить эти бактерии до вида по данным критериям исследователям не всегда удавалось. Штаммы, выделенные из природных источников, часто не обладали тем набором дифференцированных признаков, свойственных видам в том или ином определителе. Поэтому каждый, кто занимался определением видов , создавал свою систематику Красильников и соавт. Группирование по данным ДНКДНК гибридизации штаммов различных видов , а также по гомологии нуклеотидных последовательностей высококонсервативных молекул рРНК, выявило необоснованность разделения видов на базе признаков пигментации колоний, морфологии клетки, потребности органических факторов роста и чувствительности к . Более того, некоторые представители оказались отдаленными на уровне рода . iii . Арискина, .